Официально крейсер имел на борту большой запас топлива, который позволял ему осуществить переход по Севморпути на Тихий океан без дозаправки, Другие запасы обеспечивали автономную деятельность рейдера как в арктических, так и в тихоокеанских водах. Кстати, что еще было в трюмах рейдера, вообще неизвестно. Руководителем этой ответственной экспедиции был назначен капитен цур зее Роберт Эйссен, который еще в годы Первой мировой войны на борту вспомогательного крейсера «Метеор» участвовал в нескольких боевых походах к берегам Мурмана, а в июне 1915 года ставил мины в Горле Белого моря. Позднее Р. Эйссен был назначен командиром уже нового «Метеорa», специально построенного для проведения исследований в условиях Арктики- Он хорошо изучил особенности плавания в арктических водах, когда занимался гидрологическими работами у границы льдов Гренландии и Исландии,
Как выяснилось уже после войны, замена судна — банановоза «Иллер» на пароход «Эмс» была связана не столько с различиями в крепости корпуса, сколько с существенной разницей в численности экипажей этих судов.
Так, на банановозе экипаж состоял всего из 35 моряков, а в составе экипажа «Эмс» было 270 человек.
Поэтому тех «спецпассажиров», которых планировалось скрытно доставить куда-то в Арктику, в случае перехода на «Иллере» было практически невозможно скрыть от советских лоцманов (не говоря о сложностях с их размещением на корабле). Иное дело—судно, в корабельных помещениях которого можно свободно разместить до 300 человек. Здесь достаточно большое количество «спецпассажиров» могло легко «затеряться» среди команды, а в нужный момент и в нужном месте незаметно исчезнуть с борта рейдера и заняться тем делом, рада которого Абвер определил их специальный статус!
Практику подобной доставки нацистских «специалистов» в Арктику сотрудники Абвера освоили еще в июне 1939 года, когда некие «пассажиры» (говорившие между собой только на немецком языке) пришли в Карское море на советском зверобойном судне «Мурманец» и были высажены здесь на различные арктические острова. В официальных бумагах такие группы именовалась «научными сотрудниками ленинградского Арктического института», хотя жили в помещении, куда вход советскому экипажу был категорически запрещен. Были ли среди этих «ученых» офицеры немецкой военно-морской разведки — гадать не стоит, так как всех этих «исследователей» высаживали на островах архипелага Норденшельда и шхер Минина. К сожалению, только после окончания войны наши компетентные органы обратили внимание на то, что районы высадки групп этих «научных сотрудников Арктического института» почти всегда располагались вдоль маршрута полета «Графа Цеппелина».
А ведь уже тогда было совершенно очевидно, что сам факт капитального переоборудования «Эмса», как и подготовка его к арктическому плаванию, уже должен был насторожить соответствующие органы СССР» но этого не произошло. И рейдер «Комет» 3 июля 1940 года в сопровождении двух тральщиков вышел из Готенхафена (Гдыни) и направился к норвежскому порту Берген.
Когда рейдер проходил траверз Рюгенского маяка, его догнал специальный гидросамолет Do-18, целью которого было доставить на борт рейдера еще двух «пассажиров»»: обер — лейтенанта Вильгельма Доберштайна (нового командира корабельной радиогруппы) и лейтенанта Вильфри — да Карстена (прибывшего на должность второго штурмана). Однако это было только начало вроде бы незапланированных встреч, о которых в то время советские компетентные органы даже не подозревали.
Действительно, у норвежского побережья «Комет» ожидали подлодка U-56 и танкер «Эссо». Для каких целей потребовалась эта встреча, пока совершенно неясно. Ведь, по официальным данным» двигатели рейдера были столь экономичны, что свободно обеспечивали переход корабля в Тихий океан без дополнительной заправки топливом. Более того, еще была встреча с подводной лодкой, которая вроде бы к арктическому походу вообще не имела никакого отношения.
Девятого июля «Комет», уже как советский ледокольный пароход «Семен Дежнев», вышел из Вергена и направился на восток. Вообще наименование рейдера в зависимости от районов плавания постоянно менялось. Фактически, у него на борту находилось не менее пяти комплектов судовых документов, в том числе для советских пароходов «Семен Дежнев» и «Дунай», германского теплохода «Донау» и японского парохода «Токио-Мару».
В соответствии с утвержденным планом переход «Комета» по арктическим морям должны были обеспечивать ледоколы Главного управления Северного морского пути (ГУ СМП). Для этого уже 15 июля в бухте Варнека (остров Вайгач) рейдер должен был принять на борт советских ледовых лоцманов.
Но срок начала перехода по Севморпути неожиданно изменился. Вероятно, это было связано с тем, что в состав экспедиции особого назначения (ЭОН-10) входила наша подводная лодка Щ-423, которая, возможно» еще не была готова к арктическое переходу.