Он включал в сферу науки некоторые теологические положения, такие как то, что Бог существует, что Он един, и даже достаточно спорное положение о том, что Он создал мир из ничего. Тем не менее, он отказался от стремления схоластов превратить веру в знание. Но прорыв был совершен, и следующему поколению философов уже легко было выделить теологию из науки. Но и для Скота теология перестала быть наукой, которая обладает какими бы то ни было достоинствами, поскольку ее принципы не выводились с достаточной очевидностью. В конечном счете, он не стремился принизить ценность теологии: сверхъестественная истина, которая выходит за пределы разума, является незыблемой и обладает даже таким уровнем истинности, который недоступен естественному разуму. Анализ Скота не подвергал сомнению теологические истины, но ставил под сомнение способности разума и поэтому, хотя и не имел скептических намерений, вел к скептицизму. Своей скорее критической, чем конструктивной позицией Скот явился предвестником новой эпохи, которая началась в XIV в. Его творчество стоит на грани между двумя типами средневековой философии - созидательной и критической, верящей в разум и той, которая сомневается в нем и сдается на милость веры.
2.
Он по-иному понимал познание внешнего мира. Фома, верный универсальному взгляду греков, полагал, что разум познает только виды, Скот же приписывал разуму еще и способность познания единичного. Он также иначе понимал функции разума: Скот отрицал, что разумное познание имеет исключительно абстрактный характер. Абстрактное познание объектов всегда должно предваряться интуитивным; только с помощью интуиции, а не через абстрактное понимание можно подтвердить существование и наличие вещи. Он не трактовал интуицию мистически, но понимал ее как акт непосредственного познания наличного объекта.
Интуиция дает индивидуальное и экзистенциальное познание, но оно носит случайный характер, поскольку существование не относится к сущности конечных вещей. Абстрактное знание, напротив, отвлекаясь от наличных вещей и их индивидуальных характеристик, познает вместо этого их всеобщие и существенные особенности. Это различение двух родов познания, введенное Скотом, стало, начиная с того времени, всеобщей особенностью схоластики.
3.
Эту простую позицию Скот не выразил достаточно прямо, а изложил ее на традиционном аристотелевско-схоластическом языке. Этот язык указывал на «форму» как на существенный элемент вещи. Скот также утверждал, что видовая форма не может быть единственной, но что кроме нее в каждой вещи имеется индивидуальная форма, - это была схоластическая формула индивидуализма. Индивидуальные черты не являются содержанием материи, как это хотел представить Фома, а являются характеристикой формы. На языке схоластики форма - это индивидуальная особенность.
Однако индивидуализм Скота все-таки не был радикальным. Он утверждал, что существуют только конкретные сущности, но не считал, что всеобщее - это лишь заблуждение разума. Это утверждение стало основой позиции следующего поколения философов. Для Скота всеобщее содержалось в вещах, поскольку он принял реалистическую позицию Фомы, но он пошел дальше. Скот допустил, что все, что скрыто в понятии, содержится также и в объекте. Любой модус разумности он понимал как существенный модус. Геометрические величины, точки и прямые он считал реально существующими в объектах. Он множил отличительные особенности понятий и все их приписывал вещам. Скот соединил индивидуализм с понятийным реализмом.