Таким образом, из письма стало известно, что формы для печатания денег конфедератов изготовлялись в Нью-Йорке. Гравёра Хилтона легко нашли в Манхеттене. 31 декабря 1863 года полицейские совершили налёт на его жилище, где захватили печатные станки и матрицы, а также уже напечатаны деньги на сумму в несколько миллионов долларов. Тем самым конфедерация утратила оборудование для изготовления бумажных денег, которых ей не хватало. Главную роль во всём этом деле сыграли криптоаналитические способности, проявленные тремя молодыми шифровальщиками Линкольна. За это каждый из них получил прибавку к жалованью в размере 25 долларов в месяц.
Всего за время войны Север передал приблизительно 6,5 миллионов телеграмм. Конфедераты осуществляли перехват их телеграфных сообщений, многие из которых, естественно, шифровались. Их кавалерия осуществляла налёты на пункты связи, что приводило к компрометации систем шифрования федералов и позволяло конфедератам получать ключи и информацию об открытых текстах, соответствующих известным шифрованным текстам. Кроме того, шифры федералов имели уязвимые места. Несмотря на всё это, конфедераты так и не научились раскрывать зашифрованные сообщения федералов.
Они иногда не могли правильно расшифровать и свои собственные сообщения, поэтому не удивительно, что им не удалось прочитать ни одного зашифрованного сообщения федералов. Этому факту было бы трудно поверить, если бы конфедераты сами не признали его, напечатав в своих газетах несколько зашифрованных сообщений с просьбой их дешифровки.
Федералы также захватывали шифры Юга и осуществляли перехват курьеров с шифрованными сообщениями. Так, например, в 1863 году во время осады города Виксберга войска У. Гранта захватили восемь повстанцев и у одного из них нашли криптограмму. Её отправили в Вашингтон криптоаналитикам Президента, которые успешно справились с очередной задачей. Хотя дешифровка этой телеграммы не помогла Гранту «взять» Виксберг, но она дало федералам один из ключей, которыми конфедераты пользовались во время войны.
Шпионы как федералов, так и конфедератов зашифровывали свои сообщения очень простыми шифрами. Так, сторонница Севера Элизабет Ван Лью (Elizabeth Van Lew) защищала свои агентурные донесения с помощью буквенно-цифрового шифра, основанного на квадрате Полибия. А сторонница Юга Роза Гринхоу (Rose Greenhow) защищала свои агентурные донесения с помощью шифра случайной замены.
После окончания гражданской войны и победы федералов разработкой кодов и шифров стал заниматься Государственный департамент США. В 1867 году госсекретарь Уильям Генри Сьюард (William Henry Seward) (1801-72) разработал код Госдепартамента на 148 страницах. Однако процесс кодирования и декодирования оказался для дипломатов очень сложным.
Поэтому в 1871 году начальник корпуса связи полковник Альберт Майер разработал для Госдепартамента код на 88 страницах, состоявший из одной части. Книга содержала коды для времени суток, дней, месяцев и — впервые у истории кодов — лет. Она стала первым кодом Госдепартамента, в котором одному кодовому слову соответствовала длинная фраза или целое предложение. Для обозначения времени суток в качестве кодовых слов использовались женские имена, а дней месяца — мужские. Названия городов и стран заменялись цифрами.
Следующую книгу государственных кодов разработал в 1876 году заведующий бюро каталогов и архивов Госдепартамента Джон Генри Хасвелл (John Henry Haswell) (1841-99), который к этому делу подошёл очень серьёзно. Много лет он занимался вопросами стойкости кодов и дороговизны телеграмм, изучал методы шифрования Майера и Стейджера времён Гражданской войны и коммерческие коды, в частности: телеграфный код Слэйтера в 1870 году.
В результате книга Хасвелла, получившая название «Шифр Госдепартамента (1876)», содержала наилучшие черты кодов того времени и имела одну часть на 1200 страницах. Поскольку она имела красную обложку, позже код был назван «красным» (
В 1878 году впервые в истории США решающую роль в американской политике был вынужден сыграть криптоанализ. Всё началось с сенсационной статьи, напечатанной 7 октября газетой «Трибуна Нью-Йорка» (