Отказавшись от идеи цикличности мирового процесса, которая была характерна для учений Анаксимандра (а может быть, и Анаксимена), Гераклита и Эмпедокла, Анаксагор развил эволюционную космогонию, согласно которой космос рождается однажды из некоего первичного состояния, а затем необратимо развивается в одном направлении. Первичное состояние (panta homoy — «все вместе») характеризуется смешением всех «вещей», когда мир представлял собой качественно неопределенную неподвижную массу. Под действием активного агента, который у Анаксагора именуется «нусом», т. е. Разумом (noys — ум, разум), в каком-то участке первичной смеси внезапно возникает мощное круговращательное движение (perich5resis), которое затем распространяется вширь и захватывает все новые массы первичной смеси. Быстрое вращение обусловливает разделение этих масс на составляющие их компоненты, в первую очередь — на эфир (огонь) и воздух, которые занимают соответственно периферийную и внутреннюю области космического вихря.
В каждой из этих стихий содержатся всевозможные «семена», т. е. ничтожно малые частицы разнообразных веществ, отличающиеся друг от друга формами, цветами, вкусами и запахами. В дальнейшем из воздуха выделяются более плотные и темные компоненты — облака, вода, земля, камни. Согласно принципу «подобное стремится к подобному», происходит соединение сходных семян, образующих массы, воспринимаемые нашими органами чувств как однородные вещества. Этот принцип, вместе с разделяющим действием космического круговращения, оказывается достаточным для образования космоса. При этом не нужно упускать из виду, что весь ход космообразования и, следовательно, организация космоса в целом были как бы «запрограммированы» первичным толчком, осуществляемым Разумом. Если бы подобный толчок произошел где-то в другом месте первичной смеси, то и там возник бы мир, во всех отношениях подобный нашему. Вопрос о том, действительно ли возникают многие миры или же процесс космообразования осуществляется один-единственный раз, остается, строго говоря, открытым. Правда, античные источники причисляли Анаксагора к сторонникам второй альтернативы.
Космическое круговращение, по мысли Анаксагора, никогда не остановится, но оно будет все больше замедляться по мере вовлечения в него все новых и новых масс окружающей смеси и по мере происходящего при этом расширения космоса. В настоящее время это круговращение воспринимается нами в форме суточного вращения небесного свода. Земля, образовавшаяся из наиболее плотных и тяжелых веществ, замедлялась быстрее и в настоящее время пребывает неподвижной (или почти неподвижной?) в центре космоса. Она имеет плоскую форму и не падает вниз, будучи поддерживаемая находящимся под ней воздухом. Небесные светила были оторваны от земного диска силой вращающегося эфира и затем раскалились под его действием. Солнце — огромная пылающая глыба величиной с Пелопоннес. Звезды — раскаленные камни, которые иногда низвергаются вниз; именно таким образом Анаксагор объяснил поразившее греков падение большого метеорита в устье реки Эгоспотамы (468/67 г. до н. э.). Луна имеет более холодную природу; на ней имеются возвышенности и впадины и, возможно, она обитаема. Анаксагору принадлежит заслуга правильного объяснения не только солнечных, но и лунных затмений. Он сформулировал также ряд гипотез для объяснения многих других астрономических и метеорологических явлений, к каковым относятся кометы и Млечный Путь, «повороты» Солнца и Луны, наклон небесной оси, молния, гром, дождь, снег, град, радуга и т. д. Несмотря на наивность большинства этих гипотез, они отражают характерное для Анаксагора (и, добавим, весьма прогрессивное для того времени) стремление объяснить все явления с помощью причин одного и того же рода. Никаких граней между Небом и Землей, между космологией и метеорологией Анаксагор не проводил. Его космос имел единую природу; это был земной космос, в нем не было ничего божественного и сверхъестественного. Именно в этом смысле надо понимать слова Маркса, что «Анаксагор... первый физически объяснил небо и таким образом — в другом смысле, чем Сократ — приблизил его к земле...».
К числу прочих особенностей физики Анаксагора надо еще отнести: релятивизм большого и малого, отрицание пустоты (о чем пишет Аристотель в «Физике»), идея бесконечно малых величин (по сути дела близкая к идее бесконечно малых величин в математике Нового времени — с той лишь разницей, что у Анаксагора речь идет не о математических, а о физических величинах) и, наконец, попытки качественно сформулировать некоторые закономерности механики («скорость порождает силу»). Все эти особенности придают учению Анаксагора своеобразие, выделяющее его среди других учений досократиков.