То, что между Предстоятелем и президентом оставались добрые отношения, не мешало Святейшему критиковать власть за её неумные и неумелые действия. Введение новой системы социальных льгот вызвало новый всплеск обнищания, особенно среди социально обездоленных людей. По всей стране прокатились акции протеста, и Патриарх поддержал их в своём заявлении от 13 января. Он призвал власть действовать по золотому правилу евангельской нравственности: «Как хотите, чтобы с вами поступали люди, так поступайте и вы с ними» (Мф. 7, 12).
В Крещенский сочельник Патриарх совершил в храме Христа Спасителя чин Великого освящения воды. Ему сослужил Истринский архиепископ Арсений, человек, с каждым годом завоёвывавший всё большее доверие Алексия II. С ним ему особенно нравилось совершать богослужения, беседовать, видеть вблизи себя, давать особые поручения. Арсения он видел одним из своих будущих преемников на Патриаршем престоле. Поздравляя его в 2005 году с пятидесятилетним юбилеем, Святейший нашёл особо задушевные слова: «Ты начал помогать мне, будучи ещё студентом Московской духовной семинарии, продолжил в должности личного секретаря, затем — викария Санкт-Петербургской епархии, а после избрания нас на Московский Патриарший престол — в качестве нашего московского викария... 50-летний — золотой юбилей жизни — самый отрадный, ибо накоплен опыт жизни, и если Господь будет милостив, есть время этот духовный и жизненный опыт посвятить на служение Святой Церкви».
Одним из благих деяний Святейшего стало налаживание добрых отношений с Эстонией, которые на протяжении многих лет оставались крайне напряжёнными из-за вспыхнувшего эстонского национализма. На Крещение 2005 года по приглашению Патриарха Алексия II в Москву приехал президент Эстонии Арнольд Рюйтель, и в Патриарших палатах Кремля произошла трёхсторонняя встреча Предстоятеля Русской Церкви и двух президентов — российского и эстонского. Рюйтель стал лауреатом премии «За выдающуюся деятельность по укреплению единства православных народов», тем самым была отмечена его работа по улучшению положения Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата. 21 января после встречи с Рюйтелем в резиденции Свято-Данилова монастыря Святейший дал телевизионное интервью на эстонском языке, показав, что нисколько не забыл его. Он, кстати, напомнил, что в эстонских СМИ многие годы Русскую Церковь именовали оккупационной.
— Ну какой же я оккупант, если родился в Эстонии и в этой стране прожил немалую часть своей жизни?
На другой день Рюйтель присутствовал на Божественной литургии в Успенском соборе Кремля, которую Предстоятель совершил вместе с девяностолетним Патриархом Болгарским Максимом.
Был в эти январские дни 2005 года и неприятный гость — только что избранный президент Украины Виктор Ющенко, с почерневшим, обезображенным неизвестной болезнью лицом. На встрече в Свято-Даниловом монастыре он бессовестно лгал Патриарху Московскому и всея Руси, что никогда не будет указывать украинцам, чадами какой Церкви им надлежит быть. В ближайшие годы его ложь станет очевидной, а действия, направленные на дальнейший раскол на Украине, станут причиной ухудшения здоровья Патриарха Алексия.
Утром 26 января в зале Церковных Соборов храма Христа Спасителя собрались те, кто обычно участвовал в Международных образовательных Рождественских чтениях, основанных Патриархом Алексием II в тяжелейшем для России, кровавом и смутном 1993 году. Это были XIII по счёту чтения. Те страшные времена прошли, смута затихла, горячие точки погасли. Но духовного возрождения народа нашего пока не наблюдалось.
После Божественной литургии в храме Христа Спасителя к участникам фестиваля «Лучезарный Ангел» и Международных Рождественских образовательных чтений обратился с приветственным словом Предстоятель Русской Православной Церкви. Он говорил о том, как много предстоит сделать для развития духовной жизни наших соотечественников, о необходимости больше внимания уделять детям, подрастающему поколению молодёжи, о патриотическом воспитании и прививании любви к нашей великой истории. Есть ли вообще сейчас кинематограф, способный заложить основу духовно-нравственного возрождения российского общества? И первый «Лучезарный Ангел» призван был дать на этот вопрос свой ответ.
Завершая первый кинофестиваль «Лучезарный Ангел», его организаторы получили поддержку на высшем уровне. Так зародилось ещё одно начинание Патриарха Алексия II.
27 января в кремлёвском храме Двенадцати апостолов Патриарх совершил молитву перед частицей Ризы Господней, хранящейся в собрании музея-заповедника Московского Кремля, он сердечно благодарил Елену Юрьевну Гагарину, дочь первого космонавта, за её деятельность на посту генерального директора музеев Московского Кремля. В 2007 году президент Путин передаст серебряный складень с частицей ризы Христовой в руки Патриарха, дабы святыня хранилась в храме Христа Спасителя и была доступна для поклонения верующих.