Однако у внешне блестящей деятельности РАК была и обратная сторона. Дела компании даже по меркам того времени велись в высшей степени непрозрачным и запутанным образом. Многочисленные злоупотребления, коррупционные схемы, растраты и нерациональное расходование огромных ресурсов были в порядке вещей. Отчетность и контроль были условны, а временами вообще не осуществлялись (так, с 1809 по 1816 г. Петербург не получал с Аляски никаких отчетов о финансовых результатах деятельности). Оставляла желать лучшего и громоздкая структура управления. Достаточно сказать, что из указанной выше суммы прибыли в 12,8 млн рублей не менее трети ушло на содержание бюрократического аппарата.
Эти проблемы во многом была унаследованы РАК у шелиховской СевероВосточной компании. В целом крайне непрозрачный характер ее деятельности и был одним из побудительных мотивов Шелихова, просившегося «под крыло» Петербурга. Покровительство императоров Павла I и Александра I позволяло долгое время скрывать внутренние проблемы компании, избегать неудобных вопросов со стороны властей и создавать, как сейчас сказали бы, положительный имидж. Это, в свою очередь, благотворно отражалось на финансовых делах, позволяя держать высокую (и явно завышенную!) цену акций.
Однако такая ситуация не могла продолжаться вечно. К концу 1810-х гг. слухи о творящемся в РАК дошли до самого Александра I, повелевшего начать разбирательство. «Назначить» виновником предполагалось самого Баранова, который, как поговаривали, сколотил в Америке поистине фантастическое состояние. Но посланный на Аляску ревизор разочаровал Петербург: серьезных злоупотреблений со стороны Баранова так и не было выявлено, сам он за 28 лет своей службы в колониях не разбогател, а полученные доходы предпочитал жертвовать в пользу церкви. Тем не менее главный правитель Русской Америки, составивший целую эпоху в ее истории — «эру Баранова», — был смещен со своего поста и отправился назад в Россию, но скончался по пути недалеко от Индонезии. В ходе переезда таинственным образом исчез и его огромный архив, что дало пищу для новых слухов, приписывавших смерть главного правителя по не вполне естественным причинам (пока явных доказательств этому не найдено).
Конечно, финансовые проблемы компании были вызваны прежде всего общими для управленческой структуры России того времени бедами. Бесхозяйственность, хаос и коррупция вели к огромным потерям ресурсов еще до того, как они попадали на землю Русской Америки, если они вообще добирались до нее. Яркий пример: из отправленных Петербургом в Америку 2,8 млн рублей в виде предметов снабжения, в Ново-Архангельске было получено товаров лишь на 800 тыс. рублей.
Не все гладко обстояло и «на земле». Проблемным аспектом деятельности компании были ее отношения с местным населением, которое обычно фигурирует под собирательным наименованием каюров, однако с этнической точки зрения относилось к различным народностям (в основном алеуты и эскимосы). Каюры, изначально привлекаемые к работе на русских промысловиков на добровольных началах, вскоре стали использоваться принудительно, нередко под угрозой насилия, выполняя тяжелые и малооплачиваемые задачи. Напряжение между ними и представителями РАК нередко доходило до вспышек насилия и даже кровопролитных восстаний.
С другой стороны, нужно понимать, что речь идет не о целенаправленной политике угнетения, а об общих тяжелых условиях жизни и хозяйственной деятельности в регионе. В то же время общественное мнение Российской империи активно интересовалось положением коренного населения и оказывало давление на компанию и государственную власть с целью улучшения положения коренных жителей. Большой вклад в это дело вносили русские морские офицеры и православные священнослужители, оказывавшие большую помощь каюрам и забрасывавшие Петербург рапортами об их бедственном положении. В дальнейшем сама компания, а также сотрудничавшие с ней представители российских властей и Русской православной церкви немало сделали для улучшения качества жизни местного населения, благосостояние которого при всей тяжести быта и работы на Аляске за годы российского владычества значительно увеличилось. Следствием этого стало распространение православия среди каюров, а также участившиеся браки с русскими колонистами. По сохранившимся свидетельствам, уход России с Аляски в 1867 г. местные жители воспринимали с глубокой печалью, а в начале XX века старики нередко с ностальгией вспоминали русских.