«Щепетильность в этом отношении генерала Алексеева была удивительна - даже во внешних проявлениях. Помню, в мае в Егорлицкой, куда мы приехали оба беседовать с войсками, состоялся смотр гарнизону. Несмотря на все мои просьбы, он не согласился принять парад, предоставив это мне и утверждая, что «власть и авторитет командующего не должны ничем умаляться». Я чувствовал себя не раз очень смущённым перед строем войск, когда старый и всеми уважаемый вождь ехал за мной. Кажется, только один раз, после взятия Екатеринодара, я убедил его принять парад дивизии Покровского, сказав, что я уже смотрел её.
В то же время на всех заседаниях, конференциях, совещаниях по вопросам государственным, на всех общественных торжествах первое место бесспорно и неотъемлемо принадлежало Михаилу Васильевичу.
— В начале июня, перед выступлением моим в поход (2-й Кубанский. - А. Ш.) генерал Алексеев переехал из Мечетинской в Новочеркасск и попал сразу в водоворот политической жизни Юга. Его присутствие требовалось там в интересах армии. Работая с утра до вечера, он вёл сношения с союзниками, с политическими партиями и финансовыми кругами, налаживал, насколько мог, отношения с Доном и своим авторитетом и влиянием стремился привлечь отовсюду внимание и помощь к горячо любимой им маленькой армии».
Добровольческая армия выступила в свой 2-й Кубанский поход без «зачинателя» Белого дела. Он остался в столице Дона с целью организации управления освобождаемого от большевистской власти российского Юга. При генерале Алексееве создаётся военно-политический отдел, во главе которого был поставлен полковник Генерального штаба Лисовой.
Военно-политический отдел стал рабочим органом при верховном руководителе Добровольческой армии. Он состоял из 13 человек, в том числе семи офицеров. Алексеев имел собственные разведотделение и контрразведотделение, комендантскую часть, конвой и автомобильную команду.
Из Новочеркасска Михаил Васильевич налаживал сбор добровольцев в теперь уже деникинскую армию. Формированием пополнений занимались только те лица, которые имели собственноручные письменные полномочия Алексеева. Его всё чаще на страницах печати стали называть верховным руководителем Добровольческой армии.
Политическая деятельность Алексеева нажила ему немало врагов из числа бежавших от советской власти думских политиканов и общественных деятелей правого толка. Деникин вспоминал в своих мемуарах:
«…На Дону были попытки организации государственной власти и возглавления добровольческого движения, встретившие отпор со стороны генерала Алексеева: Родзянко вместе с проживавшими в Ростове и Новочеркасске общественными деятелями усиленно проводил идею созыва Верховного совета из членов всех четырёх дум. Присылал гонцов и в мою ставку. Писал мне о необходимости «во что бы то ни стало осуществить (эту) идею», так как «в этом одном спасение России».