В мае парламент принял решение расформировать кавалерийские части «нового образца» — слишком дорогостоящие и к тому же политически ненадежные. В ответ генерал Ферфакс собрал верных ему солдат в городе Ньюмаркете. Второго июня кавалерийский эскадрон умудрился захватить в плен самого короля, отбив его у охраны. Армия к XVII столетию была уже изрядно политизирована. Никого уже не удивляли солдатские бунты по поводу плохого обеспечения или недостаточной оплаты, но в июне 1647 года лидеры «новой армии» под давлением радикально настроенных низших чинов составили документ, озаглавленный «Дело армии в его доподлинном изложении». В нем они заявляли, что нынешняя армия «не просто сборище наемников», что у них имеется политическая программа, которая предусматривает чистку парламента. Дабы убедить палату общин в серьезности своих намерений и заставить принять эти предложения, воинские части медленным маршем двинулись по направлению к Лондону. Они вели себя очень дисциплинированно, и авторитет армии лишь укрепился, когда к солдатам примкнули несколько представителей знати и пятьдесят восемь членов парламента. Шестого августа 1647 года части заняли Вестминстер (который сдался без всякого сопротивления) и взяли на себя контроль над парламентом.
На тот момент в армии сохранялось сильное влияние левеллеров. Они подготовили свои предложения для новой конституции королевства и изложили их в «Народном соглашении». Для обсуждения этих предложений была созвана знаменитая конференция в Патни, которая продолжалась три дня — 28,29 октября и 1 ноября. В ней принимали участие представители левеллеров вместе с консервативно настроенными армейскими офицерами. Центральной темой для обсуждения стали пресловутые «прирожденные» права граждан. Левеллеры требовали единого права голоса «для всех свободных англичан» (естественно, за исключением женщин и прислуги), офицеры яростно им возражали.
Через десять дней после завершения конференции Карл I бежал из своего заключения в Хэмптон-Корте. Трудно сказать, причастны ли к тому армейские чины, но, без сомнения, это бегство сыграло им на руку. Они тут же заговорили о надвигающейся угрозе со стороны короля и отложили обсуждение левеллерского «Соглашения» до лучших времен. Потихоньку авторитет левеллеров стал падать. В ноябре 1647 года стычки, инспирированные левеллерами, произошли в Херефордшире. Позже, в 1649 году, они повторились в Бедфорде и Оксфорде, но все были быстро подавлены. Зачинщиков-левеллеров бросили в тюрьму, их памфлеты уничтожили. К 1650 году движение левеллеров исчерпало себя и потеряло политическое значение.
После бегства в 1647 году из Хэмптон-Корта король нашел убежище в Кэрисбрукском замке на острове Уайт. Формально он являлся пленником родственника Оливера Кромвеля, занимавшего должность коменданта замка, но это не мешало Карлу строить планы и интриговать. Он получил поддержку из Шотландии, связался со остатками роялистской армии, и в 1648 году разразилась так называемая Вторая гражданская война. То там, то здесь в различных графствах страны вспыхивали восстания. Правда, эти восстания были плохо скоординированы, и для армии не составило труда их подавить. Тем не менее сам факт волнений убедил армейское руководство, что мира нет и не будет, пока Карл I остается в живых. По иронии судьбы, теперь парламент медлил, страшась вынести приговор королю. Чтобы сделать палату общин более сговорчивой, ста десяти ее членам запретили участвовать в заседаниях, еще сто шестьдесят самостоятельно отказались от этого права. Теперь от «Долгого парламента» осталось по списку всего восемьдесят человек — так сказать, «охвостье». Ему и надлежало принять судьбоносное решение.
Но даже и в таком составе до единодушия было далеко. Многие парламентарии отказывались судить Карла I, придерживаясь принципа: «Над королем нет суда». Что касается Карла, то он с самого начала занял непримиримую позицию: отказался от защитника, настаивая на незаконности подобного судилища. Это не помешало депутатам вынести обвинительный приговор — Карла I приговорили к смертной казни «путем отсечения головы от тела». Тридцатого января 1649 года приговор привели в исполнении на открытой улице перед Уайтхоллом. Это был беспрецедентный случай, когда народ судил своего короля, признал его виновным и казнил. Современники рассказывают, что когда палач поднял отрубленную голову на всеобщее обозрение, в толпе, собравшейся перед эшафотом, раздались дружные стоны и рыдания.