Освободившись от тяжкого бремени забот, связанных с прошедшим саммитом, Предстоятель отправился туда, где всегда отдыхал душою, — на дорогой его сердцу Валаам. Затем он побывал в Петербурге и вскоре отправился в Сэров, где проходили праздничные мероприятия, посвящённые 300-летию основания Саровской пустыни.
В сентябре в храме Христа Спасителя праздновалось сорокапятилетие епископского служения Алексия II. Торжества совпали с принесением в Россию с Афона частицы Честного и Животворящего Креста Господня и мощей святой равноапостольной Марии Магдалины. 9 сентября Святейший впервые прибыл с пастырским визитом в Калининград, где отмечалось шестидесятилетие создания области, присоединённой к России после победы над гитлеровской Германией. Долгое время здесь, в Восточной Пруссии, церковной жизни почти не было. За двадцать лет, прошедших с момента открытия первого храма, начали действовать десятки храмов, организованы воскресные школы, власть стала дружить с Церковью.
20 сентября в Свято-Даниловом монастыре Святейший встретился с мусульманскими духовными лидерами России во главе с верховным муфтием Центрального духовного управления мусульман России шейхом Талгатом Таджудцином, председателем Совета муфтиев России шейхом Равилем Гайнутдином, председателем Координационного центра мусульман Северного Кавказа муфтием Исмаилом Бердиевым, муфтием Татарстана Гусманом Исхаковым и др. Поводом стали недавние события в карельском городе Кондапоге. Впрочем, они носили не межрелигиозный, а межэтнический характер — банда чеченцев убила четверых русских юношей, в ответ начались беспорядки, едва не окончившиеся взаимной резнёй русских и выходцев с Кавказа. Тем не менее в воздухе вновь запахло уже, казалось бы, подзабытым запахом войны. Только верующие с обеих сторон могли совместными усилиями остановить новый кошмар.
— Мы должны вместе противостоять межнациональной вражде, которая поднимается в разных регионах. Сам факт нашей встречи должен стать примиряющим фактором. Люди привыкли к тому, что если духовные лидеры встречаются в братской атмосфере, то их примеру должны следовать и верующие, — сказал Святейший Патриарх Московский и всея Руси. — Нельзя решать проблемы через погромы. Россия всегда демонстрировала многовековой межрелигиозный, межнациональный мир, и она этим славилась. Мы, как религиозные лидеры, должны призвать наши народы и общины к решительному отказу от любого насилия, от вражды, оскорблений, нанесения взаимных обид.
— Религии не конфликтуют, и обязанность религиозных лидеров — успокоить наших граждан и не допустить межнационального и межрелигиозного противостояния, — сказал шейх Равиль Гайнутдин.
— Наши добрые отношения формировались веками, и мы просто поддерживаем традиции, сложившиеся во времена наших предков, — поддержал шейх Талгат Таджуддин.
Алексий II, Талгат Таджуддин, Равиль Гайнутдин, Аллах-шукюр Паша-заде — эти имена должны быть золотом высечены на будущем монументе, посвящённом предотвращению в России глобальной войны между христианскими и мусульманскими народами!
25 сентября из Канады пришло сообщение о кончине девяностошестилетнего митрополита Виталия (Устинова), коему его раскольническая РПЦЗ(В) успела присвоить титул «Блаженнейшего». К тому времени и саму РПЦЗ(В) постигла участь всех раскольников — внутри неё давно уже шёл раскол, первый удар которого пришёлся на 2002 год, второй — на 2006-й, третий не замедлит ждать себя сразу же после кончины Блаженнейшего Виталия. Во главе станет епископ Сан-Францисский и Западно-Американский Владимир (Целищев), от которого поспешат откреститься многие сторонники митрополита Виталия. В 2009 году на Архиерейском Соборе РПЦЗ(В) он будет избран председателем Синода, возведён в сан архиепископа, а РПЦЗ(В) переименуется в РПЦЗ(В-В) — «Русская Православная Церковь за рубежом под бывшим омофором митрополита Виталия (Устинова) и нынешним омофором архиепископа Владимира (Целищева)». И смех и грех! Стало быть, при следующем расколе в скобочках следует ожидать появления новых букв...
Радуясь возрождению Церкви и веры, Святейший глубоко переживал о тех бедах, которые не покидали Россию. Одной из главных бед стал демографический кризис. «Началось вымирание нашего народа» — под таким горестным заголовком вышло его интервью газете «Московские новости» от 29 сентября 2006 года.