Пространства интерьера не разделены четко на отсеки, а связаны между собой колоннадами и арочными проемами. Например, четыре огромных столба, поддерживающих центральный купол, пронизаны большими арочными проемами, при этом вес перераспределяется на четыре меньших столба – как у человека, сидящего на стуле с четырьмя ножками. Это значительно облегчает визуальный эффект и позволяет воздуху более свободно течь между одним купольным пространством и другим. Это даже позволяет видеть непрерывный вид с каждой стороны нефа, чтобы обозначить боковые проходы. О кажущейся легкости строения свидетельствует и то, что купола, кажется, не опираются непосредственно на большие арочные цилиндрические своды, а легко парят прямо над ними. Переход от квадратных пространств внизу к круглым куполам вверху – проблема, занимавшая многих средневековых строителей, здесь решена искусно и плавно с помощью парусов.
То, что сходство между Сан-Марко и Апостолионом в Константинополе было признано с самого начала, ясно из рукописи начала XII в., написанной монахом из Сан-Николо-ди-Лидо, в которой говорится, что новая церковь была построена «по конструкции, подобной той, что была в церкви Двенадцати апостолов в Константинополе». Однако, если мы внимательно изучим план Сан-Марко, мы увидим, как византийская модель была тонко преобразована, чтобы соответствовать несколько иной литургической традиции венецианской Церкви. Например, становится ясно, что четыре купола над рукавами греческого креста в Сан-Марко на самом деле не равны по размеру; те, что над трансептами и восточным концом, меньше, чем центральный купол, а купол над западным ответвлением перекрестия слегка удлинен, чтобы расширить пространство нефа. В результате колоннады, поддерживающие галереи, имеют только три пролета в каждом трансепте, но по четыре с каждой стороны нефа. Это утонченное расширение тона напоминает аналогичную схему в Сан-Джакомо-ди-Риальто. Продольная ось дополнительно подчеркивается блокировкой концов трансептов и тремя апсидами на восточном конце, которые предполагают направленную силу, вытолкнувшую дальнюю стену. В то время как план Апостолиона, вероятно, был совершенно симметричным по всем четырем осям, со святилищем под центральным куполом, в Сан-Марко, с другой стороны, обряд требовал уединенного пресвитерия для духовенства в восточной части. Гробница св. Марка была помещена в крипте, прямо под главным алтарем. Акцент пространства, ориентированный на алтарь, не только подходил для литургии, но и делал церковь более подходящим местом для великих процессий, сопровождавших все основные церемонии дожей.
Церковь XI в. с ее новыми кирпичными куполами произвела бы внушительное, но резкое впечатление. Кирпич фактически был основным строительным материалом, а для украшения византийских арок как внутри, так и снаружи, использовались типичные терракотовые лепные украшения в виде клыков. Лишь южная стена нефа в форме люнета и восточная часть апсиды алтаря сохранили до наших дней голую кирпичную кладку. Как и в других византийских церквях в лагуне, окна были обрамлены концентрическими кирпичными арками, как бы обнажая последовательные слои массивных кирпичных стен. Нижние стены, разделенные в основном серией ниш, некоторые изогнутые, некоторые прямоугольные, – итальянская декоративная традиция, вероятно, заимствованная из римской архитектуры гробниц. Для колонн, капителей, горизонтальных карнизов и балюстрад внутри церкви использовался камень, а также для некоторых деталей экстерьера, таких как выступающие колонны восточной апсиды.
Ко времени выполнения мозаики XIII в. на фасаде, изображающей обретение тела св. Марка, церковь совершенно изменила свой внешний вид. Эта мозаика, единственная сохранившаяся из первоначальной серии арок портика, должна быть датирована до 1267 г., когда она была упомянута в знаменитой хронике Мартино да Канала. Она украшает люнет в самом северном выступе фасада над порталом Сант-Алипио. Мы видим уже не тяжелое кирпичное строение с его низкими куполами и нишами, а фасад, украшенный инкрустацией и мозаичным декором, увенчанный уже упомянутыми парящими куполами. Едва ли будет преувеличением утверждать, что это преобразование было бы невозможно, если бы не триумф венецианцев в Четвертом Крестовом походе 1202–1204 гг.