В 853 году аль-Мутаваккил издал указ о восстановлении старинных дискриминационных мер против христиан и иудеев, обычно в последние годы не применявшихся. Было предписано надзирать за соблюдением правил в отношении поведения и одежды иноверцев. Иноверцам было запрещено занимать какие бы то ни было должности в администрации и изучать в школах арабский язык, что должно было, по мнению халифа, воспрепятствовать их проникновению во властные структуры и отделить их от мусульман. Установленной еще при халифе аль-Махди михне были приданы новые функции. Теперь михна должна была не только преследовать мусульман, которых подозревали в манихействе, зороастризме или в том, что они исповедуют учение «дахрия» (так именовалась секта, члены которой верили в извечность материального мира – «дахр»), но также следить за деятельностью религиозных меньшинств.
В Египте, где еще со времен Омейядов практиковались различные строгости и ограничения в отношении христиан, ситуация еще более обострилась. Особенно тяжелым оказалось положение коптских христиан в IX веке, когда началась интенсивная миграция бедуинских племен в страну. Центры коптского христианства, монастырские общины и обители в пустыне подвергались жестокому разграблению, и монахи вынуждены были превращать свои монастыри в крепости, а власти не принимали никаких мер, чтобы их защитить. В результате такой политики Египет все более исламизировался, а христиане были сведены до положения бесправного религиозного меньшинства.
Отказавшись от религиозной политики своих предшественников, аль-Мутаваккил продолжал их строительную деятельность. Грандиозный дворец в Самарре, созданию которого халиф уделял столь большое внимание, дорого обошелся казне. Впрочем, опасаясь за свою жизнь, аль-Мутаваккил однажды решил вовсе покинуть свою резиденцию и приказал соорудить к северу от Самарры новый город, названный по его имени Джафария, где построил дворец, мечеть и казармы, стоившие казне, по свидетельству хронистов, много денег.
Не доверяя окружавшим его людям, аль-Мутаваккил оказался одним из немногих аббасидских халифов, пытавшихся управлять страной без официально назначенного вазира. Функцию его ближайшего помощника и советника выполнял славившийся своей образованностью, преданный халифу и опытный администратор аль-Фатх ибн Хакан, которого часто, вероятно не вполне справедливо, арабские историки называли интриганом и доносчиком. В окружении аль-Мутаваккила было много тюркских военачальников, занимавших высшие посты в придворной иерархии, и аль-Фатх ибн Хакан в значительной мере противостоял их влиянию, за что, возможно, и заслужил неприязнь многих своих современников.
Аль-Фатх ибн Хакан принадлежал к знатной тюркской семье из Ферганы. Его отец возглавлял тюркских солдат из Мавераннахра, составлявших личную гвардию халифа альМутасима. Аль-Фатх попал к аббасидскому двору в возрасте шести лет в роли товарища по детским играм будущего халифа. Поэтому он воспитывался вместе со своим сверстником аль-Мутаваккилом и позднее стал его другом и помощником во всех государственных делах. Сначала аль-Мутаваккил назначил его надзирающим за строительными работами в Самарре, а в 856 году – правителем Египта, сместив с этого поста своего собственного сына, впоследствии халифа альМунтасира, чего тот никогда не мог простить ни отцу, ни его другу.
Просвещенный помощник аль-Мутаваккила был большим меценатом, в его дворце часто бывали ученые, писатели и поэты, в том числе аль-Джахиз, знаменитый поэт, аббасидский панегирист аль-Бухтури (821 –897), филолог и историк ас-Салаб (815 –904) и другие. В доме у аль-Фатха была обширная библиотека, которую любили посещать ученые и теологи из Басры и Куфы. Он был страстным «книголюбом», и легенда повествует, что всякий раз, выходя по какой-либо причине из-за стола халифа, он извлекал из рукава или туфли какую-либо рукопись и читал ее до тех пор, пока не возвращался к столу. Сочинял он и стихи, и прозу. Погиб аль-Фатх трагически, пытаясь своим телом заслонить от кинжала убийцы своего друга и покровителя.
Аль-Мутаваккил, как и другие аббасидские правители его времени, очень серьезно относился к поддержанию своего авторитета путем строгого соблюдения внешней атрибутики. В соответствии с древнеиранскими обычаями торжественные аудиенции во дворце давались в форме установленного церемониала, который лишний раз должен был подчеркнуть величие халифской власти. Праздники халифской семьи отмечались во дворце с необыкновенной пышностью. Одним из впечатляющих, отмеченных историками торжеств был праздник, устроенный халифом в связи с днем обрезания его любимого наследника аль-Мутазза.