16 марта начинается работа по составлению справок на военнопленных трех лагерей и заключенных тюрем, по которым в соответствии с решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. «тройка» должна была принимать решение о расстреле военнопленного или заключенного. Справки на офицеров и полицейских должно было представлять Управление по делам о военнопленных, на заключенных — НКВД УССР и БССР. Форма справки поступила к Сопруненко от Кобулова 16 марта (см. № 8). В последнюю графу — «Заключение» следовало вписывать краткую формулу обвинения и статью УК РСФСР (для заключенных тюрем — УК УССР и УК БССР). В связи с этим из лагерей в Москву были отозваны сотрудники УПВ (см. № 9). Составлению справок придавалось огромное значение. Заказывать форму для них в типографиях категорически запрещалось ввиду сугубой секретности проводимых работ (см. № 15). Первые три графы справок заполнялись еще в лагерях, которые бросили все силы на выполнение этого задания. В одной из шифровок П.К. Сопруненко обращал особое внимание начальника Старобельского лагеря А. Г. Бережкова на необходимость отмечать во второй графе справок адрес семьи военнопленного с указанием названия населенного пункта, уезда, воеводства (см. № 15). 19 марта начальник Осташковского лагеря П.Ф. Борисо-вец сообщил в УПВ: «Работа начата 19-го. Дела будут доставлены 21-го нарочным». 20 марта П.К. Сопруненко предложил П.Ф. Борисовцу прекратить составление справок на тех военнопленных, в отношении которых были оформлены следственные дела (6050 таких следственных дел, в которых имелись обвинительные заключения, к 1 февраля 1940 г. были переданы на Особое совещание НКВД СССР). На остальных лиц следовало заполнить опросные листы и дополнения к ним, обратив особое внимание на пункт о служебной деятельности. В незаконченные следствием дела необходимо было вложить весь агентурно-опе-ративный материал на военнопленного и справку утвержденной Б.З. Кобуловым формы. 31 марта П.Ф. Борисовец доложил, что им посланы в Москву 345 дел с агентурным и иным оперативным материалом на тех лиц, по которым ранее следствие проведено не было. В Козельском и Старобельском лагерях справки-заключения составлялись на весь контингент, так как их дела ранее не готовились для передачи на Особое совещание и соответственно обвинительных заключений в отношении них не существовало. С 21 марта в УПВ стали поступать подготовленные в Козельском и Старобельском лагерях справки. В частности, из Старобельска в Москву к 23 марта были направлены материалы на 760 человек (см № 14). 30 марта Сопруненко потребовал присылать справки в первую очередь на высший, затем на старший и средний офицерский состав, в последнюю — на врачей, учителей, агрономов, других гражданских лиц, на которых не имелся компрометирующий материал (см. № 18). Сопруненко пристально следил за тщательностью подготовки присылаемой из лагерей в УПВ документации. 29 марта он направил в Козельск шифровку: «[В] присланных личных делах пленных большая путаница. Искажены фамилии, имена [в] фотографиях и основных документах. Справки заполняются небрежно, [в] плохой редакции. Предлагаю обеспечить четкую работу [по] заполнению справок, уточнению всех вопросов на месте. Управлению высылать проверенные, уточненные учетные дела».
Наряду с оформлением материалов на контингент трех спецлагерей на местах принимались и другие меры по подготовке к операции. С 16 марта была запрещена переписка всех военнопленных. Начальство ужесточило пропускной режим, усилило охрану лагерей, сосредоточило па соответствующих железнодорожных станциях большое количество подвижного состава и т.д. Представитель центрального аппарата НКВД СССР в Старобельском лагере капитан госбезопасности И. Д. Безруков сообщал в Москву, что в Харькове все готово, а в Старобельске имеются вагоны (см. № 14).
Главное транспортное управление НКВД СССР во главе с его начальником комиссаром госбезопасности III ранга С. Р. Мильштейном разработало подробнейший план доставки военнопленных из лагерей к местам их казни. На протяжении полутора месяцев Мильштейн ежедневно, а иногда и два раза в день. направлял Берии и Меркулову сводки, фиксируя малейшие отклонения от плана перевозок, количества отправляемого порожняка, загружавшихся и разгружавшихся вагонов и т.д. (см. № 27).
Незадолго до начала операции в Старобельск выехали капитан госбезопасности М.Е. Ефимов, возглавлявший ранее оперативную бригаду центрального аппарата НКВД СССР в этом лагере, и В.Д. Миронов, работник 5-го отдела (ИНО) ГУГБ НКВД СССР, отвечавший за агентуру. В Козельский лагерь вновь прибыл майор госбезопасности В.М. Зарубин, в Осташковский — ст. лейтенант ГБ Д.К. Холичев.
В лагерях находились и представители Главного управления конвойных войск (ГУКВ) — И.А. Степанов (Козельск), А.А. Рыбаков (Старобельск), М.С. Кривенко (Осташков), ответственные работники Комендантского отдела АХУ, ГЭУ, ГТУ и др. подразделений НКВД СССР.