Рассмотрение дел и вынесение решений возлагалось постановлением на «тройку» в составе руководящих работников НКВД СССР — заместителей наркома В.Н.Меркулова и Б.З.Кобулова, а также начальника 1-го спецотдела Л.Ф.Баштакова. Однако как рассмотрение дел, так и вынесение решений превращалось в чисто техническую ведомственную операцию, поскольку постановление предписывало "рассмотреть в особом порядке, с применением к ним высшей меры наказания — расстрела ".
Это надправовое решение придавало минимальную видимость законности в глазах исполнителей расстрелов, поскольку об этом никто другой не должен был знать, так как акция проводилась в строжайшей тайне. Она была сугубо внутриведомственным делом, сведенным до технической процедуры исполнения. Сам состав «тройки», в которой Л.П.Берия был заменен Л.Ф.Баштаковым, занимавшимся оформлением документации на расстрелянных, говорит о снижении ее ведомственного уровня на порядок даже по сравнению с особым совещанием. По запросу заместителя начальника Управления по делам военнопленных НКВД СССР И.И.Хохлова от 11 марта 1940 г. со сроком исполнения 15 марта был составлен список содержавшихся в лагерях священнослужителей (т. 3/39. Л.д. 102-103), которые были вывезены из лагерей и расстреляны. В Смоленске, по показаниям П.Ф.Климова, они расстреливались в подвале УНКВД (т. 15. Л.д. 82).
На основании постановления от 5 марта 1940 г. Сопрунен-ко формировал в апреле-мае 1940 г. из военнопленных команды по 90-260 человек, на которых оформлял списки-предписания (с единой нумерацией для всех трех лагерей) с приказами начальникам лагерей отправлять их в УНКВД Смоленской, Калининской и Харьковской областей (т. 6/42. Л.д. 112, 113; т. 7/43. Л.д. 104-107; т. 11. Л.д. 1-361 и др.).
С 1 апреля по 19 мая 1940 г. на основании составленных П.К.Сопруненко и его заместителем И.И.Хохловым списков из лагерей военнопленных железнодорожным транспортом под охраной конвоиров 236-го полка конвойных войск НКВД СССР (т. 1/50. Л.д. 9-370) во внутренние тюрьмы НКВД и на станцию Гнездово под Смоленском, в Катынский лес отправлялись команды военнопленных.
Расстрелы осуществлялись во внутренних тюрьмах УНКВД в специально оборудованных помещениях вечером и по ночам, поодиночке, в Катынском лесу — днем, партиями. Расстрелами и захоронениями поляков занимались сотрудники комендантской службы, тюремные надзиратели и водители УНКВД названных областей.
Вся непосредственная работа по отправке военнопленных на расстрел контролировалась Управлением по делам военнопленных НКВД СССР и лично П.К.Сопруненко и И.И.Хохловым, которые требовали неукоснительного соблюдения секретности и точности при отправке военнопленных в соответствии со списками-предписаниями, а также систематических докладов о ходе разгрузки лагерей (т. 11/47. Л.д. 118-122; т. 8. Л.д. 332; т. 7. Л.д. 227, 237; т. 7/43. Л.д. 103-107; т. 10/46. Л.д. 261-263; т. 20. Л.д. 39-40, 71-73, 117-118, 119). П.К.Сопруненко, в свою очередь, еженедельно составлял для отчета перед руководством НКВД СССР о проведении операции сводки о наличии военнопленных в лагерях НКВД и справки о прохождении дел (т. 10/46. Л.д. 243-335). После завершения операции по указанию П.К.Сопруненко и С.В.Нехорошева значительная часть документации о военнопленных для сокрытия факта расстрела была сожжена (т. 7/43. Л.д. 109, 151-152). Поскольку в лагеря продолжала поступать корреспонденция и запросы от родственников расстрелянных поляков, было предписано возвращать их «за ненахождением адресата» (т. 13/49. Л.д. 250; т. 10/46. Л.д. 152).
Согласно записке КГБ при СМ СССР за подписью председателя КГБ А.Н.Шелепина от 3 марта 1959 г. всего было расстреляно 21.857 человек «лиц бывшей буржуазной Польши», в том числе в Катынском лесу военнопленных из Козельского лагеря — 4.421 человек, из Старобельского лагеря — 3.820 человек, из Осташковского лагеря — 6.311 человек (как место расстрела указывались лагеря). 7.305 человек были расстреляны в «лагерях и тюрьмах Западной Украины и Западной Белоруссии» (т. 115.Л.Д. 17-19).
Допрошенный в качестве свидетеля А.Н.Шелепин подтвердил подлинность записки и фактов, изложенных в ней.
Эти данные не совпадают с отчетными данными лагерей в сторону повышения численности расстрелянных.
При подсчете общего количества расстрелянных во исполнение постановления Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. наиболее точными следует считать итоговые данные А.Н.Шелепина.
П.К.Сопруненко, допрошенный в качестве свидетеля с применением видеозаписи, подтвердил, что он был лично ознакомлен с постановлением Политбюро ЦК ВКП(б) о расстреле польских военнопленных. Претворяя это решение в жизнь, он руководил всей отправкой польских военнопленных в распоряжение УНКВД Харьковской, Смоленской и Калининской областей. Расстрелянных захоронили на территории дачных участков УНКВД указанных областей (т. 14. Л.д. 210-236).