Оставив в Махраме небольшой гарнизон, Кауфман 26 августа выступил к столице ханства Коканду. 29 августа русские войска без единого выстрела заняли Коканд, а 5 сентября двинулись дальше и 8 сентября прибыли в Маргелан. Здесь для дальнейшего преследования скопищ Автобачи был сформирован летучий отряд под командованием генерал-майора Скобелева в составе шести казачьих сотен, двух рот пехоты, посаженных на арбы, конной восьмиорудийной батареи и ракетной команды. Отряд занял без боя Ош — самый восточный город ханства и рассеял скопища Автобачи, бежавшего в Узгент. 13 сентября летучий отряд возвратился в Маргелан. Таким образом, в течение трех недель Кауфман овладел всем ханством.
22 сентября 1875 г. генерал-губернатор Кауфман заключил с ханом Наср-Эдцином договор, по которому последний признавал себя покорным слугой русского царя, обязывался выплачивать в виде дани ежегодно 500 тыс. рублей и уступал России все земли к северу от реки Нарын. Из этих земель, согласно приказу по Туркестанскому генерал-губернаторству от 16 октября 1875 г., был образован Наманганский отдел, начальником которого назначался отличившийся во время Кокандского похода генерал-майор Скобелев.
После заключения мирного договора русский отряд выступил из Маргелана и 26 сентября прибыл в Наманган.
Но вновь приобретенные земли еще не были окончательно покорены. Наср-Эдцин, заключивший договор с Россией, не в состоянии был поддерживать спокойствие в крае. Абдуррахман-Автобачи, все еще находившийся на свободе, пользовался большим авторитетом у кокандцев. Он вновь поднял восстание, центром которого стал город Андижан. Автобачи удалось свергнуть Наср-Эдцина и провозгласить ханом родственника Худояра Пулат-бека (Фулаш-бека).
Для подавления восстания 28 сентября из Намангана был выслан отряд генерал-майора Троцкого в составе 5,5 роты, конной батареи, 3,5 казачьих сотен и четырех ракетных станков, всего 1400 человек. В Андижане скопилось около семидесяти тысяч восставших, не считая 15 тысяч кара-киргизов Пулат-бека, расположившихся вокруг города. Несмотря на такое численное превосходство противника, русскому отряду удалось 1 октября занять Андижан. Но недостаток сил не позволил Троцкому развить успех до полного разгрома восставших, как это было под Махрамом. Разрушив наполовину город, русский отряд в тот же день направился обратно в Наманган, куда прибыл 8 октября.
В конце концов, 15 января 1876 г. последовало Высочайшее разрешение «занять остальную часть Кокандского ханства, когда Кауфман признает это необходимым»{127}
.Тем временем Скобелев взял Андижан. У Скобелева было 9 рот пехоты, 7,5 сотен казаков, 12 орудий и ракетная батарея, всего 2800 человек. 8 января 1876 г. русский отряд штурмом овладел центральной частью города и высотой Гультюбе, где немедленно была установлена батарея. Потери русских ограничились двумя убитыми и семью ранеными (среди них один офицер). Потери же кокандцев были огромны, а сам Абдуррахман-Автобачи с большей частью своего воинства бежал в Ассаке.
Жители Ассаке быстро перешли на его сторону. Генерал Скобелев 18 января двинулся на Ассаке и, лично руководя артиллерийским огнем, уничтожил остатки кокандского войска. Это поражение наконец-то убедило Автобичи в бесполезности дальнейшего сопротивления, и 24 января он добровольно сдался русским. А 28 января русский летучий отряд поймал в горном кишлаке Учь-Курган и другого виновника волнений в крае — Пулат-бека. Абдуррахман-Автобачи сослали в Екатеринослав, а Пулат-бека повесили в Маргелане.
Хан Наср-Эддин вернулся из России в успокоившийся Коканд и начал было уже принимать меры для утверждения своей власти, но тут Скобелев получил приказание от Кауфмана о присоединении Кокандского ханства к России. Во исполнение этого Скобелев быстро сосредоточил войска у Коканда и 7 февраля 1876 г. арестовал хана. Наср-Эддина сослали в Оренбург.
19 февраля 1876 г. Александр II издал указ о том, чтобы вновь занятую область, составлявшую до 1875 г. Кокандское ханство, включить в границы Российской империи и образовать из нее Ферганскую область.
Теперь только племя кара-киргизов оставалось непокоренным. В апреле 1876 г. генерал Скобелев занял Гульчу и разбил скопище каракиргизов у Янги-Арыка, а летом того же года предпринял экспедицию в долину Большого и Малого Алая. В результате этих действий каракиргизы были вынуждены «изъявить покорность», и в их племени было учреждено принятое для кочевников управление.
С присоединением Ферганской области территория Российской империи увеличилась на 1596 кв. миль с населением до 675 тысяч человек.
К 1877 г. туркменские степи огромным клином вдавались в русские среднеазиатские владения, разделяя Закаспийский край и Туркестан и пересекая все русские караванные пути, поэтому сообщение между Красноводском и Ташкентом приходилось поддерживать через Оренбург.