Зима 1892/93 г. прошла спокойно. Весной 1893 г. афганцы начали стягивать войска к границам Бухары и производить рекогносцировки в Шигнане и Рушане, собирая с местного населения незаконную подать. Для прекращения произвола афганцев в этот район был послан штабс-капитан Ванновский с двумя офицерами и десятью нижними чинами. Афганцы бежали при появлении команды Ванновского.
В начале 1894 г. на Памир были отправлены подкрепления под командой уже знакомого нам полковника Ионова. В мае 1894 г. Ионов получил сведения о появлении вооруженных афганцев в Шигнане и Рушане и немедленно отправил туда два отряда: подполковника Юденича — по реке Гунт и капитана Скерского — по реке Шахдаре, до впадения обеих рек в Пяндж. В ту же сторону был выслан казачий разъезд капитана Александровича.
Шахдаринский отряд (12 человек пехоты, 20 казаков, 2 орудия) 22 июля прибыл к границе Шигнана, где был радостно встречен местным населением во главе с сыном правителя, присоединившимся к отряду. Однако, подойдя к крепости Рош-Кала 28 июля, отряд был встречен огнем. 31 июля Скерский направил к крепости два отряда, и афганцы покинули Рош-Кала и отошли на 12 верст от бивака русских.
К афганцам подошло подкрепление, но и к отряду Скерского подошла команда капитана Эттингена, у которого было 60 пехотинцев, 12 казаков и пара пусковых станков с 32 осколочно-фугасными ракетами.
С 4 по 8 августа 1894 г. афганцы несколько раз пытались атаковать русских, но каждый раз, попадая под огонь, они отступали. 9 августа афганцы скрытно ушли и через десять дней уже были в пределах владений своего эмира.
Наряду со смелыми действиями русских пехотинцев и казаков следует отметить и блестящую работу расчетов горных орудий и ракетных команд. Чего стоит только переход конно-горной батареи через перевал Акбайтал на высоте 4593 м над уровнем моря. Сейчас далеко не каждый альпинист может похвастаться покорением таких высот, а тут простые солдаты без всякого снаряжения тащили на себе и коней, и пушки.
К концу 1894 г. Памир был окончательно очищен от китайцев и афганцев. Успешные операции русских войск заставили британское правительство вступить в переговоры с Россией.
27 февраля (11 марта) 1895 г. в Лондоне посол России Георг фон Стааль и министр иностранных дел Великобритании лорд Кимберли обменялись нотами по вопросу ограничения подвластных им территорий в Средней Азии. В историю дипломатии этот обмен нотами вошел как «Третье русско-английское соглашение по Средней Азии». (Первое состоялось в 1872—1873 гг., а второе в 1885—1887 гг.).
Условиями «третьего» соглашения были:
1. Соглашение определяло восточный (бухарский) участок северной границы Афганистана.
2. Сферы влияния России и Англии на восток от озера Зоркуль разделялись пограничной чертой, которая шла от точки на восточной оконечности озера Зоркуль по гребню горной цепи до перевала Орта-Бель, а оттуда далее на восток, примерно чуть южнее параллели озера Зоркуль, затем пограничная черта поворачивала к пункту Кызыл-Рабат, лежащему на реке Оксу, а оттуда далее на восток до смыкания с китайской границей.
3. Река Пяндж становилась пограничной рекой между Афганистаном и Бухарой, между сферой английских и российских интересов. С этой целью Афганистану отошли бухарские владения к югу от Аму-дарьи, на левом берегу реки Пяндж (округ Дарваз), а к Бухаре присоединились таджикские округа Рушан и Шигнан, а также часть Вахана, лежащая на правом берегу Пянджа.
4. Остальная часть Вахана, лежавшая выше впадения реки Памир в реку Пяндж, так называемый Вахандарья, остался за Афганистаном. Тем самым Россия отделилась узкой полоской афганских владений от Гиндукуша, сохранявшегося безусловно в сфере владений Великобритании.
5. Эта полоска между Гиндукушем и русско-афганской границей, хотя и входила в сферу влияния английских интересов, не была присоединена к владениям Британии, а осталась афганской и на ней не разрешалось возводить ни военных постов, ни укреплений.
6. Установленная соглашением пограничная черта должна быть демаркирована Смешанной русско-английской комиссией погранично-технического характера с участием представителя эмира Афганистана.
7. Обе стороны обязались не вмешиваться в политические дела сферы другой стороны: то есть Россия — к югу от разграничительной линии, а Англия — к северу от разграничительной линии.
Демаркация границы на местности была проведена в июле 1895 г. Пограничный столб № 1 установили на восточном берегу озера Зоркуль.
Таким образом, часть Памира отошла к Афганистану, часть — к России, а часть — к Бухарскому эмирату. Однако власть бухарского эмира в своей части владений была фиктивной. Фактически и русский, и бухарский Памир находились в ведении начальника памирского отряда, пользовавшегося по отношению к населению правами начальника уезда и подчиненного по исполнению своих административных обязанностей военному губернатору Ферганской области.