Все пять нефов собора окружены небольшими капеллами. Самая посещаемая часовня носит сложное название «Нуэстра сеньора де ла Антигуа» и находится в круговой галерее рядом с порталом Прощения. Главной ее святыней является деревянная статуя Мадонны, созданная в XV веке и с тех пор удивляющая горожан чудесами. Жители Гранады верят, что чудотворный образ помог испанским войскам войти в город. Убранство капеллы Иисуса Назарея составляют произведения испанского искусства, в частности, полотна Эль Греко, Риберы и, конечно, Алонсо Кано. С южной стороны к собору примыкает Королевская капелла, которая строилась в 1506—1521 годах под руководством Энрике де Эгаса и, несмотря на участие знаменитого зодчего, получилась неинтересной в отношении архитектуры. Огромное готического вида здание возвели в качестве своей усыпальницы Фердинанд и Изабелла. Однако ни один из них не смог увидеть собственную гробницу, поскольку оба монарха скончались до завершения строительства. Их тела обрели временное пристанище в склепе Альгамбры, но в 1521 году по распоряжению Карла V были торжественно переправлены в освященную капеллу.
При всей скромности своей архитектуры Королевская капелла привлекает внимание своим интерьером, точнее, уникальными деталями. Только в испанском храме принято устанавливать великолепное сооружение под названием «ре-табло» — заалтарный образ, выполненный из дерева, сплошь покрытый скульптурой и обычно достигающий свода здания.
Помимо высоты и материала, большую роль в грандиозной композиции играют цвет и орнамент, влияющие и на общий вид зала, и на эмоциональное состояние тех, кто в нем находится. Над созданием ретабло Королевской капеллы в течение нескольких лет трудился знаменитый мастер XVI века Фелипе де Бигарни. Если в ранних произведениях подобного рода образы безраздельно принадлежат сюжету, то фигуры этого художника самодостаточны, поскольку не вписаны в резной узор, а помещены в ниши с богатым орнаментальным фоном. Статуи Фердинанда и Изабеллы — самые значительные пластические элементы в сооружении — принадлежат резцу Диего де Силоэ. Ваятель работал с алебастром, по античной традиции расписав законченную скульптуру яркими красками. Чувствуется старание автора придать своим героям портретное сходство, хотя в данном случае он мог бы ограничиться созданием красивых и величественных образов.
На цокольной части ретабло располагается серия рельефных картин. Выполненные из раскрашенного алебастра, они представляют собой единую композицию на тему Реконкисты и крещения мавров. Среди множества превосходных сцен особенно интересна «Сдача Гранады», где на золотом фоне изображены «красные стены» и Алые Башни Альгамбры.
Все рельефы отличаются естественностью сцен, поз и жестов, точностью и правдивостью характеристик. Центральное место в скорбной композиции отведено надгробиям. За решеткой из кованого железа находятся две гробницы с мраморными изваяниями Католических королей Фердинанда и Изабеллы, а также их дочери Хуаны Безумной и зятя, испанского короля Филиппа Красивого.
Бронзовая решетка, исполненная в 1518 году мастером Бартоломе де Хаеном, является одним из самых эффектных украшений Королевской капеллы. Большая высота и толстые прутья, как ни странно, не сообщают ей массивности; напротив, тонкие узоры и правильное размещение скульптурных картин придают ей необыкновенную легкость. Разделив свое произведение на три яруса с помощью оригинальных фризов, автор изобразил главные библейские сцены: последние моменты жизни Иисуса Христа и казнь Иоанна Крестителя.
Композицию венчает Распятие, под которым, словно кружево, тянется узор из растений и цветов. Немного ниже помещены картины Страстей Христовых, естественно и красиво вплетенные в канву орнамента.
Судя по всему, великолепной решетке предназначалось защищать совершенные произведения искусства, но королевские надгробия, по мнению специалистов, к таковым не относятся. Не являясь выдающимся памятником, мемориальная скульптура капеллы радует взор и представляет различные художественные школы, хотя лишь это делает ее интересной. Образы Фердинанда и Изабеллы выполнил итальянский скульптор Доменико Фанчелли, приглашенный Карлом V для работы в Испании. Двухъярусная гробница выточена из каррарского мрамора, обильно украшена статуями и по конструкции напоминает мемориальные сооружения Средневековья. Такие гробницы еще можно увидеть в крупных испанских церквях, где распростертые каменные тела покойников у ног завершаются скульптурными львами.