Поднятое на севере католическое восстание было подавлено. Тысячи участников восстания повесили без всякого суда. Берли приказал, чтобы тела повешенных висели «до тех пор, пока они не развалятся на куски». Главари восстания, графы Уэстморленд и Нортумберленд, укрылись в Ирландии. Их ближайший советник сэр Роберт Констебл стоял за возвращение в Англию. Он убеждал Уэстморленда, что его наверняка помилуют. Граф Уэстморленд не знал, что Констебл был шпионом Берли, уполномоченным истратить крупную сумму для поимки руководителя католиков на Севере. Уэстморленд предпочел бежать в Испанию. Нортумберленд через два года вернулся в Англию и сложил голову на плахе, а Норфолк, против которого не имелось прямых улик, был выпущен из тюрьмы, но оставлен под домашним арестом.
Однако заговорщики продолжали действовать. Папа римский Пий V в специальной булле отлучил Елизавету от церкви, к которой она, впрочем, и не принадлежала, будучи протестанткой, и объявил королеву Англии низвергнутой с престола. Главой заговорщиков стал шотландский католический епископ города Росса Джон Лесли. Он принадлежал к числу придворных Марии Стюарт, которых ей разрешили сохранить при себе. Официально Лесли считался послом шотландской королевы в Англии.
Другим важным участником заговора был итальянский банкир Ридольфи, являвшийся одновременно агентом папы, Филиппа II и его наместника в Нидерландах герцога Альбы. Итальянец заручился согласием Норфолка содействовать испанскому вторжению в Англию. Ридольфи побывал во Фландрии у герцога Альбы, в Мадриде и Риме. Альба считал, что тайна, в которую посвящено слишком много людей, не может быть сохранена и что это обрекает на неуспех планы заговорщиков. Он рекомендовал Филиппу взамен подумать об устранении Елизаветы путем убийства.
После этого Ридольфи направил Байи с шифрованными письмами к Лесли, Норфолку и еще одному заговорщику – лорду Лэмли. Байи также вез ключ к шифру и напечатанное во Фландрии сочинение Лесли «Защита чести Марии, королевы шотландской», в котором недвусмысленно выдвигались ее права на английский престол.
С таким опасным грузом и задержали Шарля Байи таможенники. Фламандца под охраной отослали в резиденцию губернатора южных портов лорда Уильяма Кобгема. По дороге Байи удалось послать Лесли весть о своем аресте.
При осмотре писем выяснилось, что в них не указаны фамилии адресатов, а лишь выставлены номера 30 и 40. Байи утверждал, что его просто попросили перевезти письма и что ему неизвестен ни шифр, ни значение этих номеров. Однако вскоре был обнаружен шифр – его отыскали, разрезав подкладку камзола Байи. Таким образом, в руки Кобгема попали нити опаснейшего заговора, который сплела контрреформация против правительства Елизаветы.
Губернатор, которому было еще неизвестно, кто скрывается за номерами 30 и 40, намеревался немедля доставить захваченные бумаги лорду Берли. Услышав об этом, Байи как-то странно посмотрел на присутствовавшего при допросе родного брата губернатора Томаса, который недавно втайне принял католичество. Тот понял значение этого взора и сказал, что если эти бумаги попадут к Берли, то герцог Норфолк – конченый человек. Однако ни Томас, ни Байи не осмелились разъяснить Кобгему, почему адресаты, помеченные таинственными цифрами 30 и 40, затрагивают могущественного герцога. Губернатор решил ехать к Берли.
По дороге, в лодке, Томас снова начал с жаром убеждать брата не передавать бумаги Берли. Эти просьбы тем более имели вес, что сам Уильям Кобгем находился в какой-то связи с Ридольфи и боялся, что главный министр узнает об этом.
Скрыть от Берли бумаги, официально конфискованные таможенниками, было практически невозможно. Однако Кобгем отдал министру только книги, захваченные при аресте Байи, а письма переслал Лесли с просьбой к епископу как послу иностранной государыни явиться завтра к нему и совместно распечатать таинственную корреспонденцию. Ловкий прелат без промедления ринулся в испанское посольство, где совместно с послом доном Герау Деспес занялся спешной фабрикацией поддельных писем.
Фальшивые письма были написаны тем же шифром, что и подлинные. В них сохранялся враждебный в отношении Елизаветы тон, но были выброшены все указания на существование заговора. Несколько других писем, вроде письма Марии Стюарт дону Герау, были дополнительно вложены в пакет, чтобы окончательно усыпить подозрительность Берли. Настоящие же письма отправили Норфолку и лорду Лэмли. После того как сфальсифицированная корреспонденция была переслана Берли, Лесли для пущего правдоподобия даже официально потребовал ее выдачи, ссылаясь на неприкосновенность дипломатической переписки.