Годовалый король-сирота был поручен заботам графа и графини Мар. Но реальная власть в королевстве оказалась в руках коварного и властного графа Меррея, сводного брата Марии. Не менее могущественным был рыжий Дуглас, граф Мортон; это он на коронации Якова выразил надежду, что король будет «соблюдать законы и установления, принятые издавна, и выкорчевывать все ереси, враждебные истинной вере». Под истинной верой подразумевался кальвинизм, утвердившийся в Шотландии в середине XVI века. Между этими двумя силами — феодальной знатью и фанатиками-протестантами — Яков балансировал всю жизнь. Через три года регент Мер-рей был убит; потом такая же судьба постигла его преемника Леннокса. Умер (как многие думали — от яда) и граф Мар, и воспитание Якова перешло к его брату Эрскину. В августе 1571 года короля зачем-то принесли в парламент и усадили за стол. Ему было скучно, и он глядел по сторонам, пока не обнаружил дыру в скатерти. «В вашем парламенте дырка!» — громко объявил король, сконфузив сидящих рядом лордов.
Но дырявыми были не только парламентская скатерть, но и карманы шотландцев, и государственная казна. Единая власть в стране фактически отсутствовала; каждый лорд или клановый вождь полновластно хозяйничали в своей округе. Вдобавок они вели между собой постоянные войны за власть, за лучшие пастбища, а то и просто из-за вековой вражды. Новая причина для войн возникла после Реформации, когда одни феодалы остались католиками, другие сделались умеренными протестантами, а третьи — пресвитерианами, которые выступали против епископов и монахов и под шумок завладели большей частью церковных земель. Воспитатель короля Бьюкенен с полным правом называл лордов «чинителями разбоя и возмутителями мятежа, погрязшими в ненасытной похоти и неумолимой гордыне, неверными в клятве, не знающими жалости к низшим и уважения к высшим, в мире желающими бедствий, на войне жаждущими крови».
Джордж Бьюкенен, яростный враг Марии и всех католиков, стал первым учителем короля. Он не особенно стеснялся в методах воспитания и часто пускал в ход розгу. Добрая графиня Мар как-то упрекнула его в том, что он лупит помазанника Божия. «Я бью не его, а его зад, — отозвался не стеснявшийся в выражениях Бьюкенен. — Можете целовать его, если хотите». Уроки легли на благодатную почву — уже в десять лет прилежный и памятливый Яков мог «с ходу перевести главу из Библии с латыни на французский, а с французского на английский». Бьюкенен прививал ученику и собственные политические взгляды: король должен быть слугой «народа», то есть благонравных граждан, посещавших протестантские «кирки». В протестантизме слабая королевская власть могла найти союзника в борьбе с жестокими и продажными лордами, которые полностью контролировали государственный аппарат. Взамен король обязан помогать протестантам бороться с теми, кто все еще подвержен «пагубному лжеучению» католичества. Пока же лорды с их родичами и слугами и протестантские проповедники с их паствой составляли две непримиримые партии, грозившие в любой момент разорвать страну надвое. Только авторитет власти и твердое управление могли соединить эти две Шотландии. Сменявшие друг друга регенты пытались править решительно, но кончалось это всегда одинаково — их смертью. В марте 1578 года, после очередной кровавой смуты, 12-летний король был объявлен полновластным правителем, но на деле власть осталась в руках регента Мортона.
Противоречивой была не только внутренняя, но и внешняя политика Шотландии. Длительный союз с Францией был прерван, когда регенты Меррей и Мортон взялись открыто проводить проанглийскую политику. Но французская партия не дремала — ее глава Эсме Стюарт на деньги Гизов подкупил лордов и добился ареста и казни Мортона по давнему обвинению в убийстве Дарнли. После этого Эсме сделался герцогом Ленноксом и фактическим правителем, а его родич и союзник Джеймс Стюарт получил титул графа Арранского. Эсме для виду принял протестантство, но все знали о его католических симпатиях. В 1582 году он добился от короля назначения своего ставленника Монтгомери епископом Глазго; протестанты, не желавшие никаких епископов, подняли бунт и привлекли на свою сторону нескольких лордов. В августе король был схвачен графом Гоури в одном из замков; с ним обращались уважительно, но вынудили подписать указ об отстранении обоих Стюартов от власти. Эсме спас свою жизнь лишь поспешным бегством в Париж.