Церковно–политическая ситуация изменилась после смерти Констанция в 361 г., когда Георгий Каппадокиец был убит 23 декабря того же года, а новый император Юлиан (Отступник) позволил сосланным епископам вернуться. 23 февраля 362 г. св. Афанасий торжественно возвращается в Александрию и в этом же году собирает в Александрии собор, на котором осуждается арианство. Важнейшим шагом в направлении будущего Ннкео–Цареградского исповедания были деяния собора в отношении примирения двух партий в Антиохии, одна из которых (сторонники Павлина, верные памяти и богословию Евстафия Антиохийского) была традиционно связана со св. Афанасием и Римом (т. е. держалась терминологии моноипостасности и единосущия, подразумевая под этим единство бытия Сына с Отцом), а другая (сторонники Мелетия Антиохийского) исторически вышла из партии подобосущников (и даже подобников) и в первую очередь отстаивала учение о трех ипостасях. Александрийский собор 362 г. провозгласил, что обе формулы правомочны, если только те, что говорят о трех ипостасях, не отрицают единства Божества, а те, что говорят об одной ипостаси, признают реальное различие между Тремя. Этот собор также анафематствовал учащих, что Святой Дух — тварь, и утвердил, что Логос воплощенный имел человеческую душу и ум. Деяния собора 362 г. ознаменовали собой победу линии св. Афанасия. В свою очередь, это стало возможно благодаря его открытости к той истине, которая содержалась в учении о трех ипостасях, в том самом учении, которое для него самого, как и для Запада, в единстве с которым он все это время пребывал, не было характерно. Состоялось первое, пока еще не очень устойчивое и больше теоретическое, чем практическое (поскольку Антиохийский раскол фактически так и не был уврачеван и после собора) примирение двух подходов к триадологии, один из которых сформировался во многом в полемике с учением Маркелла Анкирского, а второй — в полемике с теми, кто считал Маркелла еретиком, поскольку именно против него, а не против Афанасия, было направлено большинство вероопределений соборов «восточных» начиная с 336 г.
Юлиан Отступник не был доволен усилением св. Афанасия и его успехами по консолидации христиан, которая способствовала и успеху христиан в обращении язычников. В том же году 23 октября св. Афанасий был изгнан как «нарушитель мира и враг богов». Святитель снова удалился в верхний Египет и должен был пробыть там до смерти Юлиана (363 г.). После предварительного свидания с новым имп. Иовианом, который признал верным Никейское исповедание, св. Афанасий прибыл в Александрию в 364 г. Еще раз ему пришлось удалиться отсюда в 365 г., в силу указа имп. Валента о ссылке всех, кто был сослан при Констанции и вернулся при Юлиане. Св. Афанасий поселился в загородном доме недалеко от Александрии. Однако по настоянию народа это приказание было отменено через 4 месяца, и 1 февраля 366 г. св. Афанасий снова вернулся на кафедру. Остаток своих дней он провел в Александрии, в литературных и пастырских трудах. Св. Афанасий почил 2 мая 373 г., незадолго до кончины рукоположив своего преемника епископа Петра. На настоятельные обращения к нему св. Василия Великого, просившего его согласия анафематствовать Маркелла Анкирского, св. Афанасий так и не ответил. Боле того, известно, что до этого он отнесся вполне благосклонно к последователям Маркелла в 360–е гг., приняв их в общение[524]
.Среди многочисленных творений св. Афанасия философской и богословской глубиной среди ранних его произведений выделяется более всего «Слово о Воплощении Бога–Слова». Оно написано сразу вслед за «Словом на язычников»; блаж. Иероним соединяет их под общим именем: «Два слова против язычников». Среди догматикополемических творений первого периода споров с арианами выделяются «Три слова против ариан» (ок. 339—446 гг.). Хотя некоторые из ученых считают, что эти сочинения не принадлежат св. Афанасию, традиция и современный патрологический консенсус приписывают их ему.