1 декабря 1989 года Верховный совет Армянской ССР и Национальный совет НКАО приняли совместное постановление о включении НКАО в состав Армении. Вооруженные столкновения между армянами и азербайджанцами происходили и раньше, но началом Первой Арцахской войны стал день принятия этого постановления. Начали массово создаваться отряды армянских фидаинов, которые стали ядром будущих вооруженных сил Третьей республики и Арцаха. Впрочем, первый президент Третьей республики Левон Тер-Петросян считает, что настоящая война началась 7 декабря 1993 года и продолжалась до 12 мая 1994 года. В этот период обе стороны располагали настоящими армиями.
В апреле – июне 1991 года в НКАО и прилегающих к ней районах Азербайджана подразделения армии и внутренних проводили операцию «Кольцо», целью которой было разоружение армянских отрядов. В ходе этой операции было депортировано, проще говоря – изгнано в Армению, население 19 армянских сел (всего около 10 000 человек). В ходе этой депортации погибло свыше 100 человек, большей частью старики, женщины и дети. Эта операция стала последней крупной акцией советских военных подразделений в НКАО. В декабре 1991 года оттуда были выведены внутренние войска, а затем начался вывод постоянно дислоцированных частей бывшей Советской армии, который сопровождался разделом советского военного имущества. Азербайджан выиграл от этого раздела гораздо больше Армении, поскольку на его территории находилось гораздо больше войск.
Согласно директиве Министерства обороны России от 22 июня 1992 года № 314(3)022, всего Азербайджану было передано: 237 танков, 325 боевых бронированных машин, 204 боевые машины пехоты и бронетранспортера, 170 артиллерийских установок (в том числе и установки «Град»), 23 вертолета (Ми-8 и Ми-24). Армении же досталось 54 танка, 40 боевых машины пехоты и бронетранспортеров, 50 артиллерийских установок и 13 вертолетов Ми-24. Кроме официально переданного вооружения с обеих сторон использовалось и самовольно захваченное, которое учету не поддается. Впоследствии Армения получала от России вооружение в рамках военного сотрудничества.
Армения официально не принимала участия в Арцахской войне, но в рядах защитников Арцаха сражалось множество добровольцев из Армении и армянской диаспоры. Одним из самых известных армянских командиров стал Монте Мелконян, американский армянин, участник гражданской войны в Ливане. Он прибыл в Карабах в 1991 году и вскоре был назначен начальником штаба отряда, сформированного из уроженцев сюникского села Корнидзор. Затем он стал командующим обороной Мартунинского района, где шли наиболее ожесточенные бои. Весной 1993 года Монте Мелконян руководил операцией по захвату стратегически важного высокогорного города Кельбаджар, необходимого для безопасной работы «коридора» между Арменией и Арцахом. Монте погиб в бою 12 июня 1993 года и был похоронен на ереванском военном кладбище Ераблур. Посмертно он был удостоен званий «Национальный герой Армении» и «Герой Арцаха».
12 мая 1994 года было подписано соглашение о перемирии, завершившее Первую Арцахскую войну. Под контроль Республики Арцах перешли 92,5 % территории бывшей НКАО и зона безопасности, в которую вошли районы, окружавшие территорию области. Также под контроль Армении отошли пять азербайджанских эксклавов, а под контролем Азербайджана оказался один армянский эксклав – село Арцвашен. Армяне одержали победу. Официального вхождения Арцаха в состав Армении не произошло по политическим причинам, но фактически две армянские республики стали единым государством.
Данные о потерях сторон сильно разнятся, но по заслуживающей доверия оценке политолога Размика Паносяна, в ходе Первой Арцахской войны погибло 7000—8000 армян и 20 000—22 000 азербайджанцев.
Политическая жизнь
22 сентября 1996 года Левон Тер-Петросян был вторично избран президентом Армении, набрав 51,75 % голосов избирателей. Однако до конца срока он доработать не смог, был вынужден подать в отставку 3 февраля 1998 года по причине раскола в правительстве, вызванного разногласиями по арцахскому вопросу. Тер-Петросяном предложил план по урегулированию «замороженного» конфликта, предусматривавший возвращение Азербайджану ряда территорий, занятых в ходе Первой Арцахской войны, и демилитаризацию зоны конфликта. Президент считал, что до тех пор, пока конфликт не будет разрешен и не будут открыты границы с Азербайджаном и Турцией, нормального развития экономики страны обеспечить невозможно. Премьер-министр Роберт Кочарян, министр обороны Вазген Саркисян и министр внутренних дел и национальной безопасности Серж Саргсян[111]
выступили против предложения, посчитав его пораженческим.Новым президентом Армении в марте того же года был избран Роберт Кочарян.