Отныне все, кто ходил в храмы, подвергались наказаниям — партийного могли исключить из партии, руководителя понизить в должности, а то и уволить с работы. В 1960 году были запрещены крестные ходы, которые якобы становились причиной хулиганств — мол, в народе уже такая нелюбовь к попам, что люди не могут сдерживать свои чувства, совершают нападения, швыряют камни.
13 января 1960 года ЦК КПСС принял постановление «О мерах по ликвидации нарушений духовенством советского законодательства о культах». Представители Церкви обвинялись в том, что строили новые церкви, покупали для себя дома, автомобили, вели благотворительную деятельность, не выгоняли из храмов молодёжь... В следующих постановлениях, по логике, их можно было обвинить в том, что едят, пьют, рожают и воспитывают детей, дышат тем же воздухом, что и остальные граждане СССР!
Патриарх Алексий решил выйти на бой. 16 февраля 1960 года в Кремле проходила конференция советской общественности за разоружение. Приглашённый на неё Патриарх выступил с речью:
— Моими устами говорит с вами Русская Православная Церковь, объединяющая миллионы православных христиан — граждан нашего государства... Как свидетельствует история, это есть та самая Церковь, которая на заре русской государственности содействовала устроению гражданского порядка на Руси, укрепляла христианским назиданием правовые основы семьи, утверждала гражданскую правоспособность женщины, осуждала ростовщичество и рабовладение, воспитывала в людях чувство ответственности и долга и своим законодательством нередко восполняла пробелы государственного закона... Церковь Христова, полагающая своей целью благо людей, от людей же испытывает нападки и порицания, и тем не менее она выполняет свой долг, призывая людей к миру и любви. Кроме того, в таком положении Церкви есть и много утешительного для верных её членов, ибо что могут значить все усилия человеческого разума против Христианства, если двухтысячелетняя история его говорит сама за себя, если все враждебные против Него выпады предвидел Сам Христос и дал обетование непоколебимости Церкви, сказав, что и врата ада не одолеют её (Мф.16:18)...
И далее он призвал руководство страны прекратить глумление над Церковью, остановить гонения, не трогать храмы. Ответом со стороны Хрущёва было смещение с поста председателя Совета по делам Русской Православной Церкви при Совете министров СССР Георгия Карпова, назначенного на эту должность ещё Сталиным в 1943 году. Его обвинили в мягкотелости и назначили более жёсткого партийного функционера Владимира Куроедова, который засучив рукава принялся действовать вопреки всему тому, к чему в своей речи призывал Патриарх Алексий.
4 (17) апреля 1960 года впервые за последние шестнадцать лет запрещено было служить на Пасху ночью. Святейший вспоминал об этом:
— В первый год и я подчинился, служил на Пасху утром — во избежание недоразумений с властями. Отслужил и понял — не то!.. Нет животворящей пасхальной радости ни у служащего духовенства, ни у паствы. На другой год решил: будь что будет, а отслужу все, как положено, ночью.
Продолжая войну с Церковью, государство, однако, старалось, чтобы в мире об этом не знали. Архиереи и духовенство приглашались к участию в работе Всемирного совета мира и Советского комитета защиты мира, где самую активную деятельность осуществлял семидесятилетний председатель Отдела внешних церковных сношений митрополит Крутицкий и Коломенский Николай (Ярушевич). Патриарх Алексий познакомил владыку Николая с протоиереем Алексеем Ридигером, и с некоторых пор отца Алексея начали приглашать сопровождать иностранные делегации в их поездках по России. Но летом 1960 года Куроедов затеял кампанию по устранению владыки Николая с должности. В итоге новым председателем Отдела внешних церковных сношений стал тридцатилетний архимандрит Никодим (Ротов), человек, напрямую связанный с КГБ, проще говоря, ставленник этой организации, о чём красноречиво свидетельствует записка тогдашнего шефа госбезопасности Александра Шелепина: «КГБ считал бы целесообразным на должность председателя Отдела внешних церковных связей назначить архимандрита Никодима Ротова и выдвинуть его как представителя Русской Православной Церкви для участия в деятельности Всемирного совета мира и Советского комитета защиты мира». Отношение представителей Церкви к этому архиерею самое разное. Одни обвиняют его в том, что он следил за Патриархом Алексием (Симанским) и обо всём доносил в органы, что он и в дальнейшем оставался доносчиком. Другие защищают владыку Никодима, ставя ему в заслугу то, что, сотрудничая с КГБ, он защищал интересы Церкви, спасал духовные школы, отстаивал епископат, когда Хрущёв едва не запретил вообще рукополагать священников в епископы. Но как бы ни относиться к ныне уже приснопамятному владыке Никодиму, есть один неопровержимый факт — и Патриарх Алексий II (Ридигер), и Патриарх Кирилл (Гундяев) становились монахами, а затем архиереями при непосредственном и живом участии этого человека.