Таким образом, в отличие от советской регламентации в постперестроечной России разделение правительства на две части было институционализировано. К маю 2000 г. из 58 федеральных органов исполнительной власти уже 16 ведомств находилось в прямом подчинении президента РФ, что составляло 27,6 % от состава правительства. Причем «правительство премьер-министра», объединяющее 72,4 % руководителей федеральных ведомств, контролировало главным образом «экономический блок», а силовые структуры, руководители которых составляли костяк Совета Безопасности РФ, были подчинены президенту.
Административная реформа правительства, проведенная Путиным сразу в марте—апреле 2004 г. и призванная сократить бюрократический аппарат, на самом деле привела лишь к его видоизменению. Вместо 23 министерств в декабре 2003 г. после реформы их стало 15. Сократилось и число вице-премьеров. Однако общее число правительственных ведомств возросло с 66 до 80. Правительство также сохранило членение на силовой и экономический блоки
В «правительстве Путина» 2003 г. силовые структуры представлены не только традиционными Министерствами обороны, внутренних дел и Федеральной службой безопасности, но и Министерством по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, Государственной фельдъегерской службой, Службой внешней разведки, Федеральной службой железнодорожных войск, федеральными службами налоговой полиции, охраны, специального строительства, Федеральной пограничной службой, Федеральным агентством правительственной связи и информации, российскими агентствами по боеприпасам, обычным вооружениям, системам управления и проч. — всего 16 ведомств. После административной реформы 2004 г. их стало 20.
Особенностью Путинского времени стало стремительное увеличение численности военных в структурах власти, не связанных с обороной и безопасностью страны. Начиная с 2000 г. люди в погонах приходят на вторые-третьи позиции должностной иерархии всех федеральных ведомств, составляя, пожалуй, самую заметную группу в кадровом резерве. Причем если о назначении первых лиц много пишут средства массовой информации, то назначения военных на должности заместителей министров или начальников ключевых управлений «экономического блока» правительства проходят практически незамеченными. Поданным исследования «Путинская элита», среди всех заместителей министров, назначенных с 2000 по 2003 г., военные составили 34,9 %, а доля военных, назначенных заместителями министров в экономических ведомствах, достигла 7,1 %. Причем наиболее активно рекрутировались военные в министерства экономического развития (четыре замминистра-военных), промышленности (два) и связи (три), возглавляемые земляками В. Путина — Г. Грефом, И. Клебановым и Л. Рейманом. Наиболее массовый приток военных в экономические ведомства происходит из органов безопасности (ФСБ, СВР) — 45,2 % от числа всех военных, назначенных замминистрами в невоенные ведомства; из армейских структур пришло 38,7 % новых замминистров; из МВД — 16,1 %. То, что президент Путин — бывший сотрудник первого главка КГБ СССР, наложило свой отпечаток и на новые назначения: вслед за Министерством обороны, главой которого становится бывший разведчик С. Иванов, а заместителем министра — генерал-лейтенант СВР М. Дмитриев, вторым человеком в МИДе становится бывший директор СВР В. Трубников. Министерство внутренних дел — вечный конкурент КГБ еще с советских времен — возглавляет чекист Р. Нургалиев.