Проблемы организации управления сообществом начались еще в послевоенные годы, это отчетливо показывает история Нортфилда и итоги первого эксперимента. Проблемы с дисциплиной и организацией быта стали слабым местом коммунарной организации. Эти проблемы унаследовали и обострили антипсихиатрические коммуны. Вследствие упразднения ролевых барьеров антипсихиатрия уравняла по статусу больных и врачей, и все они получили право участия в управлении и ведении хозяйства. Коммуны стали функционировать стихийно, по своей собственной логике и ритму, Лэйнг называл такое функционирование принципом ауторитмии. Поскольку ушла обязательность и жесткие предписания, ушла и разработанная организация быта, ушло распределение повседневного труда. В большинстве таких антипсихиатрических коммун некому было сходить за едой, некому было ее приготовить, некому было убрать помещение. Классическим примером стал Кингсли-холл, обитателям которого иногда было нечего есть, так как никто не заботился о продуктах. Здание было доведено до критического состояния, поскольку за ним никто не следил.
Проблемы внутреннего управления обострялись проблемами пределов институциональных изменений. Изначально антипсихиатрические коммуны создавались в противостоянии жесткой психиатрической системе, в противоположность жесткости психиатрической институции, но они должны были развиваться и дальше. Роли были упразднены, больной принимался как личность, но что-то должно было следовать за этим, должна была идти какая-то работа, а она уже требовала организации, что было несовместимо с ценностями антипсихиатрических коммун. Именно поэтому многие коммуны так и остались своеобразными полуэкспериментами: они что-то опровергали и могли существовать только в противостоянии. Как самостоятельные и самоцельные проекты они развивались с трудом. Это было связано и с еще одним комплексом проблем.
Антипсихиатрические коммуны очень плохо финансировались. Они противопоставляли себя системе психиатрической помощи и поэтому не могли поддерживаться государством. Иногда они получали поддержку различных фондов, но и она не была достаточной и долговременной. Работали там в основном волонтеры, но необходимость пропитания и оплаты аренды помещения все равно требовали хотя бы минимальных вложений. Большинство альтернативных антипсихиатрических проектов не выдержали столкновения именно с этой проблемой, остальные были сопутствующими. Так произошло с Кингсли-холлом, Антиуниверситетом и многими другими смелыми экспериментами.
Более поздние проекты, сообщества последователей родоначальников антипсихиатрии, старались учесть этот негативный опыт, и в их организации мы видим другие черты. Сообщества Подволла, Мошера, Берка более упорядочены, хотя и отходят от жесткой институциональной организации. Они не упраздняют принципа централизованного управления, оставляют в качестве ведущей групповую работу и настаивают на необходимости активности больного, его включенности в терапевтическую работу и разнонаправленную деятельность.
Важным здесь является вопрос, возвращается ли традиция терапевтических коммун к послевоенным приоритетам или антипсихиатрия вносит в нее что-то новое. Надо признать, что основополагающих моментов практики антипсихиатрия не меняет, но своей критикой привлекает внимание к жесткости психиатрической больницы, к противостоянию больного и общества, к необходимости работы с родственниками. Вокруг первых антипсихиатров и Филадельфийской ассоциации объединилось множество людей, осознавших важность терапевтической работы в сообществах и затем продолживших ее. Филадельфийская ассоциация стала пространством обмена опытом и поддерживала много других терапевтических проектов.
Необходимо тем не менее признать, что первые антипсихиатрические коммуны Кингсли-холл и «Вилла 21» были, скорее, коммунами-утопиями, чем реальными альтернативами, они больше противостояли, чем что-то предлагали. Они не могли развиваться дальше без финансирования и организации, необходимо было, чтобы кто-то обеспечивал и двигал этот процесс. Поэтому был важен сам факт, что они были, а не то, что было в них реально достигнуто, и потому это отчасти эксперименты.