Летом 1961 года Архиерейский собор в Троице-Сергиевой лавре утвердил реформу приходского управления, продиктованную властями. Отныне приходами распоряжались не священники, а общины. Это была вынужденная уступка властям, на которую скрепя сердце пошли Патриарх и высшие архиереи.
И вот в таких условиях иеромонах Алексий (Ридигер) принимал сан епископа. 14 августа епископ Иоанн (Алексеев) был переведён и назначен архиепископом Горьковским и Арзамасским. Тотчас состоялось определение Священного Синода: «Епископом Таллинским и Эстонским быть иеромонаху Алексию (Ридигеру), с поручением ему и временного управления Рижской епархией». 23 августа архиепископ Никодим (Ротов) возвёл Алексия в чин архимандрита, средний между иеромонахом и епископом. 2 сентября в Александро-Невском соборе Таллина происходило его наречение в епископский сан. Нарекали нового молодого епископа ещё более молодой владыка Никодим (Ротов), бывший тесть — оставляющий кафедру владыка Иоанн (Алексеев), а также сорокалетний епископ Костромской и Галичский Никодим (Руснак), который впоследствии вспоминал, что все очень волновались, поскольку Хрущёв фактически запретил рукополагать новых епископов, и только сам рукополагаемый выглядел спокойным, держался степенно.
По совершении чина епископ Алексий произнёс речь:
— Ваши Преосвященства, богомудрые архипастыри и отцы! С великим смущением и трепетом узнал я об определении Его Святейшества, Святейшего Патриарха, и Священного при нём Синода, призывающем меня, недостойного, к великому апостольскому служению в Святой Церкви в сане епископа. Сознаю высоту этого служения, ту ответственность перед Богом, какую возлагает на человека немощного и слабого сей сан. Сознаю трудности предстоящего мне служения в пределах Эстонской епархии, условия которой знаю по моему малому опыту пастырской работы в этой епархии... Сознаю свою немощь, неопытность, молодость и в эти великие, святые минуты своей жизни всецело возлагаю всё своё упование на Господа... С юных лет в моём сердце была любовь к храму Божиему, и в глубине своей души я слышал голос, зовущий: следуй за Мною (Лк. 5, 27). В юные годы я любил прислуживать при богослужениях, а затем, по получении богословского образования и принятии благодати священства, в течение одиннадцати лет проходил пастырское служение, черпая силы для его прохождения в молитве и укрепляющей силе Божественной благодати, которая немощная врачует и оскудевающая восполняет. Теперь мне предстоит ещё более трудный подвиг в сане епископа. Перед моим духовным взором в качестве идеала истинного пастыря рисуется образ Божественного Пастыреначальника Господа Иисуса Христа... Верю и надеюсь, что благодать архиерейской хиротонии укрепит мою немощь, восполнит мои силы и на новом пути архипастырского служения будет для меня поддержкой и опорой. Вас, святители Божии, молю, вознесите свои святительские молитвы о мне, да сподобит меня Господь через таинственную хиротонию принять Божественную благодать и Божественную силу...
А на следующий день, в воскресенье, за Божественной литургией в том же соборе и теми же архипастырями было совершено рукоположение.
Говорят, в тот день, 3 сентября 1961 года, в Александро-Невском храме находилась и Вера Георгиевна Мянник со своим вторым мужем, который, кстати, женившись на разведённой, поставил крест на своей карьере священнослужителя. Какие чувства она испытывала, видя, как её отец рукополагает во епископа её первого мужа, уступая тому своё место на Таллинской кафедре?..
За богослужением и при рукоположении епископа Алексия присутствовали и неправославные гости — архиепископ Евангелическо-Лютеранской Церкви в Эстонской ССР Ян Кийвит с группой пасторов и архиепископ Евангелическо-Лютеранской Церкви в Латвийской ССР Густав Туре с благочинным Риги пастором Клепериссом. К ним в особенности была обращена часть приветственной речи, которую произнёс владыка Никодим, вручая Алексию пастырский жезл: