Лишившись архиепископа Кентерберийского, Генрих попытался переадресовать его полномочия. В 1170 году он решил короновать старшего сына и объявить его своим преемником. Обычно эту церемонию проводил архиепископ Кентерберийский, но теперь король заменил его Йоркским архиепископом. Реакция Бекета была молниеносной и страшной: он пригрозил отлучением всего английского королевства от церкви (это означало закрытие всех церквей и запрет на функционирование всех религиозных институтов в стране). На сей раз он выиграл и 1 декабря 1170 года с триумфом вернулся в Англию. Нетрудно представить себе настроение Генриха. Атмосфера накалилась до предела, и тремя неделями позже разразилась буря. Бекет таки отлучил от церкви тех епископов, которые принимали участие в коронации, включая архиепископа Йоркского. Ярость Генриха была безмерна, он метался по комнате, сыпал проклятиями и, среди всего прочего, выкрикнул: «Неужели никто не может избавить меня от этого несносного святоши!» Четверо его рыцарей восприняли слова короля буквально. Они тут же поскакали в Кентербери и убили архиепископа прямо перед алтарем Кентерберийского кафедрального собора. Четыре метких удара — и дело сделано. Весь христианский мир содрогнулся в ужасе. По словам Уильяма Фицстивена, биографа Бекета, даже природа отреагировала на это ужасное событие: «Страшное грозовое облако заслонило небесную твердь, затем внезапно хлынул дождь и прогремел гром. После этого небеса окрасились в багровый цвет — ужасный символ страшного злодеяния и невинно пролитой крови».
Это событие имело далеко идущие последствия. Поднялся такой шум, что перепуганный Генрих счел нужным продемонстрировать публичное покаяние. Он босиком отправился в Кентерберийское аббатство и позволил тамошним монахам высечь себя в качестве наказания. Бекет был похоронен в кафедральном соборе Кентербери, и вскоре стали распространяться слухи о чудесах, имевших место на его могиле. Сюда потянулась цепочка пилигримов со всей Англии. Благодаря их щедрым дарам Кентерберийский собор приобрел неслыханное богатство и влияние. В 1172 году папа и вовсе канонизировал Томаса Бекета. Надо сказать, что вся эта шумиха вокруг новоявленного святого не произвела на короля Генриха особого впечатления. Он продолжал воевать с церковью. И не он один, между прочим: в будущем англичанам довелось быть свидетелями еще не одной ссоры между архиепископами и королями. Зато смерть Бекета привела к неожиданным последствиям внутри самой церкви. Кентербери приобрел собственного святого-великомученика, не говоря уж о солидном доходе от паломников-богомольцев. Йорку нечего было противопоставить такому мощному козырю: его святой Уильям никак не мог соперничать с Бекетом. Таким образом, строптивый архиепископ своей мученической гибелью сослужил еще одну, посмертную службу родному аббатству и помог утвердить его приоритет над Йорком.
Во время правления Генриха II в страну вновь вернулись мир и процветание, которые, казалось бы, навсегда канули в лету в период анархии. Осталось, правда, еще много нерешенных вопросов, касавшихся в первую очередь спорного землевладения. Но Генрих разработал новую правовую систему и учредил, наряду с местными судами, общенациональные королевские суды. До того виновность или невиновность подозреваемого устанавливалась при помощи так называемого испытания Божьим судом: как правило, это был поединок между сторонами, участвующими в тяжбе. В 1179 году Генрих заменил его судом с привлечением двенадцати свидетелей (местных жителей, лично знакомых с тяжущимися). Позже за ним закрепилось название «великие ассизы» (английское слово «assessment» — «оценка, суждение» — происходит от того же корня). При той простоте нравов, что царила в средневековом обществе, обычно ограничивались устными заявлениями свидетелей по существу вопроса. На основе этой практики возник суд присяжных, который в наши дни широко используется во всем англоговорящем мире.
Генрих сам сравнивал своих четырех сыновей — Генриха по прозвищу Молодой, Ричарда, Джеффри и Джона — с орлиным выводком. Каждый из них отчаянно рвался к власти. Чтобы как-то умиротворить своих отпрысков, Генрих II произвел раздел земель между ними, но это только усугубило ситуацию. Королева Алиенора тоже подливала масла в огонь, подстрекая сыновей к бунту против отца. В 1173 году мать объединилась с тремя старшими сыновьями и попыталась устроить мятеж. Потерпев неудачу, они бежали за границу. Вернее, это удалось только сыновьям, королеву схватили и заточили в крепость.