Трактовка вещественных доказательств не была свободна от существенных искажений. Отрицая тщательность предыдущих осмотров, наличие разрезанных карманов одежды, обуви и т.п., члены комиссии неоднократно пытались обвинить предшественников в фальсификациях, подкидывании документов и других вещественных доказательств, являвшихся основой для датировки захоронения весной 1940 г. На деле это было невозможно, так как документы извлекались из слипшихся трупов и в большом количестве, в присутствии многих свидетелей, на протяжении всего периода эксгумации 1943 г. Зато служившие подтверждению советской версии девять документов были обнаружены членами комиссии Бурденко только у шести из первой сотни останков, эксгумированных до приезда комиссии. При определении виновности немцев в расстреле польских военнопленных давались ссылки на несколько документов, которые потом больше нигде не предъявлялись, не публиковались и не исследовались (в частности, блокнот бургомистра Смоленска Б.Г.Меньшагина, почерковедческая экспертиза других его записей). Большинство документов (квитанции о приеме золотых вещей и денег, почтовые отправления из Польши с позднейшими датами — сентября 1940 г., бумажная иконка с датой «апрель 1941 г.») не могут служить доказательствами. Неотправленная почтовая открытка ротмистра С.Кучинского с датой 20 июня 1941 г. — явная подделка. Станислав Кучинский не содержался в Козельском лагере, а из Старобельского лагеря выбыл в декабре 1939 г. Свидетельские показания, якобы подтверждающие дату расстрела осень 1941 г. — также являются заведомо фальшивыми. Не выдержало проверки материалами Управления по делам военнопленных выдвинутое утверждение о содержании военнопленных в трех лагерях особого назначения № 1-ОН, № 2-ОН и № 3-ОН, как и показания свидетеля «майора Ветошникова», якобы начальника одного из лагерей. Как следует из справок МБ РФ, таких лагерей в 1940 г. и последующих годах не существовало. Так называемый майор Ветошников службу в системе госбезопасности не проходил и является вымышленной фигурой (т. ПО. Л.д. 23, 72). Соответственно, вещественные доказательства с адресом № 1-ОН являются фальсифицированными.
Датировка захоронений летом-осенью 1941 г. не получила достаточно обоснованного подтверждения. Даже до обнаружения корпуса документов НКВД убедительные доказательства даты (весна 1940 г.) содержались в многочисленных обнаруженных на трупах документах (газетах, дневниках и др.) с последним обозначением март-май 1940 г. (т. 35, 29, 109, 111). Это подтверждается двумя сохранившимися копиями протоколов с описанием вещественных доказательств (так называемый архив Я.З.Робеля и С.Соболевского), хранящимися в Кракове.
Не пытаясь ответить на явные вопросы (соотнести с предыдущими эксгумациями на основании жетонов и т.п.), члены комиссии допускали явные передержки по другим позициям: Козьи горы изображались довоенной территорией народных гуляний, способ расстрела выстрелом в затылок представлялся как чисто немецкий, вносился элемент перевозки трупов из других лагерей с одновременным завышением количества погребенных в Катыни жертв до 11 тыс. и т.д.
Работа комиссии была закончена в спешке, выводы сделаны небрежно, без соблюдения необходимых требований и подтверждения серьезными доказательствами. Результаты были немедленно опубликованы, доложены на международной пресс-конференции, стали «советской официальной версией» Катынского дела на несколько десятилетий.
На основании материалов следствия в настоящее время можно со всей определенностью утверждать, что выводы комиссии Н.Н.Бурденко были звеном в цепи фальсификаций, предпринятых сталинским партийно-государственным руководством и органами НКВД для сокрытия правды о катынском злодеянии.
В течение нескольких десятилетий как в СССР, так и в Польской Народной Республике официально обязывала версия Специальной комиссии под руководством Н.Н.Бурденко. Все могущие пролить свет на каты некую трагедию сведения (не говоря о судьбах узников других лагерей и заключенных тюрем Западной Украины и Западной Белоруссии) были засекречены.
В конце 80-х годов версия комиссии Н.Н.Бурденко была поставлена под сомнение учеными двух стран по инициативе польской части смешанной советско-польской комиссии по ликвидации так называемых «белых пятен» в истории отношений между двумя странами.