Опираясь на православное духовенство, мещанство и казачество, Сагайдачный вместе с казачьей старшиной, православной шляхтой, Киево-Печерским монастырем, при содействии патриарха Иерусалимского Феофана, остановившегося в Киеве по дороге домой, в 1620 году тайно восстановил православную иерархию во главе с митрополитом Иовом Борецким. Король не признал восстановления и приказал схватить православных епископов, но церковь охраняли казаки, и королевские приказы не выполнялись. В 1621 году благодаря участию украинских казаков Польша разгромила турок под Хотином — наступление турок на Европу было задержано. Тем не менее поляки не возвратили казакам прав и привилегий, которые они имели при Стефане Батории. Но Сагайдачный, имевший под ружьем более 30 ООО воинов уже именовался гетманом обеих сторон Днепра и всего войска Запорожского.
Перед битвой под Цецорой на р. Прут в 1620 году польский гетман Жолковский отказался от участия запорожцев в бою, сказав: «Не хочу воевать с Грицками, пусть пасут свиней». Турки разбили поляков, сам Жолковский был убит, гетман Конецпольский захвачен в плен, убиты тысячи поляков; погибли и многие реестровые казаки, в том числе отец Богдана Хмельницкого Михаил. Выяснилось, чего стоит польское войско без украинского казачества. Хотин это подтвердил.
В 1622 году Сагайдачный умер от ран, полученных при Хотине. Началось новое польское давление на Украину. В 1625 году после переговоров гетмана Конецпольского с казаками была составлена «Ординация» 1625 г. — «Реестровых казаков должно быть 6000 мужей, 1000 из них будет пребывать за порогами, чтобы следить движения врагов. Плата этим казакам должна быть 60 000 польских злотых на один год, получаться она будет в Киеве после праздника святого Ильи. Казакам запрещено выходить в море и начинать войну с турками и татарами, а все их чайки должны быть сожжены. Казаки могут выбирать себе старшего, однако без титула гетманского, и он должен утверждаться польским гетманом».
Не попавшие в реестр назывались «выписчиками» и не считались казаками. Естественно, это соглашение не было выполнено. Польские войска стали гарнизонами в украинских городах. Люди говорили — «они пришли уничтожить веру православную и погубить народ». Крестьян, живших в слободах, стали превращать в крепостных.
В 1628 году запорожцы избрали гетманом-атаманом Тараса Трясило, который в 1630 году под Переяславлем во главе тридцатитысячного войска разгромил армию гетмана Конецпольского, уничтожив цвет польских воинов, захватил пушки поляков и весь их лагерь с оружием и снаряжением. Казачья победа получила название «Тарасовой ночи». На Украине говорили, что убежавший с поля боя Конецпольский в битве потерял больше воинов, чем за всю четырехлетнюю войну со шведским королем Густавом. Тарас Трясило обманом был захвачен и казнен. Казацким гетманом стал Антон Конашевич-Бут.
В 1632 году польским королем стал Владислав IV. Шла война с Московским царством, и казаки опять стали ему нужны. В 1633 году для успокоения украинского народа была, наконец, легализована Православная церковь, но главе которой стал митрополит Петр Могила. Поляки подписали «Грамоту примирения» — «1) чтобы в землях русских были два митрополита, униатский и православный; 2) в Полоцкой епархии должны быть тоже два владыки; 3) в епархиях Перемышльской и Львовской будут только православные епископы; 4) Луцкую епархию униаты уступают православным; 5) православным должны вернуть некоторые церкви и монастыри; 6) в епархиях униатских свободно православным сноситься к православному епископу, а униатам в епархиях православных к униатским епископам». Несмотря на подпись короля, грамота не исполнялась.
В июле 1635 года в устье Днепра была построена поляками крепость Кодак — чтобы препятствовать бегству украинцев в Запорожскую Сечь. В том же году крепость была взята приступом запорожцами во главе с кошевым Сулимой и разрушена до основания, большой польский гарнизон уничтожен. Гетман Конецпольский догнал запорожцев и захватил Сулиму, который был четвертован в Варшаве.
В 1637 году началось новое казацкое восстание П. Павлюка и Д. Гуни. Через год польское войско Н. Потоцкого разбило казаков, Павлюк был захвачен в плен и через некоторое время жестоко казнен. Петр Симоновский писал:
«Гетман Потоцкий вблизи Корсуни атаковал казаков, и как не имели они много конницы, то вскоре были побеждены, а остальные принуждены были бежать и спрятаться в Боровичах, где Потоцкий легким способом осадил их, так как то место не было укреплено, и как оттуда спастись было чем не можно, то, по требованию Потоцкого, на пароль выдали они ему своего гетмана, Павлюка, с прочими четырьмя главнейшими старшинами, которым всем во время сейма в Варшаве, несмотря и на пароль, головы отсечены. Но сего не довольно: больше всего последовало несчастье, что казаки, за потерей своих шефов, потеряли и город Терехтемиров, а всего более и привилегии, данные им от короля Стефана Батория, а притом и форму их казацкую».