Хотя вербовка германских ученых американцами началась сразу после окончания войны в Европе, президент Трумэн не отдавал формального приказа о начале операции «Скрепка» до августа 1945 года. В приказе Трумэна особо подчеркивалось, что исключена вербовка тех, кто «был членом нацистской партии и был более чем формальным участником ее деятельности или активно поддерживал нацистский милитаризм». Согласно указанным ограничениям, большинство намеченных JIOA ученых должны были быть признаны негодными для вербовки, среди них ракетостроители Вернер фон Браун, Артур Рудольф и физик Губертус Штругхольд, каждый из которых был ранее классифицирован как «угроза безопасности силам союзников».
Чтобы обойти приказ президента Трумэна, а также Потсдамское и Ялтинское соглашения с Советским Союзом, JIOA разрабатывало фальшивые профессиональные и политические биографии для ученых. JIOA также изъяло из личных дел ученых членство в нацистской партии и причастность к неблаговидным действиям гитлеровского режима. «Отбелив» «хороших немцев» от нацизма, правительство США признало немецких ученых благонадежными для работы в США. Кодовое название проекта «Скрепка» появилось от скрепок, использованных для того, чтобы прикрепить новые политические личности «американских правительственных ученых» к их личным документам в JIOA.
В 1943 году правительствот рейха начало отзыв из вооруженных сил ведущих ученых, прежде всего ракетчиков. Они были должны ускорить работы над «оружием возмездия» (в основном ракетами ФАУ—1 и ФАУ-2), которые разрабатывались на острове Пенемюнде в Балтийском море. Вернер Озенберг, инженер-ученый, возглавлявший «Ассоциацию оборонительных исследований» (Wehrforschungsgemeinschaft), записал имена политически благонадежных в так называемый «список Озенберга», что стало основанием для восстановления их на научной работе. В марте 1945 года в университете Бонна лаборант-поляк нашел затолканные в унитаз страницы списка Озенберга. Этот список попал в руки британской MI-6, которая передала его американской разведке.
Майор Роберт Стейвер, шеф секции реактивного оружия отдела исследований и разведки Артиллерийского корпуса армии США, использовал «список Озенберга» для составления своего списка германских ученых, которые должны были быть задержаны и допрошены. Вернер фон Браун, главный ракетчик нацистов, возглавлял список майора Стейвера.
Начальным намерением майора Стейвера был только допрос ученых, однако то, что он узнал, изменило цели операции. 22 мая 1945 года он отправил телеграмму в Пентагон полковнику Джоэлу Холмсу с предложением эвакуировать германских ученых и их семьи, как крайне «важные для успеха в Тихоокеанской войне» (т. е. в войне США против Японии).
Большинство инженеров из списка Озенберга работали на балтийском побережье в исследовательском центре германской армии Пенемюнде, разрабатывая ракеты Фау-2. После пленения союзники сначала поселили их вместе с семьями в Ландсхуте, в южной Баварии.
Большая часть усилий американцев по поиску «немецких мозгов» была сосредоточена на Саксонии и Тюрингии, которые были освобождены американцами, но должны были с 1 июля 1945 года войти в советскую зону оккупации. Многие из германских исследовательских центров вместе с персоналом были эвакуированы из-за бомбежек именно в этот горный регион, в частности из района Берлина.
Опасаясь, что передача под советский контроль может ограничить для американцев возможность использования германского научного и технического опыта, и не желая, чтобы Советский Союз получил выгоду от этого опыта, США предприняли «операцию по эвакуации» научного персонала из Саксонии и Тюрингии посредством таких приказов: «По приказу военного правительства вы обязаны вместе с семьей и багажом, настолько большим, сколько вы в состоянии нести, явиться завтра в 13: 00 (пятница, 22 июня 1945) на городскую площадь в Биттерфельд. Вам не нужно нести зимнюю одежду. Нужно взять легкие вещи, такие как документы, драгоценности и тому подобное. Вас отвезут на автомобиле на ближайшую железнодорожную станцию. Оттуда вы отправитесь в путешествие на Запад. Пожалуйста, сообщите лицу, доставившему это письмо, насколько велика ваша семья».
Вместе с учеными из отделения концлагеря Бухенвальд («Дора») в США были переброшены готовые ракеты ФАУ-2 и ракетные двигатели. Объект «Дора», где в скальных туннелях силами узников велись работы над «оружием возмездия», находился в советской зоне оккупации Германии. Американцы покинули этот район в начале июля 1945 года.
6 июля 1945 года американское военное командование издало секретный пркиаз о «присвоении» немецких технологий (вместе с их разработчиками), прежде всего, чтобы не допустить «ухода» немецких ученых к русским.