А через два місяці після цього Голландія пред'явила ультиматум з вимогою ліквідувати щойно створену Індонезійську республіку. Ультиматум енергійно підтримували Сполучені Штати Америки та Англія. Але народ Індонезії не бажав коритися. Почалися масові протести, індонезійський парламент відхилив ультиматум, скинув кабінет Шарира і поставив прем'єр-міністром одного з лідерів руху опору комуніста Аміра Шарифуддіна.
Тимчасом Голландія довела кількість свого війська в Індонезії до 120 тисяч чоловік; озброєння було американське і англійське. 20 липня 1947 року голландська армія почала наступ і за півтора місяця захопила дві третини Яви, острів Мадуру, значну частину Суматри. Одночасно голландці почали створювати дрібні «незалежні республіки» для майбутніх Сполучених Штатів Індонезії.
Вся ця агресія відбувалась на очах Організації Об'єднаних Націй, членом якої є Голландія. Протести Шарифуддіна, підтримані Радянським Союзом і країнами народної демократії, розглядалися в Раді Безпеки десятки разів, але наслідків не дали. Голландію підтримували США, Англія та послушна їм більшість. Замість того щоб стримати агресора, США нав'язали Індонезії так звану «комісію добрих послуг» на чолі з американським представником. Комісія всілякими способами почала подавати добрі послуги Голландії.
Однією з цих послуг була так звана Ренвільська угода, підписана 17 січня 1948 року на американському військовому кораблі «Ренвіль». Згідно з цією угодою голландці лишилися на підступно захоплених ними територіях; крім того, до них відійшли й такі райони, де голландських військ раніше не було. Через два тижні Шарифуддін змушений був піти у відставку, а замість нього став прем'єр-міністром Хатта.
Нова хвиля опору охопила яванський народ, посилився Народно-демократичний фронт, до якого входили комуністичні, соціалістичні та робітничі партії, спілка соціалістичної молоді, центральна організація профспілок та багато інших демократичних організацій. А в травні 1948 року з ініціативи Народно-демократичного фронту було створено Національний фронт.
Під впливом американських імперіалістів у країні почалося жорстоке переслідування яванських патріотів.