В ответ на запрос начальник Старобельского лагеря от 4 ноября 1939 г. П. К. Сопруненко и начальник учётного отдела И. Б. Маклярский разъяснили, что Женевская конвенция 1929 г. о военнопленных «не является документом, которым вы должны руководствоваться в практической работе. Руководствуйтесь в работе директивами Управления НКВД по делам военнопленных»
(т. 7/43. Л.д. 57). Как известно, входивший в Лигу Наций СССР должен был соблюдать международные конвенции.С завершением комплектования состава лагерей в ноябре 1939 г. режим в них стал ещё более жёстким, особенно после введения в действие приказом Л. П. Берии от 19 ноября 1939 г. «Временной инструкции о войсковой охране лагерей военнопленных (приёмных пунктов) частями конвойных войск НКВД СССР» (т. 3/52. Л.д. 62–76).
Одновременно органы НКВД активизировали свою работу на территориях Западной Белоруссии и Западной Украины «в целях быстрейшего очищения от враждебных элементов»
согласно приказа замнаркома внутренних дел СССР В. Н. Меркулова от 5 ноября 1939 г. за № 001353. Силами НКВД БССР и УССР проводились выявление, а затем аресты чиновников местных органов управления, служащих и чинов полиции, суда и прокуратуры, работников образования, священнослужителей и т. д. Они квалифицировались как агенты, провокаторы, диверсанты, резиденты, участники различных контрреволюционных организаций, содержатели конспиративных квартир, контрабандисты, разведчики, контрразведчики и т. п. Эта кампания приобрела столь массовый характер, что местные тюрьма и лагеря вскоре были переполнены. Оперативные органы НКВД стали пересылать часть «следственного контингента» в лагеря для военнопленных, поскольку среди этих лиц были задержанные, в том числе содержавшиеся в больницах больные и раненые офицеры, офицеры запаса и отставники, а в их числе — не призывавшиеся в армию и не участвовавшие в боевых действиях. При аресте на них, как и на гражданских лиц (чиновников администрации — воеводских, т. е. областных, и ПОБИТОВЫХ, т. е. уездных, управлений, бургомистров, почтовых чиновников, прокуроров и судей, помещиков и др.), задержанных по «классовым мотивам», заводились дела с общим обвинением в «совершении контрреволюционных преступлений», но без указания на конкретные преступные действия. Как известно, содержание офицеров в следственных тюрьмах не соответствует международному праву.П. К. Сопруненко ходатайствовал перед Л. П. Берией и его заместителями, чтобы арестованные «по классовым мотивам»
не направлялись в лагеря. Как следует из его отношения на имя Л. П. Берии от 29 декабря 1939 г., он настаивал на их возвращении «по месту ареста», чтобы эти дела были там «закончены» (т. 13/49. Л.д. 27). Заместитель наркома внутренних дел В. В. Чернышев издал специальный приказ, запретивший пересылку арестованных в Западной Белоруссии и на Западной Украине без согласования с соответствующим управлением НКВД (там же. Л.д. 34).Как следует из записки НКВД СССР И. В. Сталину от марта 1940 г., к тому моменту в тюрьмах западных областей Украины и Белоруссии содержалось 18 632 арестанта, из которых 10 685 составляли поляки, а количество офицеров достигало 1207 человек.
С ноября 1939 г. в лагерях широко развернулась работа особых отделений. По указанию особых отделов военных округов арестовывались и направлялись в их распоряжение в тюрьмы польские военнопленные, другие переводились из тюрем в лагеря. Дела рассматривались военным трибуналом армий (т. 3/39. Л.д. 87, 89, 95, 114; т. 6/42. Л.д. 46 и др.).
Заместитель начальника особого отдела Главного управления государственной безопасности обращался 23 декабря 1939 г. к заместителю наркома В. В. Чернышеву с предложением переслать поступивших ранее из тюрем Тарнополя и Станиславова на Западную Украину в распоряжение соответствующих УНКВД «для дальнейшего следствия и привлечения виновных к ответственности»
(т. 3/39. Л.д. 9495). Аналогичным образом военнопленные передавались в особый отдел в Калинин (там же. Л.д. 96). Гарантированное международными конвенциями право на защиту, на участие в рассмотрении дела представителей государства-опекуна, на трёхнедельный срок с момента его информирования о вынесении приговора о высшей мере наказания (Женевская конвенция 1929 г.) не соблюдалось.Наиболее суровым был режим содержания в Осташковском лагере, где были сконцентрированы военнопленные — гражданские «классово чуждые элементы»
.