Содержание этой драмы вкратце таково. Ивану Грозному наследовал слабовольный и мягкосердечный сын Фёдор. Фактически правил страной шурин царя Борис Годунов, твёрдой рукой продолжавший политику создания сильного централизованного государства. Но боярский сепаратизм всё ещё давал себя знать. Недовольные бояре считали, что Борис Годунов обязан своим положением исключительно тому, что его сестра Ирина является царицей. Пользуясь тем, что царский брак бездетен, они делают попытку развести царя Фёдора с царицей Ириной, а в жёны предложить ему племянницу боярина Ивана Петровича Шуйского княжну Мстиславскую. Клан Шуйских становится во главе заговора. Царь Фёдор безуспешно пытается помирить обе стороны. В конце концов Борису Годунову удаётся переиграть своих противников. В разгар его борьбы с заговорщиками приходит трагическая весть из Углича. Малолетний сын Ивана Грозного от брака с Марией Нагой царевич Дмитрий погибает при невыясненных обстоятельствах. По официальной версии, он болел эпилепсией и во время припадка упал на нож. Вопреки этому молва приписывает Борису Годунову организацию убийства царевича, поскольку он становится единственным претендентом на престол.
Исходя из некоторых неясных намёков в переписке Толстого с писателем Владимиром Сологубом, можно предположить, что первоначально события в Угличе играли значительную роль в действии и только впоследствии они были как бы отодвинуты на задний план. Активным действующим лицом драмы должна была стать мать царевича Дмитрия Мария Нагая. Следовательно, завязка пьесы не сводилась к противостоянию Шуйских и Бориса Годунова. Известно также, что была написана сцена гибели царевича Дмитрия, но А. К. Толстой, в конце концов, исключил её, отказавшись от несомненного театрального эффекта в случае постановки пьесы.
В результате неустанных поисков А. К. Толстой пришёл к поистине новаторскому решению. Он писал: «Построение „Царя Фёдора“ — не знаю, к выгоде или ко вреду его — есть совершенно исключительное и не встречается, сколько мне известно, ни в какой другой драме. Борьба происходит не между главным героем и его оппонентами… как во всех драмах, но между двумя вторыми героями; главный же герой, на котором эта борьба вертится, как на своей оси, вовсе в ней не участвует; он, напротив, всеми силами старается прекратить её, но самым своим вмешательством решает её трагический исход». А. К. Толстой архитектурно представлял свою пьесу в форме треугольника, где основание — борьба противоборствующих партий, а вершина — высокий нравственный «микрокосм Фёдора», от которого ко всему происходящему тянутся своего рода силовые линии.
Характер царя Фёдора создан рукой поистине выдающегося сердцеведа; до такой художественной высоты А. К. Толстой не поднимался ни ранее, ни позднее. Сам он так разъясняет тайну нестареющего обаяния своего героя: «Не отступая от указаний истории, но пополняя её пробелы, я позволил себе изобразить Фёдора не просто слабодушным, кротким постником, но человеком, наделённым от природы самыми высокими душевными качествами, при недостаточной простоте ума и совершенном отсутствии воли… Доброта Фёдора выходит из обыкновенных границ. Она так велика, что может иногда достичь высоты, где чувство и ум, составляющие на низших ступенях отдельные свойства, сходятся вместе и смешиваются в нераздельном сознании правды. Поэтому Фёдор, несмотря на свою умственную ограниченность, способен иногда иметь взгляды, не уступающие мудростью государственным взглядам Годунова». Критика сравнивала царя Фёдора в драме А. К. Толстого с князем Мышкиным из «Идиота» Достоевского. Александр Никитенко записал в дневнике, что Алексей Толстой «сумел создать из совершенного нравственного и политического ничтожества, каков Фёдор, замечательную психологическую фигуру»[66].
Вот как Борис Годунов обрисовывает трагическую двойственность царского характера: