В последующие три года на страну последовательно обрушились три тяжких бедствия. До нас дошли дневники знаменитого мемуариста того времени Сэмюеля Пипса (1633–1703), которые в живописных деталях воссоздают картину и позволяют увидеть все происходившее как бы изнутри. Прежде всего в 1665 году в Англии случилась новая эпидемия бубонной чумы. Это была последняя в истории страны вспышка заболевания — ее окрестили Великой чумой, и особо сильно она ударила по Лондону. Десятки тысяч людей умерли, жизнь в городе замерла, лишь скрип погребальных телег раздавался в ночи. Трупы валялись на улицах, в городе царила ужасная антисанитария. Люди в панике бежали из города, стремясь уберечься от заразы; на дверях домов с заболевшими рисовали красные кресты, их обитателям запрещалось выходить наружу. Строгие в вопросах морали пуритане видели в обрушившемся бедствии перст Божий, утверждая, что король с его бесшабашным образом жизни прогневал Создателя.
К 1666 году эпидемия стала стихать, и тут разразился Великий пожар. Он начался в лавке булочника на Паддинглейн и быстро распространился по всему городу, который в то время представлял собой тесное скопление деревянных домов. Огонь бушевал трое суток, в некоторых районах земля настолько раскалилась, что и через две недели по ней невозможно было ходить. За восстановление города взялись практически сразу же, причем согласно королевскому повелению строили уже из камня. Большая заслуга в этом принадлежит Кристоферу Рену (1632–1723), известному топографу и архитектору. Главный его шедевр — новое здание собора Св. Павла — вырастало, будто птица Феникс из пепла. Это величественное, одухотворенное строение в классическом стиле стало чудом архитектуры своего века.
В том же 1665 году началась Вторая Голландская война, ставшая большим ударом для королевской казны. Денег катастрофически не хватало. Дошло до того, что в 1667 году весь английский флот пришлось поставить на прикол в устье Темзы. Прознавшие об этом голландцы воспользовались случаем и совершили дерзкую вылазку: спалили несколько кораблей, а один военный корабль с символичным названием «Король Карл» увели на буксире. Английские же моряки, в то время бунтовавшие по поводу невыплаты жалованья, спокойно наблюдали за этой картиной.
В период между 1668 и 1681 годами вопросы религии неизменно оказывались в центре внимания всех политических группировок. Своей откровенной симпатией к католицизму Карл II умудрился восстановить против себя многих протестантов и членов англиканской церкви. Еще большее возмущение вызвали его переговоры с французским королем Людовиком XIV. В 1670 году в Дувре был подписан тайный англо-французский договор. В нем Карл II обязался «помириться с Римской католической церковью, как только это позволят государственные дела». За это французский король пообещал выплачивать Карлу ежегодный пенсион в сто пятьдесят тысяч фунтов и в случае необходимости прислать шесть тысяч человек — так сказать, чтобы облегчить переход в католичество для Карла и всей Англии. Естественно, этот пункт договора держался в секрете, но и без того хватало знаков — и весьма явных — свидетельствовавших о симпатии Карла к католицизму вообще и к католической Франции в частности. В 1670 году Людовик выделил английскому королю субсидию в триста семьдесят пять тысяч фунтов, а в 1672 году Карл издал «Декларацию веротерпимости», которая обеспечивала свободу совести католикам и нонконформистам. Два дня спустя Англия неожиданно объединилась с Францией и объявила войну протестантской Голландии.
Для защиты от захватчиков голландцы во главе со своим штатгальтером, принцем Вильгельмом Оранским, разрушили дамбы и затопили большую часть страны. Неудачный ход войны создал серьезные проблемы для Карла II, который, испытывая нехватку в средствах, вынужден был снова созвать парламент. Парламентарии, недовольные и устрашенные усилением позиций католицизма (и чересчур горячей дружбой с Францией), приняли в 1673 году «Акт о присяге». Согласно ему, каждый поступающий на государственную службу обязан был принести присягу по англиканскому обряду. Это означало, что католики и члены протестантских сект не могли попасть на службу в государственные учреждения. Даже родной брат короля (и, между прочим, наследник трона) Джеймс, герцог Йоркский вынужден был покинуть высокий пост лорда-адмирала, поскольку являлся католиком.