Все большие потери, которые несла Священная Римская империя, и неспособность Габсбургов управлять ею привели к тому, что император Франц II провозгласил себя австрийским императором Францем I. 24 августа 1805 г. Бавария вступила в оборонительный союз с недавно провозглашенной Французской империей, а 23 сентября заключила с нею особый договор, направленный против Австрии. Эти действия привели к вступлению Австрии в Третью коалицию (вместе с Великобританией и Россией). В начале сентября 1805 г. Австрия мобилизовала свои войска, и ее армия вступила на территорию Баварии, заняв позиции под Ульмом. Попав в окружение французской Великой армии, австрийские войска в районе Ульма вынуждены были капитулировать.
Уцелевшие австрийские части, усиленные резервами и прибывшей русской армией под командованием Кутузова, потерпели окончательное поражение при Аустерлице (2 декабря 1805 г.). Последовавший за этим Прессбургский мир превратил Баварию в королевство и принес ей новые территории, отторгнутые у Австрии; в частности, Тироль и Форальберг обеспечивали непосредственную границу с Италией. После свадьбы баварской принцессы Августы с пасынком Наполеона Евгением Богарне (который вскоре стал вице-королем Италии) Бавария оказалась еще теснее связанной с Францией. Одной из первых Бавария вступила в Рейнский Союз, после его учреждения в июле 1806 г.
С этого момента баварские войска входили в состав императорской армии, действуя на всех театрах, кроме Испании. В 1809 г. они составили значительную часть Армии Германии, а в 1812 г. воевали в России. В 1813 г. для весенней кампании в Германии была сформирована новая армия, но Максимилиан I Иосиф (первый король Баварии) уже понимал, что дни Наполеона сочтены, и разорвал союз с Францией — как раз вовремя, чтобы сохранить большую часть своих приобретений.
Как член Рейнского Союза, Бавария должна была модернизировать систему управления, копируя, насколько возможно, французскую.
Одной из основных причин нововведений было укрепление финансовой ситуации в стране — она должна была располагать достаточными деньгами для увеличения размеров армии и поддержания ее боеспособности. Вместо того чтобы по-прежнему набирать солдат из числа бедняков и неимущих, следовало сделать военную службу достаточно привлекательной, чтобы иметь нужное число вступающих в армию, избегая при этом насильственного набора рекрутов. Государственные чиновники должны были быть уверены, что они будут постоянно иметь необходимое число людей, носящих военную форму.
Конституцией 1808 г. предусматривалось представительство в правительстве всех сословий, но это положение оставалось лишь на бумаге. Государственный совет был заменен системой «кабинетов», а на местных уровнях управление осуществлялось департаментами (округами —
Одним из способов повышения налоговых поступлений было смягчение или полная отмена действия некоторых ограничений, остававшихся со времен феодального правления. Церковные земли были экспроприированы и распроданы, а ряд наиболее явных «пережитков», вроде придорожных гробниц, объявили незаконными и разрушили.
Не только армия открыла возможности для продвижения по службе в зависимости от собственных качеств человека: теперь это стало реальным и в экономике. Подавление ограничений, налагавшихся цеховыми гильдиями, позволило предпринимателям открывать собственное дело, но старинные цеховые отношения официально никогда не отменялись. В то время как государство подчиняло себе и местных магнатов, и зависимые от них суды, аристократия пыталась отстаивать свои старинные права.
Единственной причиной, по которой внутренние волнения в стране не вылились в настоящую революцию, было отсутствие достаточного количества чиновников, готовых взять на себя ответственность за коренные преобразования. Максимилиан фон Монгелас был готов к реформам еще в 1799 г., но без школ и университетов невозможно было получить достаточно образованных последователей. Те же, кем он мог располагать, были прежде всего баварцами и уж после — немцами: национализм всегда консервативен.
До наполеоновского периода путь в офицерский корпус был открыт только для представителей дворянства и аристократии. Конституционные преобразования, активно проводившиеся королем-реформатором и его первым министром Монгеласом, открыли возможности для службы в армии выходцам из среднего сословия. Это означало, что баварская армия могла теперь обеспечить постоянный приток свежих кадров.
Проводимые реформы отменили цеховые ограничения, подчинили церковь государству и в конечном итоге привели к отмене крепостничества. Все это означало увеличение количества людей, годных для службы в армии. Их учет велся чиновниками централизованного государства.