А еще он добился, чтобы на факультет взяли обратно В. Г. Коноваленко и разрешения наделить его помимо себя большими полномочиями. „Я, — говорил, — могу чем угодно руководить. Главное, чтобы заместитель был толковый!“ Это фраза Капицы! C большим чувством юмора он был».
«Андрей не мог ставить никаких задач перед палеогеографией, так как никогда ею не занимался, — считал Ю. Г. Симонов. — Летал туда-сюда, умел организовывать, рядом с ним были большие ученые. И вдруг объявил, что готовит важное сообщение. По этому поводу собрали факультетское партийное собрание. Но сам он на него не пришел, сказали: „Приболел“. По его поручению выступил Коноваленко и выдал: „У нас есть вообще такое желание переименовать эту кафедру из кафедры палеогеографии в кафедру рационального природопользования. Сейчас это важнее, звучит хорошо и созвучно эпохе“. И что же делал я? А я защищал Маркова! Я встал и при всех своих чинах и регалиях, которые к тому времени начали тускнеть, сказал, что если бы Марков вот сейчас здесь был, он бы никогда палеогеографию ни на какое никому не известное „рациональное природопользование“ не променял. Что палеогеография единственная из всех наук связывает современную географию с прошлым и потому служит базисом для всех наших работ.
Начался спор. Спорили допоздна. Кто-то, уже не помню кто, меня поддержал. Но на голосовании победило предложение Андрея. Я так расстроился, что ему после этого даже не позвонил. Надо же, еще недавно все мы, ученики Маркова, клялись на его могиле продолжать его дело, и вот на тебе! И от кого же? От Андрея! Позвонил я только через несколько дней. А ему, конечно, уже сообщили. И он таким басом наорал на меня в трубку: „А-а-а-а-а, да ты там такое про меня! На партийном собрании! Кто позволил тебе распоряжаться моими делами?!“ А я ему: „Слушаюсь, Ваше Величество! Только не выполню вашей глупости. Чего хочешь сделать-то? Марков делал Великую Географию! А ты чего?“ А он: „Брось ерничать. Заходи, поговорим“. Дальше все происходило уже у него дома. Он мне сказал: „Ты что, с ума сошел? Марков меня давно к этому толкал. Ты не читаешь, что ли, ‘Известия географического общества’ и ‘Вестник Академии наук’?“
Женечка его, услышав, как мы поругались, вступилась за мужа: „Юра, ну ты же, конечно, старше и мудрее — пойми, какие там дела! Андрей-то нам всем еще может пригодиться!“ А я ей: „А как же его призвать к порядку?“ Но потом я сам почитал Маркова и понял, что я Маркова не разгадал».
Профессор Р. С. Чалов вспоминает: «Создание новой кафедры — событие на факультете, поэтому была создана большая комиссия. У нас тогда сменился декан, им стал Георгий Иванович Рычагов. Он меня вызвал и попросил эту комиссию возглавить. Мы провели очень большую работу, так как нужно было побеседовать с огромным количеством преподавателей и ученых факультета, выслушать разные точки зрения и найти оптимальное решение. Через несколько месяцев было решено, что рациональное природопользованиие становится отдельной кафедрой, это было в 1987 году. Палеогеография присоединится к кафедре геоморфологии, поскольку у них очень близкие учебные планы. А каплинская лаборатория станет одной из факультетских научно-исследовательских лабораторий. Конечно, самое сложное на факультете — раздел помещений, но как-то все поделились. А Рациональное природопользование было даже усилено».
Некоторые сотрудники марковской кафедры ушли на другие кафедры или вообще из МГУ, а некоторые поддержали рациональное природопользование. Это были Григорий Иванович Лазуков, Лев Георгиевич Бондарев, Инна Александровна Суетова, Марина Валерьевна Муратова, Александр Васильевич Евсеев, Татьяна Михайловна Красовская, Данила Дмитриевич Бадюков, Ольга Владимировна Денисенко.
«Андрей Петрович занял очень жесткую позицию, — вспоминал Д. Д. Бадюков, занимавшийся палеогеографией шельфа и морских берегов. — Сказал, что кафедра должна быть „Рационального природопользования“. И если кого-то это не устраивает, до свидания, товарищи! И тогда лаборатория Павла Алексеевича полностью отделилась от кафедры. Отделялась, конечно, со скандалом. Кто скандалил — не мужики же, понятное дело! — а тетки, и все это было крайне неприятно. Писали доносы, партком разбирался. Ужас, что было!
Вся команда ушла: Судакова, Ершова, Окунева, Щукина — все рыбные фамилии. Наташа Болиховская — все они ушли с Каплиным. Ольга Николаевна Лефлат тоже принимала участие в разделе кафедры. Даже я, пока еще не ушел с кафедры, помню ее выступления, что здесь делается все неправильно. Они были адептами палеогеографии. И не понимали, что идея Маркова была о „Единой географии“ и что Андрей Петрович пытается в обновленной кафедре ее воплотить».
Профессор Т. М. Красовская рассказывает: «Андрей Петрович, как только пришел, сразу меня запряг — я только и занималась что созданием кафедры Рационального природопользования, а еще практиками и попутно ему помогала, что нужно было в Академии наук. Он вообще умел людей загружать под завязку.