Все найденные до сих пор сооружения раннего периода зафиксированы в центральной части города — это часть фундамента и подвальное помещение с хиосскими амфорами, обнаруженные на берегу (Блаватский В.Д.
, 1940, с. 298) и остатки архаического здания, слегка заглубленного в материк с ямками для столбов, поддерживавших деревянно-глинобитные стены (АО 1971 г., с. 143). По-видимому, ранний город занимал территорию приблизительно 500–600 м вдоль берега залива. Западная половина верхней террасы частично была занята городом VI в. до н. э., восточная была за его пределами. На верхней террасе найдены части двух жилых домов, построенных из сырцовых кирпичей и уложенных непосредственно на материковый песок (табл. XXXVIII, IV). Между ними проходила улица шириной 3 м. Стены архаических домов, как и все строительные остатки античного времени, ориентированы строго по сторонам света. Исключение составляют фундаменты вне города, городские стены и расположенные около них дома. По-видимому, внутренняя застройка Фанагории была осуществлена по единому плану. На протяжении веков местоположения отдельных домов могли смещаться, но сам принцип градоустройства оставался неизменным. В конце VI в. до н. э. дома на верхнем плато подверглись разрушению, сопровождавшемуся пожаром. Сооружение второй половины VI в. до н. э. на центральном раскопе перекрыто глиняными субструкциями, также со следами пожара (АО 1972 г., с. 131). После гибели домов сохранившееся население обитало какое-то время в полуземлянках каждая площадью около 4 м2. Стены и крыши их поддерживались угловыми столбами. В одной из них сохранились незначительные остатки очага.В начале V в. до н. э. территория города расширяется. Проводятся большие строительные работы, возводятся крепостные стены толщиной около 1 м с фундаментами из огромных плоских камней песчаника (Кобылина М.М.
, 1963а; 1967а, с. 127; 1969). В юго-западном углу города обнаружены остатки порога городских ворот из массивных плит известняка, на одной из которых сохранился железный стержень для крепления деревянных створок. Ширина проезжей части ворот 2,55 м. На плитах видны колеи, выбитые колесами повозок. Подступы к воротам защищались извилистым ходом стены. Внутренняя территория города застраивается жилыми домами и общественными зданиями. Стены их возведены главным образом из сырцовых кирпичей, уложенных либо на каменные фундаменты, либо без них, прямо на землю. В кладках преобладают камни розового мергеля, булыжника, мраморовидного конгломерата и гранита, привезенные, вероятно, в качестве балласта кораблями, приплывшими из Средиземноморья. В V в. до н. э. предпринимается террасирование склонов, отделявших нижнее плато от верхнего. В местах выхода на поверхность сплошной массы окаменелого песчаного хряща оно выразилось в простом подрубании склонов по прямым и отвесным линиям (Кобылина М.М., 1956, с. 6). В районах с мягкими грунтами создавались искусственные подпорные стены. В восточной части склона обнаружена подпорная стена, состоявшая из двух рядов амфор (один над другим) (Кобылина М.М., 1950, с. 91). Верхние склоны были застроены домами из сырцовых кирпичей. Известно два таких дома. В одном из них в углу находился небольшой глинобитный очаг. Полы домов были глинобитными. Один из них имеет каменный подвал, пол которого был выстлан деревянными плахами. По-видимому, в это время создается общественный центр города. Раскопками в центральной части нижнего плато, на месте предполагаемого расположения агоры выявлены остатки большого здания, очевидно, общественного характера (табл. XXXVIII, V) (АО 1974 г., с. 111). Перед его возведением были предприняты большие планировочные работы, сделана песчано-черепяная субструкция из двух слоев битой керамики, перемежающихся слоем песка. Непосредственно под камнями фундаментов обнаружена субструкция толщиной 0,20 м из нескольких тонких прослоек глины. Верхняя часть стен сложена из сырцовых кирпичей.