Епископ Пьер Дюпре родился 26 ноября 1922 г. в Круа на севере Франции и был десятым ребенком в семье, где всего было одиннадцать детей. В сентябре 1940 г. он тайно приезжает в Тунис для обучения в семинарии Миссионеров Африки («Белых отцов») в Тибаре, и в 1950 его рукополагают в Карфагене. С 1950 по 1953 г. он пишет диссертацию при Папском восточном институте в Риме, в 1953–1954 гг. учится на богословском факультете Афинского университета, а также начинает работать в редакционном совете журнала «Proche-Orient Chrétien», издаваемого в Иерусалиме. С 1954 по 1956 г. он изучает арабский язык и литературу в Университете
В сентябре 1961 г. патриарх Афинагор I приглашает о. Дюпре на первую всеправославную конференцию на Родосе. Патриарх, с которым о. Дюпре познакомился в 1954 г., часто называл его «Агафангелом», «вестником добра». В 1962 г. он участвует в первой сессии II Ватиканского собора в качестве богослова, а также переводчика для наблюдателей от других церквей и общин. В 1963 г., вскоре после возвращения к своим преподавательским обязанностям в Иерусалиме, о. Дюпре начинает работать в Секретариате по христианскому единству в Риме. Его активная деятельность, направленная на восстановление полноты общения между христианами, не прерывалась до конца его жизни. С 1965 г. он входил в Совместную рабочую группу между Католической церковью и Всемирным советом церквей; в 1971–1983 гг. координировал взаимодействие между Секретариатом по христианскому единству и Комиссией «Вера и церковное устройство» (богословской секцией Всемирного совета церквей). С 1970 г. он был членом Англикано – католической международной комиссии. В 1975 г. он становится президентом «Подготовительной комиссии по богословскому диалогу между Католической церковью и Православной церковью», а в 1980 г. – секретарем «Совместной международной комиссии по богословскому диалогу между Католической церковью и Православной церковью», о создании которой папа Иоанн Павел II и патриарх Димитрий I объявили в Стамбуле 30 ноября 1979 г. Кроме того, он участвовал в диалоге Католической церкви с Лютеранской всемирной федерацией, со Всемирным союзом реформатских церквей и с пятидесятниками. В 1963 он основывает и становится первым секретарем Католического комитета по культурному сотрудничеству с православными и древними восточными церквами.
29 апреля 1983 г. папа Иоанн Павел II назначает его секретарем Секретариата по содействию христианскому единству, позднее переименованного в Папский совет по содействию христианскому единству. Одновременно он становится вице-президентом Комиссии по религиозным отношениям с иудеями.
На Богоявление 1990 г. в Базилике св. Петра папа Иоанн Павел II возвел о. Дюпре в епископский сан, назначив ему титулярную кафедру Тибара, расположенного неподалеку от места его рукоположения в священники. 22 ноября 1997 г., в возрасте 75 лет, еп. Дюпре подал прошение об отставке, но до 31 мая 1999 он оставался действующим секретарем
С 1999 по 2002 г. еп. Дюпре был президентом Католического комитета по культурному сотрудничеству. В этом качестве он, вместе со своим другом митрополитом Швейцарским Дамаскином, стал инициатором проекта «Живые Источники» по созданию сети католических и православных институтов, цель которого – распространение стремления к христианскому единству среди молодого поколения. Этот проект, активным участником которого стал ББИ, оказался очень успешным и продолжает развиваться.
В последние годы жизни еп. Дюпре отошел от активной деятельности, что было связано с усиливающейся болезнью, а также желанием посвятить себя молитве. Он всегда относился к своим болезням с терпением, в подлинно христианском духе. 13 мая 2007 г., в Риме, он отошел к Господу. Отпевание в Базилике св. Петра совершал кардинал Вальтер Каспер. В конце Святой Мессы, во время которой кардиналу Касперу сослужили несколько кардиналов, епископов и множество священников, в т. ч. миссионеры Африки, и на которой присутствовали члены семьи епископа Дюпре, представители различных церквей и церковных общин, а также члены Папского совета по содействию христианскому единству, было зачитано письмо папы Бенедикта XVI с выражением соболезнований.
Еп. Дюпре похоронен в часовне Белых Отцов на кладбище Верано в Риме.