Тем не менее в 1861 году он поступает в Пермскую мужскую гимназию. Вот как пишет об этом периоде Л. П. Сергиевская: «Гимназическое образование П. Н. Крылова ограничилось только четырьмя классами. Мальчик интересовался естествознанием и географией, но и эти любимые предметы, при схоластичности преподавания, не удержали его в гимназии. Оставшись в IV классе на второй год, он получил при переходе в V класс двойку на экзамене по истории и не захотел больше учиться. Директор гимназии пытался его вернуть. Он послал ему на дом сказать, чтобы продолжал сдавать экзамены, что по истории ему дадут переэкзаменовку. Но Порфирий после неудачного экзамена ушел с товарищем за 40 км от дома ловить певчих птиц. Из-за неявки на экзамены, мальчик был отчислен из гимназии с выдачей свидетельства об окончании четырех классов, в котором значились оценки: по латинскому языку «отличные», по немецкому — «посредственные».
Но здесь возникают вопросы, на которые пока нет ответа. Во-первых, в гимназию брали детей дворян, разночинцев и солдат, детей крестьян в классическую гимназию не брали. Кто и как ходатайствовал о принятии его в гимназию? Во-вторых, кто же платил за образование? Плата за обучение в гимназии в то время составляла 15–50 рублей в месяц, от которой освобождались 10% успешно учащихся учеников. О том, что эта плата была немаленькая, можно судить по зарплате учителей (без всяческих надбавок), которые получали в начале своей карьеры по 60 рублей в месяц.
Гимназический курс делился на общее (I–IV классы) и специальное (V–VII классы) обучение. В первых классах преподавался Закон Божий, русский и славянский языки, математика, география, немецкий и французский языки. Латынь, очень важный предмет для будущих ботаников, преподавалась со второго класса только в гимназии третьей категории и ей отводилось по пять часов в неделю. Возможно, поиски архивных документов пермскими учеными дадут ответы на эти вопросы.
Четырех классов гимназии П. Н. Крылову хватило на всю жизнь. В то время этого было вполне достаточно, чтобы слыть образованным человеком. Здесь есть еще одна особенность, отмеченная Л. П. С ергиевской, это любовь к птицам. Она пишет:
Действительно, когда он покажет в переплетении ветвей гнездо, то его трудно потом не видеть. Но отыскать самостоятельно — это дано не каждому. Возможно, эта врожденная способность избирательного зрения и являлась предпосылкой для будущих успехов в ботанике.
После ухода из гимназии шестнадцатилетний П. Н. Крылов пробует сплавлять лес по Каме, но это занятие ему не понравилось и в 1868 году он поступает на должность аптекарского ученика, имеющееся образование ему это позволяло. Более того, он мог самостоятельно писать названия лекарств на латыни — языке врачей и ботаников. Удивительное совпадение — в далеком от Казани Минске, проучившись в гимназии всего два года, в возрасте 16 лет Н. М. Мартьянов также поступал в ученики аптекаря.
Пермь в то время — крупный уездный город с 45 тысячами жителей. Тогда в городе было 19 церквей, мужская и женская гимназии, реальное училище, духовная семинария, мужское и женское духовные училища, три газеты, метеорологическая станция, научный музей. Интеллигенция посещала театр, увлеченно занималась в музыкальном кружке. Безусловно, среди местной интеллигенции были и такие, кто занимался ботаникой, собирал гербарий и оформлял в красивые альбомы. Один из таких любителей, некто В. С. Сергеев, пристрастил ученика аптекаря к собиранию гербария. Благо, что молодой человек великолепно знал окрестности Перми. Так случай определил будущее сибирской ботаники.
Следующие 14 лет Крылова были связаны с Казанским университетом. Этот период остается совершенно не раскрытым. Известны сухие даты: 1871 год — П. Крылов в Казанском университете сдает экзамен на звание помощника провизора, после успешной сдачи экзамена возвращается в Пермь и продолжает работу в аптеке; в 1873 году он снова отправляется в Казань на двухгодичные курсы провизоров; после окончания возвращается в Пермь; в 1876 году — внештатный лаборант по аналитической химии у профессора Флавицкого; в 1878 году принят на должность ученого садовника ботанического сада Казанского университета. С другой стороны, в авторитетной книге М. В. Маркова «Ботаника в Казанском университете за 175 лет» указывается, что Крылов с 1870 по 1885 год работал ученым садовником.