В августе 1086 года состоялся очередной съезд английской знати в Солсбери. Королю показали готовый экземпляр «Книги Страшного суда», он одобрил ее и велел переписать и хранить в каждом графстве. После этого он потребовал от собравшихся — а это были, по сообщению «Хроники Питерборо», все землевладельцы Англии, нормандцы и саксы, — клятвы верности своему роду. Присягавших было так много, что процедура заняла целый день. Тогда же некоторые бароны попросили Вильгельма снизить налоги ввиду неурожая и начавшейся эпидемии чумы. Он повторил то, что говорил всю жизнь: «Закон установлен для всех и не знает исключений». Вскоре после этого он в последний раз пересек Ла-Манш — небольшое графство Вексен подняло восстание и перешло под власть Франции. То ли во время марша, то ли на охоте с монархом произошел несчастный случай — лошадь взбрыкнула, и высокая лука седла сильно ударила Вильгельма в живот. Его перевезли в Руан, но король с трудом переносил шум большого торгового города. Тогда его с великой предосторожностью усадили на коня и препроводили в тихий приорат Сен-Жервез недалеко от столицы. Там он находился почти неделю и успел рассказать историю своей жизни сыновьям — Вильгельму и Генриху, — аббату Жюмьежа Гунтарду и своему другу и личному врачу Гильберту Мамино, которого он сделал епископом Лизье. Свой рассказ он велел записать; до наших дней дошло два сомнительных варианта этой так называемой «апологии». В ней Вильгельм каялся в грехах, совершенных во время своего правления, особенно сожалея о погибших при Гастингсе и о разорении Нортумбрии. Однако все свои деяния он оправдывал тем, что они совершались «во имя Господа и святой церкви» и «во славу нормандского племени». Король подчеркивал, что старался поступать справедливо и первым установил в Англии равный для всех закон. Это, пожалуй, было справедливо с одним важным исключением — законы были равны только для свободных и то в теории, а на практике часто торжествовало «кулачное право».
На смертном одре Вильгельм разделил власть между сыновьями. Вильгельм получил Англию, а опальный Роберт — Нормандию. Младшему и любимому сыну Генриху из-за сопротивления старших достались только пять тысяч фунтов серебра из королевской казны с назначением наследником обоих владений. Зная нравы своих детей, король говорил с Вильгельмом наедине. Он вручил ему корону Англии, изготовленную византийским мастером по образцу императорской, поцеловал его и напутствовал: «Поспеши в свое королевство!» Еще он приказал освободить всех узников, в том числе эрла Моркара и брата Гарольда Вулфнота. Освободили и епископа Одо; принимая такое решение, король тяжело вздохнул и заметил: «Многих еще погубит этот человек». Многим были возвращены конфискованные владения, но среди них почти не было англосаксов — Вильгельм заботился о том, чтобы его сыновья не столкнулись с восстаниями, которые пришлось подавлять ему.
Утром 9 сентября Вильгельм услышал колокола Руанского собора, звонившие к заутрене. С трудом подняв руку, он прошептал: «Вручаю себя Марии, святой Матери Божьей». После этого он закрыл глаза и уже не открывал их. При кончине присутствовали несколько церковников и сын Роберт. Хоронили Завоевателя в обители Святого Стефана в Кане рядом с Матильдой. Как рассказывает не любивший покойного Ордерик Виталий, когда тело короля перевозили в церковь для отпевания, его толстое брюхо быстро раздулось и лопнуло. Никакие благовония не могли заглушить нестерпимой вони, поэтому тело пришлось предавать погребению в большой спешке. Завершая рассказ об этом, историк назидательно замечает: «Так по воле Господа сильные в жизни становятся ничтожными в смерти, а творившие жестокости умирают в грязи». Мало того — на похоронах устроил скандал некий рыцарь Аццелин, утверждавший, что Вильгельма хоронят на незаконно отнятой у него земле. Чтобы отделаться от жалобщика, ему срочно уплатили 60 шиллингов.