Однако представление арабо-мусульманских философов о греческой философской мысли как «едином потоке» не мешало им замечать различия во взглядах Платона, Аристотеля и их позднейших интерпретаторов. Воспринимая греческую философию как нечто единое, арабо-мусульманские ученые все же производили в ней свой отбор и, отдавая предпочтение наиболее волновавшим их проблемам или по-иному расставляя акценты, обнаруживали этим самостоятельность своей мысли. Позаимствовав из греческой философии общее представление о мире, теорию эманации, учение о душе и разуме, человеке и человеческих знаниях, овладев сложной греческой философской терминологией, которая отныне стала их собственным научным языком, арабо-мусульманские философы попытались сформулировать синтезированную в трудах эллинистических ученых греческую философскую мудрость в духе мусульманского (чаще – неортодоксального) вероучения.
Значительное влияние на арабо-мусульманскую философию оказал знаменитый врач и мыслитель древности Гален (131 – 201). Идея Галена о том, что медицина должна иметь философское обоснование, а врач должен быть одновременно и философом, была близка арабским ученым. Возможно, под влиянием Галена арабо-мусульманские ученые и теологи усвоили идею гармонии частей вселенной и органов тела как свидетельство существования божественного провидения.
Мусульманские теологи (как и средневековые христианские теологи в Европе) восприняли метафизику Аристотеля и его учение о неподвижной первопричине всего «сущего» как научное подтверждение своих доктрин. Позаимствовали они также и логику Аристотеля в качестве формального инструмента изложения своего учения и оружия в догматических спорах.
Естественно, что многое в воззрениях языческих философов вызывало нарекания правоверных мусульман. Так, арабский биограф выдающихся людей мусульманского государства Ибн аль-Кифти (1172 –1248) с негодованием писал о Фалесе Милетском, называя его «зиндиком». И даже некоторые положения учения Аристотеля, несмотря на преклонение мусульманских теологов перед его авторитетом, принимались ими с существенными поправками. В частности, они не могли принять его утверждения, что мир вечен и не имеет во времени ни начала, ни конца, а стало быть, Божество не есть причина мира, что Божество не имеет цели вне себя и что цель постоянно происходящего в природе процесса образования и разрушения материи – приближение материи к духу, к победе над материей, осуществляющейся наконец в человеке.
В общих чертах арабо-мусульманская средневековая философия может быть сведена к двум направлениям. Первое и основное нашло свое выражение в трудах тех философов и теологов, которые в своих теориях и представлениях исходили из греческой философской мысли (Платона, Аристотеля, неоплатоников и перипатетиков-аристотельянцев). История мусульманского аристотельянства отчетливо делится на два периода. Первый (IX – XI века) в основном был связан с деятельностью мыслителей восточных областей Халифата: араба из Басры аль-Кинди (Алкиндус), тюрка из Средней Азии альФараби (Авеннасар) и иранца из Афшана (около Бухары) Ибн Сины (Авиценны). Второй период охватывает XII – XIII века и был представлен в основном арабскими учеными и мыслителями запада Халифата, в первую очередь Андалусии. Среди них такие выдающиеся философы, как Ибн Баджжа (Авемпаче; умер в 1139 году), Ибн Туфайл (умер в 1186 году), Ибн Рушд (Аверроэс).
Другое направление арабо-мусульманской философской мысли представлено теологами-мутакаллимами, основывавшими свои концепции на Коране, хотя и в их представлениях можно проследить влияние греческих философских школ. Это направление также прошло два периода в своем развитии: период преобладания мутазилитской доктрины (VIII – IX века) и период окончательного оформления калама (X – XII века) в трудах аль-Ашари и аль-Газали.
Промежуточное положение занимают, во-первых, мусульманский мистицизм (суфизм), возникший в недрах исламского правоверия и позднее сложившийся в трудах Ибн аль-Араби (1165 –1240) и других мистиков в философскую доктрину под влиянием неоплатонизма, гностицизма и христианского сектантства, и, во-вторых, исмаилизм, выросший из шиизма и впитавший многие элементы эллинистических философских учений; к исмаилитам примыкают ученые-энциклопедисты «Братья чистоты» («Ихван ас-сафа»; X – XI века).
Особняком стоит замечательный историк, философ и социолог Ибн Халдун, не принадлежавший ни к одному из вышеназванных направлений, своим учением о зависимости человеческого общества и его развития от экономических условий он более чем на два века предвосхитил концепции европейских ученых.
Большой интерес представляет учение аль-Фараби о соотношении разума и веры в пророчестве. Аль-Фараби ставил разум выше веры, выше пророческих «откровений», которые посредством символов раскрывают истину простым людям – не философам. Он считал, что пророчества обращены к чувствам и играют лишь вспомогательную роль, в то время как возможности человеческого разума безграничны.