Впервые арабы напали на Нобатию в 641 году. Нубийцы сражались храбро и с самого начала снискали себе уважение арабов. У них были замечательные лучники, наловчившиеся простреливать глаза врагам. Первая война скоро закончилась. Был заключен «багт» (от греческого слова «пактон», то есть пакт). В нем предусматривалось, что нубийцы будут ежегодно поставлять четыреста рабов, а взамен получать из Египта продовольствие, одежду и другие товары. Таким образом, это было соглашение, в котором обе стороны пытались установить основы мирного сосуществования. Но мир продолжался недолго. В 652 году арабы вновь напали на нубийцев. История этой войны нам известна только из арабских источников. Так, хронист Макризи рассказывает, что арабы достигли Старой Донголы, то есть столицы второго по очереди царства – Макурии. На этот раз силы арабов были значительнее и они добились более веских успехов. Арабы победили. В Донголе они уничтожили главную церковь камнями, которые метали из катапульт. Царь Калидурут был вынужден просить о мире. Борьба была, видимо, ожесточенной, так как один из арабских поэтов писал: «Никогда еще я не видел такой битвы, как под Донголой...»
Но арабы отказались от мысли оккупировать страну и опять отошли на территорию Верхнего Египта. Они, должно быть, сильно пожалели об этом впоследствии.
После 710 года Нобатия и Макурия объединились. Как это произошло, неизвестно. Если царь Меркурий, оставивший надпись в Тафе, в Нубии, и есть тот самый Меркурий, царь Донголы, о котором другие надписи говорят как о «новом Константине», значит, Макурия покорила Нобатию. Но, поскольку в это же самое время в стране устанавливается господство монофизитской церкви, может быть, все было как раз наоборот, так как в Макурии господствовала православная церковь. Итак, мы не знаем, кто кого в конце концов покорил, и нам это сейчас безразлично, хотя не было, разумеется, безразлично тогдашним жителям Нубии. Как бы то ни было, остается фактом, что это объединение дало им возможность оказать сильнейшее сопротивление арабам и исламу. В Нобатии находился теперь правитель – епарх, известный арабам как повелитель гор, «саиб эль-гебель». Объединенное царство было достаточно могущественным, чтобы в 745 году вторгнуться под предводительством царя Сириака в Египет для защиты плененного александрийского патриарха. Войска Сириака дошли до самого Каира, пройдя более тысячи километров долиной Нила. Наместник Египта Абд эль-Мелек ибн Муса был вынужден уступить силе и выпустить плененного патриарха. Нубия достигла вершины своего могущества. Вплоть до IX века арабы не осмеливались задевать ее. Она считалась одной из крупнейших держав тогдашнего мира и направляла своих послов даже в Багдад, ко двору калифа.
Но в Европе даже не подозревали, что где-то в глубине Африки существует христианское государство.
В X веке положение меняется. Усиливается проникновение мусульманских племен. В поисках золота арабы появляются даже на суданском побережье Красного моря. Один из них, Абу Абд эль-Рахман эль-Омари, основывает независимое государство в горах восточнее Нила и ведет бои с нубийцами. Однако нубийцы все еще остаются грозной силой. Они совершают много набегов и военных экспедиций против арабов. Атакуют оазисы, находящиеся в их владениях, и даже завоевывают Асуан и весь Верхний Египет. Как и в VIII веке, царь Нубии считается покровителем александрийского патриаха.
От этой эпохи дошло некоторое количество текстов на нубийском языке. Во всяком случае, нубийский язык имел в то время письменность. В науке он носит название старонубийского языка и родствен современному диалекту, на котором говорят жители Нубии от первого до третьего порога. В основе письменности лежала коптская форма греческого алфавита. Однако использовались не все буквы коптского письма, зато были введены три собственные буквы, позаимствованные, вероятно, из мероитской письменности, для обозначения звуков, которых не было ни в греческом, ни в коптском языках. Возможно также, что в конце X века нубийский язык заменил греческий в религиозных текстах, хотя греческим продолжали пользоваться в надгробных надписях.
В 1171 году Нубию постигла катастрофа, вызванная просчетом в соотношении сил. Нубийская армия вновь вторглась в Египет и завоевала Асуан. Но царь Нубии не учел того существенного факта, что во главе арабской империи в то время стоял Саладин, который в период крестовых походов успешно сражался с объединенными армиями Европы. Саладин пришел в ярость и послал своего брата покарать легкомысленных нубийцев, что тот не преминул скрупулезно выполнить. Он разбил нубийскую армию, вторгся на территорию противника и разместил арабский гарнизон в важном стратегическом пункте – городе Ибриме. Главная церковь в этом городе была заменена мечетью. Однако, когда брат калифа удалился, нубийцы сумели вновь вынудить арабов уйти из Ибрима.