Значительные трудности выпали на долю управления Строительства 503, которое было организовано на базе Байдарацкого лагеря Северного управления лагерей железнодорожного строительства. С открытием навигации началось перебазирование управления сначала из п. Новый Порт (Заполярье — полуостров Ямал) в Салехард, а затем по Оби и Иртышу до Омска, откуда путь строителей лежал в Красноярск и только потом по Енисею в поселок Ермаково.
С началом полномасштабной навигации по крупным рекам (Обь, Пур, Таз, Енисей) в район будущих переправ по Северному морскому пути были направлены суда с людьми, техникой и материалами. Одновременно на протяжении будущей трассы через каждые 7–10 км стали обустраиваться (руками самих же заключенных) лагерные пункты (колонны).
Порядок строительства трассы выглядел следующим образом: все начиналось с подготовительных работ — рубки леса (если был лес), прокладки водоотводов и осушения местности, прокладки временных автодорог к строительным карьерам. Позднее укладывалась бревенчатая дорога — лежневка, затем возводилась насыпь, устанавливались мосты и укладывалось полотно. Как свидетельствуют очевидцы, мосты привозились к местам переходов через реки почти полностью собранные (их монтировали на деревообрабатывающем комбинате в Салехарде), оставалось только установить их.
В литературе встречаются утверждения, что существовали проекты строительства мостов через Обь и Енисей. Однако эти замыслы были отвергнуты из-за огромной сметной стоимости, нерешенности многих технических вопросов, но самое главное потому, что возведение переходов должно было длиться несколько лет, а такого временно́го запаса у инициаторов и вдохновителей стройки века, видимо, не было.
Поэтому было предложено следующее решение: летом для переправки вагонов задействовать железнодорожные паромы, а зимой укладывать рельсовый путь по льду великих северных рек. Нужно сказать, что практика прокладки ледовых переправ в Советском Союзе уже была. Например, «ледянку» строили на Северной Двине во время Великой Отечественной войны для скорейшей переброски грузов, полученных по ленд-лизу, из Архангельской области в центральные районы страны; была проложена железная дорога и по льду Ладожского озера к блокадному Ленинграду. Но то была война, а сейчас мирное время. И все же строить ледовую переправу решили.
Для ее обустройства от станции Лабытнанги до главного русла Оби пришлось отсыпать незатопляемую каменную дамбу длиной около 7 км и высотой около 3 метров. На строительство дамбы из района Полярного Урала (поселок Харп) было доставлено свыше 200 тыс. кубометров скальных пород.
Руководил возведением переправы инженер в звании капитана МВД Зайлик Моисеевич Фрейдзон. Опровергая распространенное мнение, он в своих воспоминаниях указывал, что никакого намораживания льда для утолщения трассы не проводилось. Полотно укреплялось поверх уложенных поперек бревен. Этого оказывалось достаточным, чтобы выдерживать составы с грузами. Ледовая переправа длиной около 23 км (вместе с подъездными путями) была проложена и исправно действовала в течение трех зимних сезонов до закрытия 501-й стройки.
По общему мнению, еще более сложной задачей было сооружение летней и зимней переправы через Енисей. Например, летом предполагалось обустроить трехуровневую эстакаду для погрузки вагонов на паром — один уровень (верхний) использовался для загрузки вагонов по весенней, большой воде, средний — для летних месяцев и нижний — для периодов наибольшего спада воды. На Енисее рассматривалось три варианта мест обустройства летней и зимней переправы: в районе поселка Ермаково, в районе поселка Денежкино и возле поселка Полой, в итоге был утвержден Ермаковский вариант. Переправа, строительством и эксплуатацией которой руководил Р. М. Аксельрод, была возведена, однако по причине отсутствия железнодорожного пути на правом берегу Енисея так никогда и не использовалась — ни летом, ни зимой.
Если перед заключенными — строителями Обского ИТЛ на 1949 г. стояла масштабная задача по укладке 120 км главного пути, то Енисейскому ИТЛ, учитывая значительный организационный период и время переброски к месту базирования, в том же году достался гораздо более скромный объем работ. На Строительстве 503 необходимо было отсыпать 79 тыс. кубометров земляного полотна и уложить 30 км рельсов от поселка Ермаково на запад.
Кроме того, зимой 1949–1950 гг. планировалось построить автозимник для переброски людей и грузов к объектам на трассе от Ермаково до Янова Стана. Также необходимо было перебазировать Управление строительства из поселка Абезь сначала в Игарку, затем в Ермаково, обустроить подразделение строительного района в Игарке, организовать контору снабжения в Красноярске.
В итоге за летний период 1949 г. строители Управления № 503 уложили всего 16 км главного пути. Весомее были успехи на Строительстве 501. Там за 1949 г. сумели уложить более 100 км рельсов, о чем участники первой партийной конференции Обского ИТЛ и отрапортовали в письме к И. В. Сталину.