Через несколько месяцев после поражения в Испании разразилась Вторая мировая война, которая полностью парализовала деятельность МАТ. ФОРА, возмущенная решениями конгресса 1938 г., постановила «временно приостановить свои отношения с МАТ», пока ее следующий конгресс не пересмотрит их. Аргентинские и уругвайские анархисты продолжали настаивать на том, что функции синдикатов должны прекратиться, как только произойдет революция, и, как следствие, отвергали идею о синдикальном контроле над рабочими милициями. Они возражали против сотрудничества с государством и партиями под прикрытием «тактической автономии», против решений конгресса 1938 г. о введении пропорционального представительства секций на конгрессах МАТ (вместо прежнего равного) и создании особой всемирной федерации синдикалистской молодежи[186].
Что касается мировой войны, то ФОРА и ФОРУ подтвердили прежнюю антивоенную и антимилитаристскую позицию: война идет между различными группами государств и капиталистов, которые сражаются за свое господство и привилегии. Она никоим образом не отвечает интересам и надеждам народов в их борьбе за свободу и справедливость. Антифашизм, утверждали анархисты Латинской Америки, служит только прикрытием для интересов капитала одной из групп воюющих государств, поэтому они призвали трудящихся не поддерживать войну под флагом и предлогом антифашизма и выдвинули лозунг: «Ни фашизм, ни антифашизм». Они призвали усилить антивоенную и антимилитаристскую работу и провозгласили: «Единственное решение против войны, против всех войн — это революционный союз народов»[187].
В самой Европе в период Второй мировой войны анархо-синдикалисты в целом были слишком слабы, чтобы суметь проявить себя как самостоятельная сила. Во Франции РС ВКТ, насчитывавшая в конце 30-х гг. всего 6 тысяч членов[188], была распущена, с нацистской оккупацией оказались вне закона синдикалистские и анархистские организации Польши, Нидерландов, Бельгии, Норвегии, Дании. Секретариат МАТ находился в Швеции и был лишен практически всех связей с либертариями в воюющих странах.