Аналогия

1) Высокоповторяющиеся (до нескольких миллионов раз) последовательности — ВПП. Именно потому, что они представлены сотнями тысяч и миллионами копий, их комплементарные половины быстро находят друг друга при отжиге. Обычно они состоят из коротких единиц, следующих друг за другом тандемом, как вагоны в поезде. Белков они не кодируют, и что они делают в геноме — неизвестно. Высказывались предположения, что именно они ограничивают скрещивание между особями, принадлежащими к разным видам, однако доказать это пока не удалось. Любопытно, что создатель теории «эгоистичной» ДНК Дулиттл не считает их «эгоистами». По его мнению, это «невежественная» ДНК, т. е. такая, которая выполняет пока неясную нам функцию только своим наличием, независимо от содержания. То есть, ВПП нужны в хромосомах как инертный наполнитесь, вроде сахара в лекарственных таблетках.

2) Средние повторяющиеся последовательности (СПП). Число их копий в геноме колеблется от десятков тысяч до сотен тысяч. Между этой фракцией и предыдущей нет резкой границы: например типичный средний повтор ДНК человека Alul представлен в наших геномах 300 тыс. копий и более. На мой взгляд, это самый интересный класс ДНК, позволяющий строить практически неограниченное число спекуляций. Именно СПП, во всяком случае значительную часть их, обвиняют в эгоизме.

3) Наконец, уникальные последовательности (УП). Судя по названию, они представлены в геноме (гаплоидном) только один раз, во всяком случае, не более десяти. Большинство структурных генов, кодирующих белки, относятся к этому классу. Но хотя доля их во фракции очень мала, УП в геномах высших организмов в 10-100 раз больше, чем нужно для того, чтобы записать информацию о всевозможных белках. Что же делают остальные УП?

Часть их удается «пристроить» в качестве так называемых спейсеров-разделителей, разобщающих структурные гены. Но спейсерами бывают и СПП. «Эгоистичными» их тоже назвать нельзя: согласно этой теории гены-эгоисты защищаются от вырезания из хромосом и сохраняют свой состав. К большей части УП обычно применяют термины «мусорная» и «мертвая», иногда «умирающая» ДНК.

Все это далеко не так просто, и вот почему. У ядерных организмов и архебактерий структурные гены имеют сложное строение. Куски ДНК, кодирующие аминокислотные последовательности (экзоны), перемежаются последовательностями, не кодирующими ничего (интронами). При созревании информационной РНК интроны вырезаются специальными ферментами и отбрасываются, а экзоны сшиваются другим ферментом — лигазой в зрелую РНК, на которой может транслироваться белок. Интроны дружно объявили ненужными частями гена — ведь белка они не кодируют! Но этому мешает одно неприятное обстоятельство.

В УП часто встречаются точные копии структурных генов разных белков, но они не содержат интронов. Как они возникают, в общем, неясно. Скорее всего, это ДНК-копии информационных РНК, встроившиеся обратно в геном. Так делают ретро-вирусы, в том числе знаменитый СПИД. Но РНК ретровирусов содержит интроны и, включаясь в геном в виде ДНК, остается активной.

А безинтронные копии генов неактивны. На них не идет синтез РНК, белков они не вырабатывают. Потому их назвали лжегенами — псевдогенами. Что же, получается, что ген теряет активность, если из него вырезать ненужные части?