21 февраля 2007 года Верховный Суд РФ отменил приговор Алексею Пичугину от 17 августа 2006 года фактически по жалобе его адвокатов. При этом Верховный Суд РФ указал в своем определении, что Пичугину нужно назначить более строгое (чем 24 года лишения свободы) наказание. Тем самым Верховный Суд РФ нарушил в отношении Пичугина принцип презумпции невиновности.
После ареста Алексея Пичугина и Платона Лебедева, но еще до ареста Михаила Ходорковского, в сентябре 2003 года, Владимир Путин заявил: «Что касается расследования уголовного дела, связанного с компанией “ЮКОС”, – это частный случай», – сказал Путин, отметив, что «компания большая, но не единственная в России». «Никакого пересмотра итогов приватизации не будет, но если были нарушения закона и прокуратура реагирует на это, я не могу воспрепятствовать», – подчеркнул он, отметив, что это находится за рамками его полномочий. По словам Путина, одно из направлений расследования – это возможная причастность отдельных личностей к убийствам в ходе слияния и роста компании. «Как же можно мешать прокуратуре работать на этом направлении», – сказал глава государства.