— резкая критика политики властей в России Патриархом на IV Всемирном Русском Народном Соборе.
Июнь
— паломничество Патриарха Алексия на Святую землю, празднование 150-летия Русской духовной миссии в Иерусалиме.
Конец июня
— визит в Австрию. Разногласия с президентом Ельциным, отклонившим закон «О свободе совести и о религиозных объединениях».
Июль—август—сентябрь —
поездки в Прибалтику, Ярославскую епархию, Одессу; переговоры с Константинопольским Патриархом Варфоломеем.
Сентябрь
— под давлением Патриарха Ельцин подписал закон «О свободе совести и о религиозных объединениях».
1998, весна
— резкая критика Патриархом Алексием ситуации в стране. Разногласия с Ельциным по поводу принадлежности останков, найденных под Екатеринбургом.
Август —
посещение Валаама и Саввино-Сторожевского монастыря.
Сентябрь —
визит в Белоруссию.
Октябрь
— посещение Оптиной пустыни.
Ноябрь —
визит в Воронежскую и Липецкую епархии.
1999, 19 февраля —
награждение Патриарха Алексия орденом Андрея Первозванного.
23 февраля —
семидесятилетний юбилей Святейшего Патриарха Алексия II.
11 марта
— заявление Патриарха с призывом положить конец преступной деятельности чеченских бандитов, наладивших целую индустрию работорговли на Северном Кавказе.
20—22 апреля
— Святейший Патриарх находится в блокадном и обстреливаемом Белграде.
Май —
канонизация праведной Матроны Московской; визит Патриарха Алексия в Японию.
22 июня —
заявление Патриарха по поводу неприятия им независимости Косова.
Июль
— паломничество на Валаам.
Осень
— ряд поездок Патриарха по многим епархиям России.
12 ноября
— заявление Патриарха о том, что Церковь поддерживает контртеррористические операции на Северном Кавказе.
Декабрь —
поездка в Восточную Сибирь и работа V Всемирного Русского Народного Собора.
2000, январь
— паломничество Патриарха Алексия на Святую землю.
7 мая —
впервые после 1917 года нового главу государства — президента России В. В. Путина — перед вступлением в должность благословил Предстоятель Русской Православной Церкви, и впервые после 1682 года — Патриарх Московский и всея Руси.
10—12 мая
— поездка Святейшего на Дальний Восток.
13—18 мая
— поездка в Японию.
10 июня —
десятилетие интронизации Патриарха Алексия.
Июль
— поездка на Валаам.
Август
— Архиерейский Собор, на котором Предстоятель выступил с фундаментальным докладом о деятельности Церкви в минувшем столетии.
Осень
— поездка на Урал.
2001, лето
— поездки Патриарха по Поволжью, в Чувашию, Мордовию, канонизация адмирала Фёдора Ушакова в лике святых. Посещение Западной Сибири.
20—22 августа —
паломничество на Соловки вместе с В. В. Путиным.
3 сентября
— сорокалетие архиерейского служения. Патриарх Алексий выступил с осуждением действий террористов после событий 11 сентября в Нью-Йорке.
Октябрь
— смена руководства Русской Зарубежной Церкви, начало медленного её сближения с Русской Православной Церковью Московского Патриархата.
13 декабря —
появление В. В. Путина на VI Всемирном Русском Народном Соборе.
2002
— экспансия Ватикана в России, вызвавшая решительные протесты Патриарха Алексия.
14 марта —
окончание строительства храма Христа Спасителя.
Май
— визит в Белоруссию.
7 июня —
начало постоянного сотрудничества с Высшим религиозным советом народов Кавказа и лично Патриарха Алексия с председателем Управления мусульман Азербайджана и Кавказа Шейх-уль-исламом Аллахшукюром Паша-заде.
Июнь—июль—август
— пастырские визиты в Рязанскую епархию, в Санкт-Петербург, на Валаам, в Тамбовскую и Костромскую епархии. Конец октября — посещение Астраханской епархии, резкое ухудшение состояния здоровья. До конца года Святейший Патриарх находится на излечении.
2003, 26 марта
— открытое письмо Патриарха Московского и всея Руси Генеральному секретарю ООН с осуждением агрессии США против Ирака.
Июль
—август — торжества в Сарове по поводу столетия прославления преподобного Серафима Саровского.
Сентябрь
— посещение Эстонии.
Ноябрь—декабрь —
первый обмен официальными делегациями с Русской Зарубежной Церковью. Создание комиссии по обсуждению вопросов, касающихся восстановления канонического общения двух Церквей.
2004
— 75-летие Патриарха Московского и всея Руси Алексия II.
3 февраля
— в Свято-Троицкой Сергиевой лавре на открытии VIII Всемирного Русского Народного Собора Патриарх провозгласил, что настала пора заново осмыслить значительную роль Православия в мировой истории, в начертании судьбы человечества.
23 февраля
— Святейший награждён орденом «За заслуги перед Отечеством» 1-й степени.
Май
— официальный визит в Россию Предстоятеля Русской Зарубежной Церкви митрополита Лавра.
9 июня
— перенесение мощей святителя Филарета (Дроздова) в храм Христа Спасителя.