Выводы Сообщения Специальной комиссии советское руководство попыталось подкрепить авторитетом Международного военного трибунала в Нюрнберге. Будучи уверенными, что статья 21-я Устава МВТ обязывает суд принимать без доказательств доклады правительственных комиссий по расследованию злодеяний гитлеровцев, советские представители настояли на включении в обвинительное заключение тезиса о германской ответственности за расстрел польских офицеров в Катыни. Причём если в обвинительном акте, подписанном на английском языке, фигурировали 925 убитых, то в русскоязычном тексте этого документа — 11 тыс. человек. Однако на этот раз судьи пошли навстречу защите. 12 марта 1946 г. МВТ удовлетворил ходатайство защитника Г. Геринга О. Штаммера о вызове свидетелей по катынскому делу, что чрезвычайно встревожило Москву. Там уже работала Правительственная комиссия по Нюрнбергскому процессу. В инструкции, направленной Правительственной комиссией главному обвинителю от СССР Р. А. Руденко, предлагалось заявить протест от имени Комитета обвинителей, в случае отказа последнего — от своего имени, по поводу решения Трибунала от 12 марта (см. № 220). При оставлении Трибуналом своего решения в силе, главный обвинитель от СССР должен был заявить, что будет настаивать на вызове свидетелей обвинения.
Поскольку обвинители от США, Великобритании и Франции уклонились от участия в протесте по катынскому вопросу, 18 марта Руденко внёс его от своего имени. 6 апреля Трибунал повторно рассмотрел вопрос и оставил своё решение в силе. Тем временем Правительственная комиссия по Нюрнбергскому процессу начала срочно готовить «свидетелей». В Болгарию был командирован сотрудник МГБ, чтобы «поработать» с Марко Марковым, проследить за этим должен был сам B. C. Абакумов, новый министр госбезопасности. Польских свидетелей поручили готовить прокурору СССР К. П. Горшенину, документальный фильм — А. Я. Вышинскому, за отбор документальных доказательств и подготовку свидетеля-немца отвечал В. Н. Меркулов.
Но даже эти меры сочли недостаточными. Решением той же московской комиссии от 24 мая 1946 г. группе в составе заместителя начальника управления контрразведки МГБ Л. Ф. Райхмана, помощника Р. А. Руденко Л. Р. Шейнина и члена-корреспондента АН СССР А. Н. Трайнина поручалось в 5-дневный срок ознакомиться со всеми материалами «о немецкой провокации в Катыни и выделить те из них, которые могут быть использованы на Нюрнбергском процессе». Со свидетелями, дававшими показания Комиссии Бурденко, надлежало работать Л. Ф. Райхману и одному из обвинителей на процессе — Л. Н. Смирнову. Относящуюся к этому вопросу документацию должны были подбирать Л. Р. Шейнин и А. Н. Трайнин.
Для участия в Нюрнбергском процессе были отобраны многие из «свидетелей», дававших показания перед Комиссией Бурденко: A. M. Алексеева, Б. В. Базилевский, П. Ф. Сухачев, С. В. Иванов, И. В. Саввотеев и др. В качестве свидетелей намечались и патологоанатом В. И. Прозоровский, болгарский медик М. А. Марков и немец ст. ефрейтор Людвиг Шнейдер. Последний был помощником профессора Г. Бутца и должен был «показать», что по заданию оберштурмфюрера Хильберса и Бутца фальсифицировал данные лабораторных анализов, дабы доказать виновность в расстреле поляков органов НКВД.
Однако МВТ решил, что заслушает лишь по три свидетеля от защиты и обвинения. 1–3 июля Трибунал выслушал показания свидетелей защиты: полковника Фридриха Аренса, лейтенанта Р. фон Эйхборна и генерала Е. Оберхойзера. От обвинения Л. Н. Смирнов допросил на процессе бывшего заместителя обербургомистра Смоленска профессора-астронома Б. В. Базилевского, болгарского эксперта М. А. Маркова и В. И. Прозоровского. Судя по репликам членов МВТ от западных стран, они не поверили ни тем, ни другим. В результате в приговоре Международного военного трибунала катынский расстрел не фигурировал.
О жертвах катынского расстрела в СССР поспешили забыть, всякие упоминания о них изымались из исторических трудов и энциклопедий.
Как величайшая государственная тайна передавался пакет № 1 с письмом Берии Сталину и решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. от одного генерального секретаря партии другому. Каждый из них знакомился с этими страшными актами и вновь запечатывал пакет. Дабы сведения о катынском расстреле не стали достоянием гласности, в марте 1959 г. А. Н. Шелепин рекомендовал Н. С. Хрущёву уничтожить следственные дела расстрелянных в апреле-мае 1940 г. 21 857 польских офицеров, полицейских и узников тюрем, сохранив лишь небольшие по объёму протоколы «тройки». Хрущёв же предпочёл уничтожить и дела, и протоколы заседаний «тройки», утверждавшей расстрельные списки.