Сдача готового фильма была заторможена уже на студии. В заключении дирекции «Мосфильма», подписанном генеральным директором киностудии В. Суриным, был дан длинный список «серьезных промахов и недостатков», который с этого момента будет сопровождать картину вплоть до ее запоздалого выхода на отечественный экран в 1971 году. Вероятно, студийное начальство имело сведения о заключении по просмотренному материалу, подписанном 12 марта 1966 года первым заместителем председателя Госкино СССР В. Е. Баскаковым, и таким образом перестраховывалось. Баскаков обращал внимание дирекции на затянутость некоторых сцен, «натуралистические излишества» и считал необходимым при завершении фильма «усилить показ творчества Рублева, его стремление в мрачную пору отобразить мечту народа о счастье, его творческий взлет». Все это перекочевало в студийный акт приемки фильма от 29 июля того же года и сфокусировалось в пометке: «С монтажными поправками». Акт о приемке картины комитетом был подписан Баскаковым 25 августа 1966 года, но с тем же условием «монтажных поправок».
Во время обсуждения картины на расширенном совещании коллегии Комитета по кинематографии претензии заключлись не только в требовании сокращений и изъятия кадров «чрезмерной жестокости». Судя по письму, отправленному председателем Комитета по кинематографии при Совете министров СССР А. В. Романовым на «Мосфильм», речь шла и о недостатках концепции картины. Фильм был возвращен на студию для внесения «монтажных уточнений».
А 9 сентября 1966 года, по просьбе А. Тарковского, ему был предоставлен отпуск «в связи с переутомленностью и плохим состоянием здоровья». Работы же «по окончательному монтажу и сдаче исходных материалов» было решено возобновить через месяц.
Для первой семьи Тарковского это было, как мы помним, трудное время, хотя личные проблемы Андрея и отодвинулись из-за проблем со сдачей картины. Да и его коллеги приняли картину по-разному. По воспоминаниям Рауш, в это время вокруг ее мужа возникали незнакомые лица, поклонники и поклонницы. Он то исчезал из дома, то появлялся с шумной компанией. Ее мать с маленьким Арсением уехали, а сама Ирма отправилась в Вильнюс на съемки фильма Д. Вятича-Бережных «Доктор Вера» (1968). Здесь Рауш и узнала, что муж в больнице. Отпросившись со съемок, приехала в Москву, пришла в больницу, представилась женой больного Тарковского. В ответ услышала: «Сколько вас здесь ходит — и все женами называются! Совсем стыд потеряли!» Показала паспорт. Свидание вышло невеселым, вспоминает Рауш.
В октябре этого же года в прессе появится сообщение об окончании работы над фильмом, а 24 октября после внесения исправлений его будет смотреть худсовет объединения. И снова отметят, что метраж картины «значительно снижает ее художественные достоинства». Тарковский сопротивляется сокращениям — особенно когда речь идет о «натуралистических кусках». В заключении худсовета будет значиться: съемочная группа «должна продолжить работу над устранением отмеченных недостатков».
3 ноября 1966 года А. Тарковский обращается с письмом в комитет на имя А.В. Романова. Пожалуй, тогда и начинается не прекращавшаяся до последних лет жизни «переписка» Тарковского с чиновниками разных рангов по поводу судьбы его произведений и собственной участи.
Режиссер перечисляет 37 поправок, внесенных в фильм, в результате которых картина была сокращена на 390 метров:
Далее события разворачиваются так.
1 декабря уточненный, второй вариант картины представляют руководству комитета.
24 декабря в «Вечерней Москве» появляется статья «…И запылала корова» — с резкой критикой «Мосфильма». В качестве одного из примеров потворства со стороны руководств «выходкам» режиссеров и беспорядка в съемочных коллективах приводится «Андрей Рублев». От худсовета и Генеральное дирекции требуют решительных и безотлагательных действий по обузданию «капризов таланта», которые «влетают государству в копеечку».