Хулагу назначил правителем Ирака и Хузистана Ала ад-Дина аль-Джувайни, который известен не только как государственный деятель, но и как историк. Управляя Ираком более двадцати лет, аль-Джувайни пытался отстроить Багдад, восстановил многие дамбы и каналы. Позднее большие работы по орошению и заселению опустошенных войной земель Ирака были проделаны при принявшем ислам ильхане Махмуде Газане (1295 –1304). Это дало возможность сохранить плодородие страны и городскую жизнь на довольно высоком уровне. Тем не менее после монгольского завоевания Ирак так и не смог полностью возродиться, и Багдад оставался второстепенным провинциальным городом вплоть до начала XX века.
Сразу же после захвата Багдада и казни халифа великий хан Мунке приказал своему брату Хулагу продвигаться дальше на запад. Во главе армии был поставлен тюрок по происхождению, несторианец Кетбука Нойан. К монголам присоединились правитель Антиохии Боэмунд VI, позднее отлученный за это папой, и армянские союзники. Христианские правители Европы возлагали надежды на союз с монголами, некоторые даже планировали совместный поход против общего исламского врага. Их посланцы то и дело разъезжали между монгольским лагерем и христианскими дворами. Но эти переговоры результатов не дали. Армянские же правители еще в 1247 году отправили к монголам делегацию, она была хорошо принята, и был заключен союз с монголами.
Под властью Хулагу и Хулагуидов (1256 –1353) образовалась большая империя, включавшая весь Иран, Среднюю Азию, Ирак, Азербайджан, Грузию, Армению и часть бывших владений сельджуков Рума в Малой Азии. Новой целью монголов стали Сирия и Египет.
Узнав о захвате и разрушении Багдада, аййубидский правитель Дамаска ан-Насир Йусуф поспешил отправить своего сына с дарами к Хулагу, выражая тем самым готовность заключить соглашение с завоевателями, но посланец вернулся в Дамаск с письмом от Хулагу, полным угроз и оскорблений. Стало ясно, что монголы намерены завоевать Сирию. Поняв это, ан-Насир сначала собирался сопротивляться могучему противнику и даже вывел свое войско за пределы города, намереваясь дать сражение; одновременно он запросил помощь у правителя Египта. Но аль-Мансур Али не выказал желания действовать, а в одиночку ан-Насир Йусуф воевать не решился, и, по мере приближения монголов, сирийские беженцы толпами устремились на запад. Тогда и перешел к активным действиям Кутуз. Он сверг нерешительного аль-Мансура Али и провозгласил себя султаном под именем аль-Малик альМузаффар («всепобеждающий царь»).
Между тем армия Хулагу пересекла Евфрат и приблизилась к Алеппо. Старый правитель города, сын Саладина, пытался оказать монголам сопротивление, но в январе 1260 года город был взят штурмом. При известии об этом событии армия ан-Насира рассеялась, сам он бежал в Газу, а оттуда в Трансиорданию, но в дороге был схвачен и отправлен к Хулагу. В том же году монголам сдался Дамаск, и они начали совершать набеги на Палестину.
При вторжении монголов в Сирию восточные христиане оказывали им всяческую поддержку, а после падения Дамаска открыто радовались победе монголов. Хулагу взял их под свою защиту, и они начали третировать мусульман, заставляя их вставать при виде крестного хода. Глава Латинского королевства в Акре, опасавшийся прихода монголов, напротив, готов был пойти на сотрудничество с мамлюками против пришельцев.
Хулагу отправил в Каир посланцев, предлагая Кутузу сдаться, но Кутуз приказал их казнить, и война стала неизбежной. Незадолго перед этим случилось событие, послужившее усилению мамлюков. Перед лицом общей опасности Бейбарс и Кутуз смогли договориться, и Бейбарс, получив «аман» (обещание безопасности), возвратился в Египет. В июле 1260 года Кутуз выступил против неприятеля, и как раз в это время Хулагу, получив известие о смерти великого хана Мунке, передал командование Кетбуке Нойану и отбыл в сопровождении значительной части войска, чтобы принять участие в выборах нового хана. Войско Кутуза, авангард которого возглавлял Бейбарс, вошло в Палестину. Египетский посланец прибыл в Акру и получил разрешение от короля франков на проход мамлюков через его владения, а Бейбарс с мамлюкскими военачальниками даже был принят королем, как гость.
Тем временем Кетбука Нойан с войском переправился через Иордан и расположил свой лагерь около селения Айн Джалут, близ Наблуса. 3 сентября 1260 года произошло сражение, в котором монголы были разгромлены, а Кетбука Нойан убит. Монгольское владычество в Сирии окончилось, а Египет был спасен от вторжения. В результате Сирия с Алеппо и Дамаском без войны перешла от Аййубидов к мамлюкам. Кутуз поспешил закрепить завоевание и назначил своего правителя в Дамаск, а Алеппо, прежде обещанное Бейбарсу, было передано Ала ад-Дину Али – сыну мамлюкского атабега Мосула Бадр ад-Дина Лулу. Во владении аййубидских эмиров оставались лишь три небольшие княжества: Химс, Хама и аль-Карак. Удовлетворенный достигнутым, Кутуз возвратился в Каир.