По возвращении Еропкина и Козырева в Пулково Герасимович собрал материал об их «инициативных действиях» в Таджикской экспедиции и 6 февраля 1936 года направил «дело Козырева и Еропкина» на семнадцати листах непременному секретарю Академии наук Н. П. Горбунову с представлением незадачливых инициаторов к отчислению от занимаемых ими должностей. Санкция из Президиума АН СССР была получена, и 8 марта 1936 года появился приказ по ГАО такого содержания: «На основании распоряжения непременного секретаря АН СССР, за использование экспедиции, полностью оплаченной ГАО, для выполнения посторонних для обсерватории работ и сокрытие получения на ту же экспедицию вторых средств от другого академического учреждения (Таджикская база АН СССР), учёные специалисты Еропкин Д. И. и Козырев И. А. увольняются с сего числа из состава сотрудников ГАО». Приказ подписал директор Б. П. Герасимович. Одновременно он направил в народный суд дело о «незаконном получении» дополнительных денег по ранее оплаченной экспедиции.
Рассмотрение дела состоялось на судебном заседании 25 мая 1936 года. Свидетельские показания против обвиняемых давал астроном, директор Сталинабадской обсерватории И. П. Цесевич, однако суд отклонил его свидетельства, поскольку счёл Цесевича заинтересованным лицом, указав на его вину в приёме на работу пулковских сотрудников без согласия дирекции ГАО (нарушение правил о совместительстве).
В защиту Еропкина и Козырева решительно выступили профессор В. А. Амбарцумян и научный сотрудник ЛГУ Л. И. Лебединский. Академик В. Г. Фесенков[83] сделал письменное заявление, что выполнение второй работы нисколько не повредило выполнению первой. В результате суд постановил: «делопроизводство прекратить» и при этом вынес частное определение руководству обсерватории ввиду «ненормальных отношений» в коллективе ГАО. Незаконных действий со стороны Козырева и Еропкина судом не было установлено.
Далее начались хлопоты по восстановлению их на работу в Пулковскую обсерваторию. Теперь был суд по иску Еропкина и Козырева. Детскосельский народный суд от 7 августа 1936 года принял решение — «предложить восстановить Еропкина и Козырева на работе». В сентябре должен был состояться суд по иску Герасимовича. Во дворе суда находились многие астрономы, в том числе и Амбарцумян, пришедшие, чтобы выступить в защиту Козырева и Еропкина. После долгого ожидания (слушалось другое дело) судья объявил, что их дело затребовал к себе Генеральный прокурор Советского Союза А. Я. Вышинский, который в эти годы выступал с обвинительными речами, разоблачая «предателей» и «вредителей».
В это время в Пулкове произошло ещё одно событие. Герасимович, которого обвиняли в уходе Амбарцумяна из обсерватории, преследовании Козырева и Еропкина и, вообще, в низком уровне научных исследований учреждения, с целью укрепления научного престижа руководимой им обсерватории пригласил на работу некоего Н. М. Воронова. Распространился слух, что будто Воронов переработал теорию движения больших планет на основе новых наблюдений. Считалось, что ожидаемая работа совершит переворот в теории движения планет. Заведующему отделом небесной механики обсерватории Н. И. Идельсону[84] было поручено отредактировать и опубликовать работу Воронова. Однако Воронов продолжал тянуть время, не представляя результатов. Летом 1936 года стало ясно, что у Воронова нет новой обещанной теории, и в «Ленинградской правде» в июне и в июле появились две статьи — «Лестница славы» и «Рыцари раболепия», посвящённые этой истории и нездоровой атмосфере в ГАО. Герасимович, направляя обе статьи в Академию наук, утверждал, что они инспирированы Козыревым и Еропкиным. Однако сам авантюрист Воронов, «астрономический Бендер», как его прозвали впоследствии, через год был также уволен.
Страсти бушевали в Пулковской обсерватории ещё семь месяцев. Была назначена комиссия Президиума АН СССР по обследованию ГАО под председательством наркома юстиции Е. Б. Пашуканиса (расстрелян в 1937 году как «враг народа»). В решении комиссии досталось всем без исключения. Тем не менее, комиссия рекомендовала восстановить Н. А. Козырева на работе в ГАО после возвращения неправильно полученных им денег, ограничившись выговором в приказе. Относительно Д. И. Еропкина было выражено пожелание предоставить ему возможность работы где-либо в другой обсерватории или геофизическом учреждении. Президиум АН СССР на заседании 5 октября 1936 года выразил согласие с рекомендациями комиссии, кроме пункта, касающегося Козырева и Еропкина, по которому решение было отложено. Уволенных ожидало дальнейшее судебное разбирательство.