В августе 1943 года, после победного возвращения подлодок С-101 и доклада командира С-54 капитана 3–го ранга Братишко о встрече с неизвестным вражеским судном, командование СФ решило направить к северной оконечности Новой Земли подводную лодку с сильным артиллерийским вооружением, которая была бы способна успешно вести бой с надводным рейдером. Призраки «Адмирала Шеера» и кайзеровских подлодок еще продолжали витать у мыса Желания. Более того, неопознанный Братишко противник, а также обнаруженные у мыса Желания нацистские подлодки, которые о чем-то переговаривались между собой по системе звукоподводной связи (ЗПС), укрепили законные опасения командования ВМФ и Северного флота о реальном использовании фашистами северного («безымянного». —
Более того, командующий СФ вице–адмирал Арсений Головко получил довольно жесткий выговор от наркома ВМФ (!) адмирала Николая Кузнецова: «…несмотря на угрозу активных действий подводных лодок, рейдеров противника в Карском море, в районе мыса Желания с 27 августа по 29 августа 1943 года действовала только одна подводная лодка С-101, с 29 августа район не обслуживался нашими подводными лодками, так как ПЛ Щ-402 вышла на позицию только 2 сентября. Считаю такое положение недопустимым. В районе мыса Желания необходимо держать непрерывно, пока требует обстановка, две подводные лодки». Однако в те дни у Головко не было возможности отправить в Арктику сразу 2 подлодки, и он нашел компромиссное решение — направить к Новой Земле подводный крейсер с сильным артиллерийским вооружением. Но в те дни в составе крейсерского дивизиона бригады североморского подплава из шести подводных крейсеров остались только два: К-1 и К-21. Выбор пал на головную «катюшу» (так любя называли подлодки типа К служившие на них моряки. —
Экипаж К-1 быстро завершил оставшиеся ремонтные работы и вышел в море, держа курс к северному «новоземельскому» району. Вместо командира подлодки капитана 2–го ранга Валентина Старикова, еще не прибывшего из отпуска, исполняющим обязанности командира в море вышел командир крейсерского дивизиона капитан 1–го ранга Михаил Хомяков. Непосредственно перед выходом он получил запечатанную «Боевую инструкцию для подводной лодки, осуществляющей поиск боевых кораблей и рейдеров в северной части Карского моря», которую он должен был вскрыть после выхода в море. Здесь было указано, что:
1. Главным объектом для поиска и атаки являются боевые корабли противника (классов «линкор» и «крейсер»), могущие одиночно или маневренной группой проникнуть в Карское море и действовать против наших арктических конвоев и баз.
2. Всякую подводную лодку, встреченную в районе боевых действий и на переходах, считать неприятельской и уничтожать.
3. Учитывая, что к норду от параллели 76 градусов ни одного нашего корабля не будет, всякий обнаруженный корабль или даже дым считать кораблем противника и по обстановке доносить об этом немедленно. (Данный подпункт в оригинале документа был выделен заглавными буквами. —
Подводный крейсер Хомякова успешно пришел в район новоземельской позиции и приступил здесь к патрулированию. Но 29 сентября от него не поступило подтверждения о получении приказания на возвращение в базу, и в Полярный К-1 никогда уже не вернулась.
До настоящего времени не установлено, что же случилось с головной «катюшей». В германских источниках о каких-либо боестолкновениях у Новой Земли с советской подводной лодкой не упоминается. Ни германских, ни советских минных заграждений здесь не было. Но подводный крейсер СФ — исчез.
Вероятной причиной его гибели тогда была названа авария техники, с которой экипаж не сумел справиться. По другим источникам причиной гибели корабля стал предательский удар стихии. Однако бывший в то время командир бригады подлодок Северного флота контр–адмирал Иван Колышкин не исключил возможности гибели К-1 от торпеды немецкой субмарины: «Вероятная причина: видимо, атакована немецкими подлодками, развившими 11 и 12 сентября активность в районе позиции К-1. Возможно, что К-1 стала жертвой подводной лодки противника, тем более что силуэт ее отличный от немецких ПЛ, и спутать его с другими было невозможно. Необходимо в дальнейшем посылать для уничтожения ПЛ противника подлодки типа «С», так как они по силуэту сходны с немецкими подводными лодками VII серии».